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- PDB-6pa1: Killer cell immunoglobulin-like receptor 2DL2 in complex with HLA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pa1
タイトルKiller cell immunoglobulin-like receptor 2DL2 in complex with HLA-C*07:02
要素
  • ARG-TYR-ARG-PRO-GLY-THR-VAL-ALA-LEU
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, Cw-7 alpha chain
  • Killer cell immunoglobulin-like receptor 2DL2
キーワードIMMUNE SYSTEM / KIR receptor / HLA / innate immunity / NK cell / T cell
機能・相同性
機能・相同性情報


immune response-regulating signaling pathway / TAP binding / Chromatin modifying enzymes / telomere organization / Interleukin-7 signaling / RNA Polymerase I Promoter Opening / epigenetic regulation of gene expression / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation ...immune response-regulating signaling pathway / TAP binding / Chromatin modifying enzymes / telomere organization / Interleukin-7 signaling / RNA Polymerase I Promoter Opening / epigenetic regulation of gene expression / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / secretory granule membrane / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / HCMV Late Events / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / PRC2 methylates histones and DNA / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / cellular response to iron ion / HDACs deacetylate histones / Endosomal/Vacuolar pathway / RNA Polymerase I Promoter Escape / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / NoRC negatively regulates rRNA expression / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / HDMs demethylate histones / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / PKMTs methylate histone lysines / MHC class I protein complex / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / RMTs methylate histone arginines / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / HCMV Early Events / specific granule lumen / positive regulation of cellular senescence / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / Transcriptional regulation of granulopoiesis / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / structural constituent of chromatin / negative regulation of epithelial cell proliferation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of immune response / Interferon gamma signaling / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of T cell activation / Interferon alpha/beta signaling / nucleosome / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of protein binding / nucleosome assembly / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / chromatin organization / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / HATs acetylate histones / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / T cell differentiation in thymus
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like ...: / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Histone-fold / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, C alpha chain / Killer cell immunoglobulin-like receptor 2DL2 / Beta-2-microglobulin / Histone H3.1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.01 Å
データ登録者Moradi, S. / Rossjohn, J. / Vivian, J.P.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural plasticity of KIR2DL2 and KIR2DL3 enables altered docking geometries atop HLA-C.
著者: Moradi, S. / Stankovic, S. / O'Connor, G.M. / Pymm, P. / MacLachlan, B.J. / Faoro, C. / Retiere, C. / Sullivan, L.C. / Saunders, P.M. / Widjaja, J. / Cox-Livingstone, S. / Rossjohn, J. / ...著者: Moradi, S. / Stankovic, S. / O'Connor, G.M. / Pymm, P. / MacLachlan, B.J. / Faoro, C. / Retiere, C. / Sullivan, L.C. / Saunders, P.M. / Widjaja, J. / Cox-Livingstone, S. / Rossjohn, J. / Brooks, A.G. / Vivian, J.P.
履歴
登録2019年6月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, Cw-7 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: ARG-TYR-ARG-PRO-GLY-THR-VAL-ALA-LEU
D: Killer cell immunoglobulin-like receptor 2DL2
E: HLA class I histocompatibility antigen, Cw-7 alpha chain
F: Beta-2-microglobulin
G: ARG-TYR-ARG-PRO-GLY-THR-VAL-ALA-LEU
H: Killer cell immunoglobulin-like receptor 2DL2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,2158
ポリマ－134,2158
非ポリマー00
水00
1
A: HLA class I histocompatibility antigen, Cw-7 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: ARG-TYR-ARG-PRO-GLY-THR-VAL-ALA-LEU
D: Killer cell immunoglobulin-like receptor 2DL2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,1074
ポリマ－67,1074
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6090 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area27460 Å2
手法PISA
2
E: HLA class I histocompatibility antigen, Cw-7 alpha chain
F: Beta-2-microglobulin
G: ARG-TYR-ARG-PRO-GLY-THR-VAL-ALA-LEU
H: Killer cell immunoglobulin-like receptor 2DL2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,1074
ポリマ－67,1074
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6120 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area27420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.565, 82.086, 104.887
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.12, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, Cw-7 alpha chain / MHC class I antigen Cw*7


分子量: 31787.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-C, HLAC / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P10321
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド ARG-TYR-ARG-PRO-GLY-THR-VAL-ALA-LEU


分子量: 1034.213 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: P68431*PLUS
#4: タンパク質 Killer cell immunoglobulin-like receptor 2DL2 / CD158 antigen-like family member B1 / MHC class I NK cell receptor / Natural killer-associated ...CD158 antigen-like family member B1 / MHC class I NK cell receptor / Natural killer-associated transcript 6 / NKAT-6 / p58 natural killer cell receptor clone CL-43 / p58 NK receptor CL-43


分子量: 22406.029 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIR2DL2, CD158B1, NKAT6 / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P43627
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M Sodium tartrate dibasic dihydrate and 20% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 20697 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 4 % / Net I/σ(I): 4.6
反射 シェル解像度: 3→3.12 Å / 冗長度: 3.8 % / Num. unique obs: 2015 / % possible all: 90.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EFX

1efx


解像度: 3.01→32.321 Å / SU ML: 0.64 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.45
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3096 1158 5.16 %
Rwork0.263 --
obs0.2655 22437 96.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.01→32.321 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9088 0 0 0 9088
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0029370
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.71112709
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.0795604
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0421311
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041672
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0096-3.14640.51441500.49162500X-RAY DIFFRACTION91
3.1464-3.31210.37021460.33112617X-RAY DIFFRACTION96
3.3121-3.51940.35421510.29082617X-RAY DIFFRACTION96
3.5194-3.79080.37181390.29722608X-RAY DIFFRACTION94
3.7908-4.17150.30391330.2782640X-RAY DIFFRACTION96
4.1715-4.77350.27751330.22922698X-RAY DIFFRACTION97
4.7735-6.00780.24281540.21782775X-RAY DIFFRACTION100
6.0078-32.32330.2651520.21252824X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5078-1.04391.6091.1235-1.02813.30090.0780.0358-0.00280.08820.03440.26360.1664-0.0379-0.09640.3348-0.07490.10340.3870.03110.4197-20.2797-21.3332-43.2299
26.3837-0.1620.1714.5979-0.67222.846-0.19930.01250.5754-0.00140.58580.6924-0.2077-0.5142-0.31880.55620.0649-0.02450.41540.09510.6026-30.3037-4.6929-42.306
30.4523-0.94270.28392.5549-0.04293.91651.05690.092-0.69920.03870.106-0.02130.04260.0802-0.79390.5704-0.00540.1006-0.0033-0.01060.6751-12.5718-28.3044-28.2498
43.4099-2.078-0.76782.66891.57161.4871-0.0473-0.07560.10890.1716-0.0003-0.1752-0.0410.04120.05730.3433-0.0886-0.04480.41980.05380.3599-2.8443-26.9338-5.3184
51.00150.5186-0.68530.695-0.33322.3198-0.0176-0.03960.053-0.01010.03990.2359-0.119-0.2183-0.04550.33880.0569-0.04810.40.02050.4177-20.464420.5696-9.0157
67.19280.75120.67134.4250.52162.0323-0.14970.0718-0.48070.0290.33040.9198-0.0251-0.1714-0.16130.46360.02120.08960.36090.08850.6238-30.46143.755-9.9452
71.81171.2137-1.0931.7706-1.57371.39530.48750.11850.19240.29920.1001-0.1741-0.32280.6295-0.43930.4113-0.0481-0.05640.4013-0.11810.4081-12.626427.4772-24.1855
84.25732.11150.5672.14280.951.3746-0.093-0.1346-0.1166-0.18940.0249-0.0201-0.1496-0.16660.06390.43310.14230.02090.33020.03860.3721-2.951325.9706-47.2659
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 2 through 277)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 0 through 98)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 1 through 9)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 6 through 200)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'E' and resid 2 through 277)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'F' and resid 0 through 99)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain 'G' and resid 1 through 9)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain 'H' and resid 6 through 200)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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