[日本語] English
万見
- PDB-6pco: Mechanism for regulation of DNA binding of Bordetella bronchisept... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pco
タイトルMechanism for regulation of DNA binding of Bordetella bronchiseptica BpsR by 6-hydroxynicotinic acid
要素MarR-family transcriptional regulator
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Inhibition / Biofilm / Transcription Regulation / Bordetella / BpsR
機能・相同性
機能・相同性情報


response to stress / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
: / MarR family / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-BUTANEDIOL / MarR-family transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Bordetella bronchiseptica (気管支敗血症菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Booth, W.T. / Davis, R.R. / Deora, R. / Hollis, T.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2019
タイトル: Structural mechanism for regulation of DNA binding of BpsR, a Bordetella regulator of biofilm formation, by 6-hydroxynicotinic acid.
著者: Booth, W.T. / Davis, R.R. / Deora, R. / Hollis, T.
履歴
登録2019年6月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: MarR-family transcriptional regulator
B: MarR-family transcriptional regulator
C: MarR-family transcriptional regulator
D: MarR-family transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,9615
ポリマ－86,8714
非ポリマー901
水18010
1
A: MarR-family transcriptional regulator
B: MarR-family transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5253
ポリマ－43,4352
非ポリマー901
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5210 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area13490 Å2
手法PISA
2
C: MarR-family transcriptional regulator
D: MarR-family transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4352
ポリマ－43,4352
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3480 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area10560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.870, 90.523, 103.051
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
MarR-family transcriptional regulator


分子量: 21717.639 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bordetella bronchiseptica (気管支敗血症菌)
遺伝子: BB1771 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: A0A0H3LTT0
#2: 化合物 ChemComp-BU1 / 1,4-BUTANEDIOL / 1,4-ブタンジオ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.25 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 18% PEG 2250, 0.2 M potassium formate, and 15% butanediol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月8日 / 詳細: VariMax
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→34.03 Å / Num. obs: 17964 / % possible obs: 98.65 % / 冗長度: 1.1 % / Biso Wilson estimate: 70.01 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 23.4
反射 シェル解像度: 2.75→2.85 Å / 冗長度: 1.1 % / Rmerge(I) obs: 0.549 / Mean I/σ(I) obs: 4.38 / Num. unique obs: 1712 / CC1/2: 0.906 / Rpim(I) all: 0.33 / Rrim(I) all: 0.642 / % possible all: 97.44

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
HKL-3000717.1データ削減
HKL-3000717.1データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2NNN

2nnn


解像度: 2.75→34.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / SU B: 13.702 / SU ML: 0.277 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.794 / ESU R Free: 0.395 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30139 895 5.1 %RANDOM
Rwork0.23116 ---
obs0.23479 16513 96.44 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 71.499 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.18 Å2-0 Å20 Å2
2---0.08 Å20 Å2
3---0.25 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.75→34.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3512 0 6 10 3528
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0143567
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173273
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2171.6544850
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.911.6337605
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6285462
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.81220.608181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.68615568
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4311533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.2493
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024062
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02618
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.5427.4941866
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.5367.4921865
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.02711.212322
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other8.02511.2142323
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.3457.8781701
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.3237.8781701
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other9.25711.6382529
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined11.13189.7243957
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other11.13289.7323958
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.821 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.435 53 -
Rwork0.338 1207 -
obs--97.37 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る