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- PDB-6pcd: Crystal structure of beta-ketoadipyl-CoA thiolase mutant (C90S-H3... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pcd
タイトルCrystal structure of beta-ketoadipyl-CoA thiolase mutant (C90S-H356A) in complex Octanoyl coenzyme A
要素Beta-ketoadipyl-CoA thiolase
キーワードTRANSFERASE / aromatic pollutant catabolism / degradative enzymes
機能・相同性
機能・相同性情報


3-oxoadipyl-CoA thiolase / 3-oxoadipyl-CoA thiolase activity / acetyl-CoA C-acyltransferase activity / 3,4-dihydroxybenzoate catabolic process / phenylacetate catabolic process / fatty acid beta-oxidation
類似検索 - 分子機能
Beta-ketoadipyl CoA thiolase / Thiolase, active site / Thiolases active site. / Thiolase, acyl-enzyme intermediate active site / Thiolases acyl-enzyme intermediate signature. / Thiolase, conserved site / Thiolases signature 2. / Thiolase / Thiolase, C-terminal / Thiolase, C-terminal domain ...Beta-ketoadipyl CoA thiolase / Thiolase, active site / Thiolases active site. / Thiolase, acyl-enzyme intermediate active site / Thiolases acyl-enzyme intermediate signature. / Thiolase, conserved site / Thiolases signature 2. / Thiolase / Thiolase, C-terminal / Thiolase, C-terminal domain / Thiolase, N-terminal / Thiolase, N-terminal domain / Thiolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / : / OCTANAL / 3-oxoadipyl-CoA thiolase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.37 Å
データ登録者Sukritee, B. / Panjikar, S.
引用ジャーナル: J Struct Biol X / 年: 2020
タイトル: Structural basis for differentiation between two classes of thiolase: Degradative vs biosynthetic thiolase.
著者: Bhaskar, S. / Steer, D.L. / Anand, R. / Panjikar, S.
履歴
登録2019年6月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-ketoadipyl-CoA thiolase
B: Beta-ketoadipyl-CoA thiolase
C: Beta-ketoadipyl-CoA thiolase
D: Beta-ketoadipyl-CoA thiolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,35722
ポリマ－177,6824
非ポリマー2,67518
水31,3281739
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23460 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area48230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.078, 116.621, 128.561
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Beta-ketoadipyl-CoA thiolase


分子量: 44420.578 Da / 分子数: 4 / 変異: C90S, H356A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas putida (strain ATCC 47054 / DSM 6125 / NCIMB 11950 / KT2440) (バクテリア)
株: ATCC 47054 / DSM 6125 / NCIMB 11950 / KT2440 / 遺伝子: pcaF-I, PP_1377 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q88N39, acetyl-CoA C-acyltransferase, 3-oxoadipyl-CoA thiolase

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非ポリマー , 6種, 1757分子

#2: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#3: 化合物 ChemComp-OYA / OCTANAL / OCTYL ALDEHYDE / オクタナ-ル


分子量: 128.212 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H16O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: K
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1739 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.18 % / 解説: Plate type
結晶化温度: 299 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: lithium chloride,PEG 6000,tris (pH- 7.3-8.3) / PH範囲: 7.3-8.3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.37→80 Å / Num. obs: 677103 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 12.4 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rrim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 11.96
反射 シェル解像度: 1.37→1.45 Å / 冗長度: 3.29 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 2.09 / Num. unique obs: 108090 / CC1/2: 0.71 / Rrim(I) all: 0.656 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
Auto-Rickshaw位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: native structure

解像度: 1.37→19.991 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / WRfactor Rfree: 0.172 / WRfactor Rwork: 0.138 / SU B: 2.471 / SU ML: 0.042 / Average fsc free: 0.9275 / Average fsc work: 0.9563 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.048 / ESU R Free: 0.047 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1725 938 0.271 %RANDOM
Rwork0.14 345731 --
all0.14 ---
obs-346669 99.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.824 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.404 Å20 Å20 Å2
2--3.327 Å20 Å2
3----1.923 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.37→19.991 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11649 0 161 1739 13549
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01212332
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4171.62916756
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.49251671
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.87921.642597
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.943152015
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.07715101
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.21622
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.029518
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.26132
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2990.28451
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1180.21232
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2120.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1510.232
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1490.231
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6881.7776576
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1453.3558274
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8812.1225756
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.433.8528479
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it3.8128.65419384
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.231312332
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.37-1.4050.352870.278249570.278254120.6850.85698.55190.273
1.405-1.4440.269670.22246910.22247960.8960.90599.84670.209
1.444-1.4850.205630.192239720.192241080.9440.93799.69720.178
1.485-1.5310.183540.18233870.18234520.9180.94899.95310.164
1.531-1.5810.204540.156226560.156227380.9210.95999.87690.139
1.581-1.6360.168420.127219510.127220030.9610.97599.95460.11
1.636-1.6970.157620.116211880.116212600.9550.97799.9530.098
1.697-1.7660.153810.103203840.103204890.9710.98199.88290.087
1.766-1.8440.156530.098195630.099196610.9720.98299.77110.085
1.844-1.9330.152420.106187420.106188250.9750.9899.78220.095
1.933-2.0360.14380.118178450.118179240.9690.9899.77130.11
2.036-2.1590.159510.133169180.133169870.9790.97699.8940.128
2.159-2.3060.173380.132159290.132159950.9540.97299.82490.13
2.306-2.4880.146360.129148650.129149490.9620.96999.67890.13
2.488-2.7210.183480.133136650.133137900.9550.96999.44160.138
2.721-3.0350.205250.146124140.146125290.9360.96499.28170.156
3.035-3.4910.193300.148110050.148111380.9510.97299.07520.164
3.491-4.2440.17270.13794420.13795150.980.97999.51660.157
4.244-5.870.131290.13775150.13775460.9750.97699.97350.166
5.87-19.9910.127110.16746040.16746180.980.96799.9350.207

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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