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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6pdk | |||||||||
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タイトル | The Structure of Smlt3025, an immunity protein of the Stenotrophomonas maltophilia type IV secretion system | |||||||||
![]() | Uncharacterized protein | |||||||||
![]() | ANTITOXIN / Type IV Secretion System / Bacterial competition | |||||||||
機能・相同性 | BROMIDE ION / Uncharacterized protein![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Matsuyama, B.Y. / Farah, C.S. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The opportunistic pathogen Stenotrophomonas maltophilia utilizes a type IV secretion system for interbacterial killing. 著者: Bayer-Santos, E. / Cenens, W. / Matsuyama, B.Y. / Oka, G.U. / Di Sessa, G. / Mininel, I.D.V. / Alves, T.L. / Farah, C.S. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 66.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 49.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 433.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 436.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30486.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: K279a / 遺伝子: Smlt3025 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-CL / #3: 化合物 | ChemComp-BR / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.12 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M Imidazole/MES Monohydrate pH 6.5 0.03M Sodium Fluoride 0.03M Sodium Bromide 0.03M Sodium Iodide 12.5% MPD 12.5% PEG10000 12.5% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5419 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→46.05 Å / Num. obs: 19897 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 33.03 Å2 / Net I/σ(I): 14.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.91 Å / Num. unique obs: 3140 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.65 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→21.87 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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