PDB-6p9l: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis KasA in complex w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6p9l

タイトル

Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis KasA in complex with JFX

要素

3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1

キーワード

TRANSFERASE / BETA KETOACYL SYNTHASE I / LIPID SYNTHESIS / FATTY ACID BIOSYNTHESIS

機能・相同性

機能・相同性情報

meromycolic acid 3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase I / fatty acid elongation, saturated fatty acid / fatty acid elongation / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / peptidoglycan-based cell wall / fatty acid biosynthetic process / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.305 Å

データ登録者

Capodagli, G.C. / Neiditch, M.B.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2020
タイトル: A Preclinical Candidate Targeting Mycobacterium tuberculosis KasA.
著者: Inoyama, D. / Awasthi, D. / Capodagli, G.C. / Tsotetsi, K. / Sukheja, P. / Zimmerman, M. / Li, S.G. / Jadhav, R. / Russo, R. / Wang, X. / Grady, C. / Richmann, T. / Shrestha, R. / Li, L. / ...

履歴

登録	2019年6月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年4月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年6月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6p9l.cif.gz	173.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6p9l.ent.gz	135.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6p9l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p9/6p9l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p9/6p9l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6p9kC 6p9mC 5w2oS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2wgg-3 1tqy-3 2wgf-4 5w2p-1 5w2o-1 4c6w-d 4c71-d 2wge-1 5w2q-1 4c6x-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (8) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1

ヘテロ分子

43.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1

ヘテロ分子

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
87.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.804, 77.804, 146.374
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-651- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1 / Beta-ketoacyl-ACP synthase 1 / KAS 1 分子量: 43141.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: kasA, Rv2245, MTCY427.26 発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) 参照: UniProt: P9WQD9, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I

#1: タンパク質

3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1 / Beta-ketoacyl-ACP synthase 1 / KAS 1

分子量: 43141.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: kasA, Rv2245, MTCY427.26
発現宿主:

Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: P9WQD9, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I

-
非ポリマー , 5種, 85分子

#2: 化合物	ChemComp-JFX / 4-fluoro-N-(3-methyl-1H-indazol-5-yl)butane-1-sulfonamide 分子量: 285.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₆FN₃O₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル分子量: 60.095 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O / コメント: alkaloid*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.51 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: 200mM NaCl, 6% Isopropanol, 1mM tris(2-carboxyethyl)phosphone hydrochloride (TCEP HCl)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月17日

放射

モノクロメーター: 0.97946 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97946 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 23296 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.5 % / B_iso Wilson estimate: 53.61 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.088 / R_pim(I) all: 0.031 / R_rim(I) all: 0.094 / Χ²: 2.086 / Net I/av σ(I): 25.6 / Net I/σ(I): 9.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.3-2.34	9.7	0.571	1136	0.918	0.192	0.603	0.659	99.9
2.34-2.38	9.7	0.502	1138	0.93	0.169	0.531	0.72	100
2.38-2.43	9.5	0.469	1181	0.94	0.16	0.496	0.757	100
2.43-2.48	8.7	0.4	1122	0.948	0.144	0.426	0.887	100
2.48-2.53	9	0.34	1116	0.961	0.119	0.36	0.95	99.9
2.53-2.59	10.2	0.294	1181	0.976	0.096	0.31	0.959	100
2.59-2.66	10.2	0.26	1132	0.978	0.085	0.274	1.088	100
2.66-2.73	10	0.248	1140	0.98	0.082	0.261	1.311	100
2.73-2.81	9.9	0.191	1169	0.982	0.063	0.201	1.375	100
2.81-2.9	9.9	0.168	1150	0.986	0.056	0.177	1.641	100
2.9-3	9.8	0.155	1167	0.991	0.052	0.164	1.887	99.8
3-3.12	9.6	0.134	1143	0.988	0.046	0.142	2.155	100
3.12-3.26	8.4	0.119	1158	0.99	0.044	0.127	2.544	100
3.26-3.44	9.9	0.105	1157	0.995	0.035	0.111	2.964	100
3.44-3.65	9.9	0.096	1166	0.996	0.032	0.101	3.272	100
3.65-3.93	9.6	0.087	1172	0.997	0.029	0.092	3.648	100
3.93-4.33	9.3	0.077	1186	0.996	0.026	0.082	3.865	100
4.33-4.95	8.2	0.071	1181	0.997	0.026	0.076	3.84	99.9
4.95-6.24	9.6	0.072	1211	0.997	0.024	0.076	3.567	99.9
6.24-50	8.3	0.065	1290	0.995	0.024	0.069	3.854	99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.13_2998	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5W2O

5w2o

解像度: 2.305→39.519 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.01

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2043	2005	8.62 %
R_work	0.1712	-	-
obs	0.1741	23255	99.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 154.41 Å² / B_iso mean: 63.2467 Å² / B_iso min: 32.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.305→39.519 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3024	0	46	77	3147
B_iso mean	-	-	72.4	56.68	-
残基数	-	-	-	-	414

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.3049-2.3625	0.2935	138	0.2269	1450	1588	96
2.3625-2.4264	0.2617	141	0.2221	1496	1637	100
2.4264-2.4977	0.2941	137	0.216	1491	1628	100
2.4977-2.5783	0.2364	135	0.2068	1508	1643	100
2.5783-2.6705	0.2289	143	0.1989	1502	1645	100
2.6705-2.7774	0.2173	141	0.1965	1510	1651	100
2.7774-2.9037	0.1965	142	0.2041	1492	1634	100
2.9037-3.0568	0.3076	139	0.2106	1511	1650	100
3.0568-3.2482	0.2338	146	0.2156	1511	1657	100
3.2482-3.4989	0.2531	141	0.1946	1522	1663	100
3.4989-3.8507	0.212	147	0.1671	1522	1669	100
3.8507-4.4073	0.1658	143	0.1436	1528	1671	100
4.4073-5.5503	0.1562	153	0.1441	1571	1724	100
5.5503-39.5243	0.1867	159	0.1477	1636	1795	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6479	-0.5655	-0.1861	2.4838	-0.7828	0.6462	0.2955	0.2318	-0.1712	0.0647	-0.3209	0.0173	0.3416	0.3128	0.0189	0.5234	-0.0555	-0.0302	0.4653	0.0408	0.4358	41.0796	-16.6596	-14.3099
2	0.5161	0.1907	0.0325	1.8574	-0.8043	0.4708	0.1538	0.045	0.114	-0.3219	-0.423	-0.0849	0.3856	0.2937	-0.1104	0.5764	0.1126	-0.0379	0.4464	0.0179	0.4399	42.9317	-10.9105	-29.9542
3	0.4869	0.2838	-0.0174	3.2507	-1.0241	1.027	0.3291	-0.0354	-0.0359	0.4062	-0.2747	0.3264	-0.1636	0.1346	0.0396	0.5107	-0.1032	0.0713	0.3099	-0.0572	0.3711	31.6812	-6.3596	-11.7416
4	0.8035	0.2049	0.537	1.3278	-0.75	0.8452	0.3497	-0.2076	0.0411	0.7056	-0.2549	0.4626	-0.1806	0.1064	0.0689	0.7752	-0.2179	0.1675	0.4051	-0.0548	0.4944	28.8725	-11.5404	-2.7059

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 81 )	A	3 - 81
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 82 through 148 )	A	82 - 148
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 149 through 329 )	A	149 - 329
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 330 through 416 )	A	330 - 416

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