+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6pe2 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Drosophila P element transposase strand transfer complex | |||||||||
要素 |
| |||||||||
キーワード | TRANSFERASE/DNA / transposase / Strand Transfer Complex / TRANSFERASE-DNA / TRANSFERASE-DNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 P-element binding / transposase activity / DNA transposition / DNA integration / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / transferase activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å | |||||||||
データ登録者 | Kellogg, E.H. / Nogales, E. / Ghanim, G. / Rio, D.C. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2019 タイトル: Structure of a P element transposase-DNA complex reveals unusual DNA structures and GTP-DNA contacts. 著者: George E Ghanim / Elizabeth H Kellogg / Eva Nogales / Donald C Rio / 要旨: P element transposase catalyzes the mobility of P element DNA transposons within the Drosophila genome. P element transposase exhibits several unique properties, including the requirement for a ...P element transposase catalyzes the mobility of P element DNA transposons within the Drosophila genome. P element transposase exhibits several unique properties, including the requirement for a guanosine triphosphate cofactor and the generation of long staggered DNA breaks during transposition. To gain insights into these features, we determined the atomic structure of the Drosophila P element transposase strand transfer complex using cryo-EM. The structure of this post-transposition nucleoprotein complex reveals that the terminal single-stranded transposon DNA adopts unusual A-form and distorted B-form helical geometries that are stabilized by extensive protein-DNA interactions. Additionally, we infer that the bound guanosine triphosphate cofactor interacts with the terminal base of the transposon DNA, apparently to position the P element DNA for catalysis. Our structure provides the first view of the P element transposase superfamily, offers new insights into P element transposition and implies a transposition pathway fundamentally distinct from other cut-and-paste DNA transposases. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6pe2.cif.gz | 303 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6pe2.ent.gz | 231.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6pe2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6pe2_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 6pe2_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6pe2_validation.xml.gz | 44 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6pe2_validation.cif.gz | 65.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/6pe2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/6pe2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
-Transposable element P ... , 2種, 4分子 AGBH
#1: タンパク質 | 分子量: 65525.992 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain (UNP residues 1-569) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q7M3K2, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの #2: タンパク質 | 分子量: 16086.797 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal domain (UNP residues 613-747) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q7M3K2, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの |
---|
-DNA鎖 , 3種, 6分子 CIDJEK
#3: DNA鎖 | 分子量: 4827.157 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) #4: DNA鎖 | 分子量: 11704.529 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) #5: DNA鎖 | 分子量: 24400.576 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
---|
-非ポリマー , 2種, 6分子
#6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-MG / |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Ternary complex of P element transposase in complex with strand transfer DNA タイプ: COMPLEX / 詳細: C1 reconstruction / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: unspecified | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K 詳細: 4 microliters of concentrated STC complex was applied to a Quantifoil 1.2/1.3 UltraAuFoil grid. After a 30 second incubation, the sample was blotted using blot force of 8 pN and a blot time of 6 seconds. |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI ARCTICA / 詳細: dataset collected at 40 degree tilt |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1857 |
電子光学装置 | 球面収差補正装置: none |
画像スキャン | 横: 7420 / 縦: 7676 / 動画フレーム数/画像: 39 |
-解析
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 253209 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 150 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: correlation coefficient |