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- PDB-6pcp: Mechanism for regulation of DNA binding of Bordetella bronchisept... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pcp
タイトルMechanism for regulation of DNA binding of Bordetella bronchiseptica BpsR by 6-hydroxynicotinic acid
要素MarR family transcriptional regulator
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Inhibition / Biofilm / Transcription Regulation / Bordetella / BpsR
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
Winged helix DNA-binding domain / MarR-type HTH domain profile. / MarR-type HTH domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
6-hydroxypyridine-3-carboxylic acid / MarR family transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Bordetella pertussis (百日咳菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Booth, W.T. / Davis, R.R. / Deora, R. / Hollis, T.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2019
タイトル: Structural mechanism for regulation of DNA binding of BpsR, a Bordetella regulator of biofilm formation, by 6-hydroxynicotinic acid.
著者: Booth, W.T. / Davis, R.R. / Deora, R. / Hollis, T.
履歴
登録2019年6月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MarR family transcriptional regulator
B: MarR family transcriptional regulator
C: MarR family transcriptional regulator
D: MarR family transcriptional regulator
E: MarR family transcriptional regulator
F: MarR family transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,19912
ポリマ－106,3646
非ポリマー8356
水1448
1
A: MarR family transcriptional regulator
D: MarR family transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7334
ポリマ－35,4552
非ポリマー2782
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4750 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area13410 Å2
手法PISA
2
B: MarR family transcriptional regulator
C: MarR family transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7334
ポリマ－35,4552
非ポリマー2782
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4770 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area13480 Å2
手法PISA
3
E: MarR family transcriptional regulator
F: MarR family transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7334
ポリマ－35,4552
非ポリマー2782
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4730 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area13430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.543, 110.571, 273.331
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
MarR family transcriptional regulator


分子量: 17727.361 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bordetella pertussis (百日咳菌) / 遺伝子: marR_2, ERS014547_01166 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: A0A0T7MD48
#2: 化合物
ChemComp-OA7 / 6-hydroxypyridine-3-carboxylic acid / 6-hydroxynicotinic acid / 6-ヒドロキシニコチン酸


分子量: 139.109 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.34 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES (pH 7.5), 2 mM 6-HNA, 0.2 M MgCl2, 18.5 % PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 R 100K-A / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→30.086 Å / Num. obs: 18178 / % possible obs: 90.78 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 45.62 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.134 / Net I/σ(I): 15.18
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.185 / Mean I/σ(I) obs: 5.71 / Num. unique obs: 1564 / CC1/2: 0.966 / Rpim(I) all: 0.097 / Rrim(I) all: 0.21 / % possible all: 79.39

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-3000717.1データ削減
HKL-3000717.1データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6PCO

6pco


解像度: 3.2→30.086 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: NONE / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.72
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 1805 10.01 %
Rwork0.2165 --
obs0.2221 18028 90.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→30.086 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6089 0 60 8 6157
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036250
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6628531
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.0413742
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041055
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041105
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.28640.33681180.27411051X-RAY DIFFRACTION79
3.2864-3.3830.34291250.28291122X-RAY DIFFRACTION82
3.383-3.4920.33421200.24771097X-RAY DIFFRACTION82
3.492-3.61670.32761280.251141X-RAY DIFFRACTION85
3.6167-3.76120.32081320.26571171X-RAY DIFFRACTION86
3.7612-3.9320.32691280.22631165X-RAY DIFFRACTION86
3.932-4.13880.30571390.20871239X-RAY DIFFRACTION91
4.1388-4.39740.23531450.20141286X-RAY DIFFRACTION95
4.3974-4.73570.23631490.18381351X-RAY DIFFRACTION98
4.7357-5.21010.22631550.19121384X-RAY DIFFRACTION99
5.2101-5.95890.28221500.22521369X-RAY DIFFRACTION100
5.9589-7.48840.25781580.22031406X-RAY DIFFRACTION100
7.4884-30.08760.18331580.17311441X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 43.9618 Å / Origin y: 26.4418 Å / Origin z: -38.6463 Å
111213212223313233
T0.0077 Å20.0432 Å2-0.0887 Å2-0.1684 Å20.0693 Å2---0.1476 Å2
L0.2441 °20.0062 °20.0806 °2-0.1409 °2-0.1265 °2--0.4459 °2
S-0.0386 Å °-0.0614 Å °-0.134 Å °0.0718 Å °-0.1179 Å °0.0512 Å °-0.1101 Å °0.0838 Å °0.026 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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