PDB-6pak: Insight into subtilisin E-S7 cleavage pattern based on crystal st...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6pak

タイトル

Insight into subtilisin E-S7 cleavage pattern based on crystal structure and hydrolysates peptide analysis

要素

Subtilisin E

キーワード

HYDROLASE / subtilisin

機能・相同性

機能・相同性情報

subtilisin / sporulation resulting in formation of a cellular spore / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.98 Å

データ登録者

Tang, H. / Shi, K. / Aihara, H.

資金援助

米国,

中国, 2件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Enhancing subtilisin thermostability through a modified normalized B-factor analysis and loop-grafting strategy.
著者: Tang, H. / Shi, K. / Shi, C. / Aihara, H. / Zhang, J. / Du, G.

履歴

登録	2019年6月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年10月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年10月30日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2019年12月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2019年12月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.4	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6pak.cif.gz	304.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6pak.ent.gz	249.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6pak.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6pak_validation.pdf.gz	457.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6pak_full_validation.pdf.gz	462.1 KB	表示
XML形式データ	6pak_validation.xml.gz	26.5 KB	表示
CIF形式データ	6pak_validation.cif.gz	38.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pa/6pak ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pa/6pak	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6o44S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1s02-d 4aor-1 1yja-d 4dww-d 6o44-1 1scd-d 7am6-3 7am6-2 2st1-d 3gvz-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#184 - 2015年4月グルカゴン (Glucagon) 類似性 (11) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (16)

登録構造単位

A: Subtilisin E

B: Subtilisin E

ヘテロ分子

58.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Subtilisin E

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
29.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Subtilisin E

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.247, 80.475, 86.920
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Subtilisin E 分子量: 29136.164 Da / 分子数: 2 / 変異: T236S,S264Q,S265H,G266P,S267K,T268E / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) 株: 168 / 遺伝子: aprE, apr, aprA, sprE, BSU10300 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04189, subtilisin
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 454 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.2 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Ammonium sulfate, PEG 4,000, Tris-HCl (pH 8.0)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.98→80.28 Å / Num. obs: 36622 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.7 % / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.214 / Net I/σ(I): 6.3
反射シェル	解像度: 1.98→2.03 Å / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 1.338 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 2553 / CC_1/2: 0.501 / R_sym value: 1.338 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3219: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 6O44

6o44

解像度: 1.98→46.216 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.46

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2864	1789	4.91 %
R_work	0.2394	-	-
obs	0.2417	36465	98.67 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.98→46.216 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3948	0	20	455	4423

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	4042
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.684	5512
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.042	2362
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	634
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	722

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.98-2.0336	0.3339	148	0.3193	2623	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0336-2.0934	0.3543	142	0.3066	2584	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0934-2.161	0.3036	122	0.2837	2673	X-RAY DIFFRACTION	99
2.161-2.2382	0.3215	143	0.2793	2651	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2382-2.3278	0.3473	126	0.2714	2629	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3278-2.4337	0.2968	118	0.2637	2654	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4337-2.562	0.2926	126	0.2489	2670	X-RAY DIFFRACTION	99
2.562-2.7225	0.259	123	0.2376	2671	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7225-2.9327	0.2803	148	0.226	2666	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9327-3.2278	0.2639	174	0.2224	2638	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2278-3.6947	0.2617	134	0.2077	2696	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6947-4.6542	0.2587	117	0.1896	2728	X-RAY DIFFRACTION	98
4.6542-46.229	0.2969	168	0.2588	2793	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2594	-0.9464	0.088	2.8971	-0.01	2.0401	0.1598	-0.0057	-0.1615	-0.209	-0.0582	0.011	0.1585	-0.1508	-0.0438	0.1991	-0.035	0.0202	0.1994	0.0123	0.1178	1.9293	-6.152	-35.328
2	0.5878	-1.1035	-1.1096	2.4742	1.0735	2.6019	0.0077	0.0297	-0.0795	0.0652	0.0979	-0.2562	-0.2473	-0.1286	-0.0025	0.2326	-0.0105	-0.0013	0.137	0.0024	0.1913	6.1066	10.9126	-21.4895
3	1.3037	-0.1663	-0.5343	1.5185	-0.3834	1.259	-0.1073	-0.1654	0.0889	0.2589	0.0904	0.0783	-0.0452	-0.0329	0.0336	0.1899	0.0124	0.0106	0.1764	0.0063	0.1831	2.7676	3.0015	-17.1163
4	3.5751	-3.7304	1.8984	5.3594	-0.9543	2.4442	-0.2509	-0.2822	-0.0666	0.3322	0.2124	-0.2826	-0.064	0.0069	0.0826	0.1793	0.006	0.0174	0.1409	0.0662	0.1552	10.3023	-10.002	-12.0844
5	0.8894	-0.075	0.2297	1.1154	-0.3438	0.6361	-0.0164	-0.0107	-0.0808	-0.0285	0.0095	-0.0195	-0.0048	-0.0361	-0.0342	0.1416	0.0017	0.013	0.1725	0.0071	0.1722	5.4768	-8.985	-21.0747
6	4.94	-2.8136	4.0563	3.8353	-2.6421	6.2536	0.1451	-0.1798	-0.6601	-0.1528	0.1929	0.1902	0.3636	-0.2328	-0.3191	0.1738	-0.0439	0.0034	0.1346	0.0238	0.2401	3.1799	-19.2447	-23.8711
7	0.772	0.407	0.1198	1.4868	0.0273	0.6836	-0.1057	-0.2398	-0.1513	0.2033	0.0731	-0.1591	-0.1351	0.1409	0.0035	0.2387	-0.0162	0.0221	0.2328	0.0222	0.1726	-35.2337	-6.721	-8.2469
8	0.543	-0.4636	0.5741	1.6598	-0.2874	1.913	0.0518	-0.0416	-0.4082	-0.0454	0.0619	0.0765	0.1296	0.0316	0.0472	0.2003	0.001	-0.002	0.1753	0.0369	0.2006	-31.8507	-20.8595	-18.1005
9	1.1295	0.7493	1.1393	3.351	1.3628	2.622	-0.0761	-0.0492	-0.341	0.1168	0.1687	-0.2846	-0.0717	0.3155	-0.1865	0.2778	0.0411	0.0609	0.1728	-0.0589	0.3884	-30.5113	-26.1987	-25.6842
10	1.449	0.0209	0.5405	1.5421	0.032	1.8073	-0.0033	0.055	-0.153	-0.2666	-0.0279	-0.0278	0.0906	0.0168	0.0567	0.2205	0.0114	0.0332	0.1354	0.0013	0.2098	-32.4787	-17.8078	-23.0233
11	1.468	-0.0705	0.3556	1.6702	-0.122	1.8482	0.0105	0.2047	0.0299	-0.2426	0.0376	-0.1093	0.1792	0.2384	0.0912	0.2217	-0.0044	0.0011	0.2483	-0.0069	0.191	-38.2354	-11.6329	-33.3024
12	4.4734	0.0731	0.2365	2.0315	0.4228	1.7202	-0.4135	0.567	0.0368	-0.4831	0.1887	-0.324	0.1715	0.1917	0.2642	0.1694	0.0144	0.0258	0.2681	0.0143	0.2038	-26.8767	-2.6284	-31.4055
13	3.1643	-0.6707	0.8961	0.4402	0.4193	1.6384	-0.0672	0.6381	0.038	-0.5072	0.2518	-0.1241	-0.1003	0.4635	0.0438	0.3143	-0.027	-0.0044	0.3354	-0.0488	0.2756	-31.852	-2.5506	-35.7446
14	1.8358	-0.0307	0.0144	0.702	-0.1778	1.0907	-0.026	-0.0423	0.0673	-0.0345	-0.0215	-0.0302	-0.0451	0.1332	0.0364	0.1826	-0.0066	0.0131	0.1392	-0.0083	0.1824	-31.6294	-3.9625	-20.2199
15	5.6562	2.5849	-3.0235	4.3451	-2.4341	5.8436	0.2315	0.1594	0.8893	-0.0134	0.0808	0.0379	-0.4828	-0.0525	-0.3904	0.2322	0.0189	-0.0046	0.1227	0.0309	0.2754	-33.9115	6.4983	-19.5693

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 26 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 27 through 63 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 64 through 144 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 145 through 162 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 163 through 253 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 254 through 277 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 1 through 26 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 27 through 43 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 44 through 63 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 64 through 116 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 117 through 144 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 145 through 162 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 163 through 175 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 176 through 253 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 254 through 277 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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