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- PDB-6pe8: Crystal structure of CD40/ABBV-323 FAB complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pe8
タイトルCrystal structure of CD40/ABBV-323 FAB complex
要素
  • FAB Heavy chainFragment antigen-binding
  • FAB Light chainFragment antigen-binding
  • Tumor necrosis factor receptor superfamily member 5
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / CD40 / FAB / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


CD154 receptor binding / cellular response to erythropoietin / response to peptide / B cell mediated immunity / immune response-regulating cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of protein kinase C signaling / CD40 signaling pathway / varicosity / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes ...CD154 receptor binding / cellular response to erythropoietin / response to peptide / B cell mediated immunity / immune response-regulating cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of protein kinase C signaling / CD40 signaling pathway / varicosity / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / CD40 receptor complex / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / B cell activation / response to cobalamin / B cell proliferation / response to type II interferon / defense response to protozoan / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / cellular response to interleukin-1 / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of interleukin-12 production / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / antigen binding / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / positive regulation of MAP kinase activity / 凝固・線溶系 / positive regulation of GTPase activity / intracellular calcium ion homeostasis / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of angiogenesis / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / signaling receptor activity / cellular response to tumor necrosis factor / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / protein-containing complex assembly / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / defense response to virus / cellular response to lipopolysaccharide / 炎症 / positive regulation of protein phosphorylation / protein domain specific binding / external side of plasma membrane / intracellular membrane-bounded organelle / neuronal cell body / ubiquitin protein ligase binding / enzyme binding / 細胞膜 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor receptor 5 / Tumour necrosis factor receptor 5, N-terminal / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / リボン ...Tumour necrosis factor receptor 5 / Tumour necrosis factor receptor 5, N-terminal / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / リボン / 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor receptor superfamily member 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.84 Å
データ登録者Argiriadi, M.A.
引用ジャーナル: BMC Mol Cell Biol / 年: 2019
タイトル: CD40/anti-CD40 antibody complexes which illustrate agonist and antagonist structural switches.
著者: Argiriadi, M.A. / Benatuil, L. / Dubrovska, I. / Egan, D.A. / Gao, L. / Greischar, A. / Hardman, J. / Harlan, J. / Iyer, R.B. / Judge, R.A. / Lake, M. / Perron, D.C. / Sadhukhan, R. / ...著者: Argiriadi, M.A. / Benatuil, L. / Dubrovska, I. / Egan, D.A. / Gao, L. / Greischar, A. / Hardman, J. / Harlan, J. / Iyer, R.B. / Judge, R.A. / Lake, M. / Perron, D.C. / Sadhukhan, R. / Sielaff, B. / Sousa, S. / Wang, R. / McRae, B.L.
履歴
登録2019年6月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FAB Heavy chain
B: FAB Light chain
H: FAB Heavy chain
L: FAB Light chain
T: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 5
U: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,83810
ポリマ－134,4546
非ポリマー3844
水2,720151
1
A: FAB Heavy chain
B: FAB Light chain
U: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,4195
ポリマ－67,2273
非ポリマー1922
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
H: FAB Heavy chain
L: FAB Light chain
T: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,4195
ポリマ－67,2273
非ポリマー1922
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)173.308, 75.959, 126.093
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: 抗体 FAB Heavy chain / Fragment antigen-binding


分子量: 23748.588 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 FAB Light chain / Fragment antigen-binding


分子量: 24290.963 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: タンパク質 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 5 / B-cell surface antigen CD40 / Bp50 / CD40L receptor / CDw40


分子量: 19187.449 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD40, TNFRSF5 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P25942
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.15 %
結晶化温度: 296.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 2M ammonium sulfate, 0.1M phosphate-citrate pH 4.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.84→173.2 Å / Num. obs: 40335 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 2.84→2.85 Å / Num. unique obs: 380 / CC1/2: 0.72

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6PE7

6pe7


解像度: 2.84→37.98 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.9 / 位相誤差: 27.69 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2653 1925 4.8 %
Rwork0.2052 --
obs0.2081 40063 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.84→37.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8968 0 20 151 9139
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.019243
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.12512591
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.3236279
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0561405
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061616
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.84-2.9110.4421150.31352704X-RAY DIFFRACTION100
2.911-2.98970.35161350.27762671X-RAY DIFFRACTION100
2.9897-3.07760.37391420.25262686X-RAY DIFFRACTION100
3.0776-3.17690.32241540.23732662X-RAY DIFFRACTION100
3.1769-3.29040.32791590.23262698X-RAY DIFFRACTION100
3.2904-3.42210.31411250.23192679X-RAY DIFFRACTION100
3.4221-3.57770.29771450.20192680X-RAY DIFFRACTION100
3.5777-3.76620.25921190.1952733X-RAY DIFFRACTION100
3.7662-4.00190.24981330.18212721X-RAY DIFFRACTION100
4.0019-4.31050.19891390.16322710X-RAY DIFFRACTION100
4.3105-4.74350.19891360.15132749X-RAY DIFFRACTION100
4.7435-5.42820.20571600.16832731X-RAY DIFFRACTION100
5.4282-6.83250.2771280.21042787X-RAY DIFFRACTION100
6.8325-37.98290.2811350.24432927X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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