[日本語] English
万見
- PDB-6pay: Structure of HsICDH1:Mg(II):ICT:NADPH(50%) complex reveals struct... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pay
タイトルStructure of HsICDH1:Mg(II):ICT:NADPH(50%) complex reveals structural basis for observation of half-sites reactivity
要素Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
キーワードOXIDOREDUCTASE / substrate complex / half-sites reactivity / ICDH mechanism
機能・相同性
機能・相同性情報


Abnormal conversion of 2-oxoglutarate to 2-hydroxyglutarate / NADPH regeneration / regulation of phospholipid catabolic process / regulation of phospholipid biosynthetic process / NFE2L2 regulating TCA cycle genes / isocitrate metabolic process / isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / 2-oxoglutarate metabolic process / NADP metabolic process ...Abnormal conversion of 2-oxoglutarate to 2-hydroxyglutarate / NADPH regeneration / regulation of phospholipid catabolic process / regulation of phospholipid biosynthetic process / NFE2L2 regulating TCA cycle genes / isocitrate metabolic process / isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / 2-oxoglutarate metabolic process / NADP metabolic process / glyoxylate cycle / response to steroid hormone / female gonad development / peroxisomal matrix / tricarboxylic acid cycle / glutathione metabolic process / Peroxisomal protein import / NAD binding / peroxisome / tertiary granule lumen / NADP binding / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / response to oxidative stress / cadherin binding / Neutrophil degranulation / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / mitochondrion / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Isocitrate dehydrogenase NADP-dependent / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase, conserved site / Isocitrate and isopropylmalate dehydrogenases signature. / Isopropylmalate dehydrogenase-like domain / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / ISOCITRIC ACID / Chem-NDP / Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.199 Å
データ登録者Silvaggi, N.R. / Melkonian, T.R. / Roman, J.V. / Moran, G.R.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2019
タイトル: Transient-State Analysis of Human Isocitrate Dehydrogenase I: Accounting for the Interconversion of Active and Non-Active Conformational States.
著者: Roman, J.V. / Melkonian, T.R. / Silvaggi, N.R. / Moran, G.R.
履歴
登録2019年6月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
B: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
C: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
D: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,81420
ポリマ－186,8814
非ポリマー1,93316
水6,503361
1
A: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
D: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,84912
ポリマ－93,4402
非ポリマー1,40810
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10160 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area30360 Å2
手法PISA
2
B: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
C: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,9658
ポリマ－93,4402
非ポリマー5256
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8450 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area31450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.600, 74.600, 142.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.20, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic / IDH / Cytosolic NADP-isocitrate dehydrogenase / IDP / NADP(+)-specific ICDH / Oxalosuccinate ...IDH / Cytosolic NADP-isocitrate dehydrogenase / IDP / NADP(+)-specific ICDH / Oxalosuccinate decarboxylase / Isocitrate dehydrogenase 1


分子量: 46720.223 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IDH1, PICD / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O75874, isocitrate dehydrogenase (NADP+)

-
非ポリマー , 5種, 377分子

#2: 化合物
ChemComp-ICT / ISOCITRIC ACID / D-イソくえん酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#5: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 361 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.3 % / 解説: Thick plates
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 20% PEG3350, 10% Tacsimate, pH 5.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年10月4日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.199→47.105 Å / Num. obs: 100492 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 2.199→2.24 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.444 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 6030 / CC1/2: 0.903 / Rpim(I) all: 0.271 / Rrim(I) all: 0.522 / % possible all: 89.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_3525: ???)精密化
HKL-2000v715データ削減
HKL-2000v715データスケーリング
PHASER2.7.16位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1T0L

1t0l


解像度: 2.199→47.105 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2422 1898 2.2 %
Rwork0.2242 --
obs0.2246 86426 85.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.199→47.105 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12757 0 117 361 13235
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00313133
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.58117750
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3857767
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441929
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032281
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1986-2.25360.3064820.28513600X-RAY DIFFRACTION51
2.2536-2.31460.3051870.29034240X-RAY DIFFRACTION60
2.3146-2.38270.34391090.29164640X-RAY DIFFRACTION66
2.3827-2.45960.28811140.28725065X-RAY DIFFRACTION72
2.4596-2.54750.27721240.27725528X-RAY DIFFRACTION78
2.5475-2.64950.33211420.28356058X-RAY DIFFRACTION86
2.6495-2.770.29721420.26876582X-RAY DIFFRACTION93
2.77-2.9160.27541490.26716650X-RAY DIFFRACTION95
2.916-3.09870.27971520.25726852X-RAY DIFFRACTION97
3.0987-3.33790.22691560.23616931X-RAY DIFFRACTION98
3.3379-3.67370.2461600.21557000X-RAY DIFFRACTION99
3.6737-4.2050.18911590.18847084X-RAY DIFFRACTION100
4.205-5.29670.17931610.16487123X-RAY DIFFRACTION100
5.2967-47.11610.23141610.19277175X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.12740.30060.97170.8632-0.20341.1533-0.0902-0.53770.32340.33390.2967-0.28-0.13580.3859-0.08130.31490.0564-0.01360.6188-0.26080.3719-23.9346.1188-9.354
20.67890.3331-0.22940.4410.23140.4843-0.11250.10230.3374-0.18360.1575-0.1302-0.14570.2904-0.05890.2604-0.2160.06120.3965-0.12790.3966-25.28896.5365-30.8839
30.013-0.0103-0.01960.06630.04070.0775-0.0020.05530.194-0.23040.0992-0.1413-0.19370.04880.02220.2691-0.52280.1870.3069-0.05870.6154-23.577110.974-40.1033
40.03160.0170.07260.03070.04290.18930.00910.14520.2945-0.16580.0232-0.3954-0.06750.22260.10270.4546-0.36410.21680.5166-0.09320.5327-10.68192.7615-43.3634
50.31-0.14420.14061.0750.0821.5396-0.2574-0.46620.11570.2160.3737-0.31150.15540.5326-0.10010.19850.02130.01010.6444-0.18410.3764-14.0759-5.1451-18.226
65.24282.52211.02292.40070.12290.55980.1565-0.3656-0.49580.3404-0.0216-0.6090.03180.3888-0.12080.50180.32-0.10621.2272-0.1210.4776-4.9784-9.6989-5.2291
74.35981.00751.07082.09130.26941.4921-0.0870.5550.0433-0.13030.13850.035-0.486-0.0231-0.04350.34180.07210.00930.3011-0.00420.1414-23.07685.49288.4631
80.4767-0.3638-0.03460.7369-0.07190.5478-0.195-0.07660.14020.36960.1711-0.025-0.5814-0.0528-0.02130.51810.5423-0.01380.1776-0.06160.319-27.19415.361933.8889
92.22720.41090.18442.6464-0.12541.56280.08320.4391-0.2433-0.3012-0.01090.09520.1161-0.3841-0.06840.30760.0529-0.02640.3662-0.03980.1893-35.8664-9.45299.3344
103.04071.4765-1.30042.11090.60711.67440.174-0.86310.21040.7416-0.2265-0.0802-0.3009-0.17320.04340.70470.1177-0.12010.6106-0.10250.2932-16.1571-7.340763.4597
111.7911-0.12490.40770.51350.17230.3770.0042-0.1285-0.31170.17280.0558-0.0950.14340.0314-0.07690.43060.184-0.0280.2475-0.00930.3055-18.6602-15.408344.015
120.6816-0.8125-0.30991.9493-0.53920.9723-0.3534-0.11850.48210.26430.1787-0.4624-0.46590.10120.13750.82530.069-0.280.2976-0.12740.524-6.431513.081940.1861
130.8832-0.0456-0.14971.4486-0.0441.0049-0.1647-0.014-0.05280.05950.1541-0.2486-0.16380.28830.01820.34790.2015-0.06570.2892-0.10230.3426-8.0451-6.770332.2546
140.8782-0.51740.05740.6038-0.22010.1276-0.1489-0.3131-0.13320.37430.1247-0.12370.00640.00570.03670.45880.3389-0.04240.2595-0.01830.3248-17.4675-12.91444.1668
152.18830.5519-0.34890.60190.052.24540.0386-0.9147-0.34580.5521-0.1324-0.21590.4365-0.27930.09280.66030.0488-0.06560.49670.08940.3705-25.9977-23.814458.2999
162.1407-0.90770.50011.42130.69081.18380.16410.8112-0.0478-0.809-0.19830.0961-0.1979-0.04010.04740.9231-0.2244-0.08670.8686-0.02170.3137-34.4166-7.7734-62.8285
171.18350.06370.12110.2118-0.37890.75870.00590.27530.083-0.42830.1303-0.04030.05080.016-0.13530.4008-0.17930.00680.2827-0.02410.2579-35.3087-2.6258-41.6962
181.114-0.07550.05070.90950.27610.4455-0.09930.1664-0.1308-0.32770.14090.24080.1035-0.0231-0.03030.344-0.24350.00880.2825-0.00850.3274-36.7677-8.3391-35.191
190.3461-0.19490.16690.1314-0.22020.77220.06630.2823-0.1833-0.3728-0.0350.05880.09950.3726-0.09590.9387-0.27420.05410.8394-0.39380.4645-24.0986-23.6127-58.3134
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 94 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 95 through 164 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 165 through 234 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 235 through 260 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 261 through 393 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 394 through 412 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 4 through 94 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 95 through 312 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 313 through 413 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 5 through 94 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 95 through 133 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 134 through 164 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 165 through 260 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 261 through 311 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 312 through 412 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 5 through 94 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 95 through 164 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 165 through 311 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 312 through 412 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る