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万見
- PDB-6p9j: crystal structure of human anti staphylococcus aureus antibody ST... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p9j
タイトルcrystal structure of human anti staphylococcus aureus antibody STAU-229 Fab
要素
  • human anti staphylococcus aureus antibody STAU-229 Fab heavy chain
  • human anti staphylococcus aureus antibody STAU-229 Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / human antibody / Fab
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Dong, J. / Crowe, J.E.
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2019
タイトル: Human V H 1-69 Gene-Encoded Human Monoclonal Antibodies against Staphylococcus aureus IsdB Use at Least Three Distinct Modes of Binding To Inhibit Bacterial Growth and Pathogenesis.
著者: Bennett, M.R. / Dong, J. / Bombardi, R.G. / Soto, C. / Parrington, H.M. / Nargi, R.S. / Schoeder, C.T. / Nagel, M.B. / Schey, K.L. / Meiler, J. / Skaar, E.P. / Crowe Jr., J.E.
履歴
登録2019年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年1月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: human anti staphylococcus aureus antibody STAU-229 Fab heavy chain
L: human anti staphylococcus aureus antibody STAU-229 Fab light chain
A: human anti staphylococcus aureus antibody STAU-229 Fab heavy chain
B: human anti staphylococcus aureus antibody STAU-229 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,0975
ポリマ－94,9344
非ポリマー1631
水1,44180
1
H: human anti staphylococcus aureus antibody STAU-229 Fab heavy chain
L: human anti staphylococcus aureus antibody STAU-229 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6303
ポリマ－47,4672
非ポリマー1631
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3700 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area18560 Å2
手法PISA
2
A: human anti staphylococcus aureus antibody STAU-229 Fab heavy chain
B: human anti staphylococcus aureus antibody STAU-229 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4672
ポリマ－47,4672
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3180 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area18950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.827, 66.039, 112.329
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.41, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 human anti staphylococcus aureus antibody STAU-229 Fab heavy chain


分子量: 24709.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 human anti staphylococcus aureus antibody STAU-229 Fab light chain


分子量: 22757.057 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-TAM / TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE / 3-アミノ-3-(2-ヒドロキシエチル)-1,5-ペンタンジオ-ル


分子量: 163.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H17NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.22 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-tris pH 5.5, 17% PEG 10,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→48.92 Å / Num. obs: 43034 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / Rmerge(I) obs: 0.788 / Num. unique obs: 6144

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.15.2_3472: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JRP

5jrp


解像度: 2.2→42.628 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 35.31
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 2141 4.99 %
Rwork0.2181 --
obs0.2206 42873 99.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→42.628 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6185 0 11 80 6276
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0056354
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7228676
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.4673744
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047982
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051109
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1968-2.24790.4241410.34982587X-RAY DIFFRACTION95
2.2479-2.30410.37881480.33162665X-RAY DIFFRACTION100
2.3041-2.36640.41211360.31862711X-RAY DIFFRACTION99
2.3664-2.4360.36751220.29722716X-RAY DIFFRACTION100
2.436-2.51460.32561490.29062718X-RAY DIFFRACTION100
2.5146-2.60450.38491420.27762683X-RAY DIFFRACTION100
2.6045-2.70880.34411470.28422698X-RAY DIFFRACTION100
2.7088-2.8320.3271450.27952729X-RAY DIFFRACTION100
2.832-2.98130.35391330.26962696X-RAY DIFFRACTION100
2.9813-3.1680.34311430.25812738X-RAY DIFFRACTION100
3.168-3.41250.30971460.23622723X-RAY DIFFRACTION100
3.4125-3.75580.23831520.2082718X-RAY DIFFRACTION100
3.7558-4.29880.20931350.16692769X-RAY DIFFRACTION100
4.2988-5.41430.15951580.13452756X-RAY DIFFRACTION100
5.4143-42.63590.20951440.17442825X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 18.6773 Å / Origin y: 22.9764 Å / Origin z: 27.033 Å
111213212223313233
T0.2662 Å2-0.0238 Å2-0.0166 Å2-0.5518 Å20.0624 Å2--0.301 Å2
L0.0661 °20.0818 °2-0.0579 °2-0.2825 °20.1741 °2--0.2514 °2
S-0.0065 Å °-0.0002 Å °-0.0263 Å °-0.0258 Å °-0.0024 Å °-0.0056 Å °-0.034 Å °-0.0136 Å °0.0083 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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