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- PDB-6pbg: Crystal structure of WD-repeat domain of human coatomer subunit A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pbg
タイトルCrystal structure of WD-repeat domain of human coatomer subunit Alpha (COPA)
要素Coatomer subunit alpha
キーワードPROTEIN TRANSPORT / COPA / WD-repeat / Coatomer Subunit Alpha / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic juice secretion / COPI vesicle coat / intra-Golgi vesicle-mediated transport / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / COPI-mediated anterograde transport / transport vesicle / intracellular protein transport / hormone activity ...pancreatic juice secretion / COPI vesicle coat / intra-Golgi vesicle-mediated transport / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / COPI-mediated anterograde transport / transport vesicle / intracellular protein transport / hormone activity / growth cone / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / structural molecule activity / extracellular space / extracellular exosome / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Coatomer, alpha subunit, C-terminal / Coatomer subunit alpha / : / Coatomer (COPI) alpha subunit C-terminus / Coatomer, WD associated region / : / Coatomer WD associated region / Cytochrome cd1-nitrite reductase-like, haem d1 domain superfamily / Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase ...Coatomer, alpha subunit, C-terminal / Coatomer subunit alpha / : / Coatomer (COPI) alpha subunit C-terminus / Coatomer, WD associated region / : / Coatomer WD associated region / Cytochrome cd1-nitrite reductase-like, haem d1 domain superfamily / Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
L(+)-TARTARIC ACID / Coatomer subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Halabelian, L. / Zeng, H. / Dong, A. / Loppnau, P. / Seitova, A. / Hutchinson, A. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of W repeat domain of human coatomer subunit Alpha (COPA)
著者: Halabelian, L. / Zeng, H. / Dong, A. / Loppnau, P. / Seitova, A. / Hutchinson, A. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2019年6月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coatomer subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2213
ポリマ－37,0711
非ポリマー1502
水3,909217
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.633, 85.452, 47.913
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.040, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Coatomer subunit alpha / Alpha-coat protein / Alpha-COP / HEP-COP / HEPCOP


分子量: 37071.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COPA / プラスミド: pFBOH-MHL
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P53621
#2: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#3: 化合物 ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.73 % / Mosaicity: 0.948 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.2M di-Ammonium Tartrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2019年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→50 Å / Num. obs: 26521 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.096 / Χ2: 1.209 / Net I/σ(I): 8.3 / Num. measured all: 170533
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.72-1.754.10.4729770.8330.2360.5320.89969.3
1.75-1.784.60.51910670.8330.2530.5810.86376.2
1.78-1.824.90.47911940.8890.2260.5320.83984.1
1.82-1.855.20.41113070.930.1930.4560.85892.8
1.85-1.895.70.36313080.9420.1630.40.90593.7
1.89-1.9460.3113460.9570.1360.3390.95794.1
1.94-1.996.30.26913450.9740.1150.293196.3
1.99-2.046.60.2413150.9820.1010.2611.04692
2.04-2.16.50.20713540.9840.0860.2241.13596.4
2.1-2.176.70.19113440.9850.0790.2071.18694
2.17-2.246.70.16613640.9890.0680.181.14198
2.24-2.336.80.15513510.9870.0640.1681.16396.2
2.33-2.446.90.14313890.9910.0580.1551.08798.4
2.44-2.577.10.13413900.9910.0540.1451.16197.7
2.57-2.737.20.10613850.9950.0420.1141.14298.2
2.73-2.947.30.08614040.9970.0340.0931.15298.5
2.94-3.247.40.06414010.9980.0250.0691.37199.2
3.24-3.717.30.05214270.9980.0210.0561.71999.5
3.71-4.677.20.04514200.9990.0180.0491.8899.6
4.67-506.60.04314330.9990.0180.0471.73997.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.72 Å20.75 Å
Translation1.72 Å20.75 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000data processing
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4J87

4j87


解像度: 1.72→20.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 2.875 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.126
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2182 740 2.8 %RANDOM
Rwork0.1714 ---
obs0.1727 25722 93.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 55.72 Å2 / Biso mean: 17.7 Å2 / Biso min: 10.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.65 Å20 Å2-0.03 Å2
2--1.89 Å20 Å2
3----0.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.72→20.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2458 0 11 220 2689
Biso mean--23.54 27.17 -
残基数----303
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0132578
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0172302
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3521.6373508
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2581.585321
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.1695311
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.06221.233146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.60615417
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.4221519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.2322
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022903
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02602
LS精密化 シェル解像度: 1.72→1.765 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 54 -
Rwork0.264 1414 -
all-1468 -
obs--70.71 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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