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- PDB-6pd0: Crystal structure of the bacterial cellulose synthase subunit G (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pd0
タイトルCrystal structure of the bacterial cellulose synthase subunit G (BcsG) from Escherichia coli, catalytic domain
要素Cellulose biosynthesis protein BcsG
キーワードTRANSFERASE / Cellulose / Biofilm / Phosphoethanolamine
機能・相同性Cellulose biosynthesis protein BcsG / Cellulose biosynthesis protein BcsG / cellulose biosynthetic process / plasma membrane / Cellulose biosynthesis protein BcsG
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Anderson, A.C. / Brenner, T. / Weadge, J.T.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)630044 カナダ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: TheEscherichia colicellulose synthase subunit G (BcsG) is a Zn2+-dependent phosphoethanolamine transferase.
著者: Anderson, A.C. / Burnett, A.J.N. / Hiscock, L. / Maly, K.E. / Weadge, J.T.
履歴
登録2019年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cellulose biosynthesis protein BcsG
B: Cellulose biosynthesis protein BcsG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,9005
ポリマ－90,7862
非ポリマー1143
水17,601977
1
A: Cellulose biosynthesis protein BcsG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4823
ポリマ－45,3931
非ポリマー902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cellulose biosynthesis protein BcsG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4172
ポリマ－45,3931
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.510, 76.920, 95.920
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.58, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Cellulose biosynthesis protein BcsG


分子量: 45392.777 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: bcsG, yhjU, b3538, JW3506 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P37659
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 977 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES:NaOH, 20% (w/v) PEG 4000, 10% (v/v) 2-propanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月14日
放射モノクロメーター: ACCEL/BRUKER DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→47.96 Å / Num. obs: 74391 / % possible obs: 96.64 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 18.19 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.0435 / Rpim(I) all: 0.01794 / Rrim(I) all: 0.04711 / Net I/σ(I): 28.56
反射 シェル解像度: 1.75→1.813 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.2657 / Mean I/σ(I) obs: 7.42 / Num. unique obs: 6595 / CC1/2: 0.969 / Rpim(I) all: 0.1126 / Rrim(I) all: 0.2894 / % possible all: 85.96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6PCZ

6pcz


解像度: 1.75→47.958 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1987 3720 5 %
Rwork0.1608 --
obs0.1627 74374 96.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→47.958 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5706 0 3 977 6686
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075860
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0217976
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.3813488
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056864
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061052
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7501-1.77220.25721070.25372023X-RAY DIFFRACTION77
1.7722-1.79550.24631260.20962398X-RAY DIFFRACTION88
1.7955-1.82010.24111360.18932582X-RAY DIFFRACTION96
1.8201-1.84610.23381350.17842559X-RAY DIFFRACTION96
1.8461-1.87370.21561390.18162635X-RAY DIFFRACTION96
1.8737-1.9030.24221340.19682558X-RAY DIFFRACTION96
1.903-1.93420.21481390.19142637X-RAY DIFFRACTION96
1.9342-1.96750.28461370.18452593X-RAY DIFFRACTION96
1.9675-2.00330.211370.18452605X-RAY DIFFRACTION97
2.0033-2.04180.24071370.17472612X-RAY DIFFRACTION97
2.0418-2.08350.23241390.17332633X-RAY DIFFRACTION97
2.0835-2.12880.27441370.17412604X-RAY DIFFRACTION97
2.1288-2.17830.23581390.17172640X-RAY DIFFRACTION97
2.1783-2.23280.23511380.16922627X-RAY DIFFRACTION98
2.2328-2.29320.22271400.16232651X-RAY DIFFRACTION98
2.2932-2.36060.20271380.16492626X-RAY DIFFRACTION98
2.3606-2.43680.20261390.16082644X-RAY DIFFRACTION98
2.4368-2.52390.20841410.16042674X-RAY DIFFRACTION98
2.5239-2.6250.21381410.15752688X-RAY DIFFRACTION98
2.625-2.74440.18891410.1612671X-RAY DIFFRACTION99
2.7444-2.88910.20151400.16032659X-RAY DIFFRACTION99
2.8891-3.07010.18531410.15892691X-RAY DIFFRACTION99
3.0701-3.30710.18871420.15572700X-RAY DIFFRACTION99
3.3071-3.63980.17161420.14582686X-RAY DIFFRACTION99
3.6398-4.16620.15521430.13782727X-RAY DIFFRACTION100
4.1662-5.2480.14671450.13322747X-RAY DIFFRACTION100
5.248-47.97560.191470.1612784X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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