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万見
- PDB-6p9h: Crystal structure of human anti staphylococcus aureus antibody ST... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p9h
タイトルCrystal structure of human anti staphylococcus aureus antibody STAU-281 Fab in complex with IsdB NEAT2 domain
要素
  • Human anti staphylococcus aureus antibody STAU-281 Fab heavy chain
  • Human anti staphylococcus aureus antibody STAU-281 Fab light chain
  • Iron-regulated heme-iron binding protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / iron-regulated surface determinant system / IsdB / NEAT2 domain / antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


heme transmembrane transporter activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Iron-regulated surface determinant protein IsdB / : / Iron-regulated surface determinant protein H/B, linker domain / Immunoglobulin-like - #1850 / NEAT domain / Iron Transport-associated domain / NEAT domain profile. / NEAr Transporter domain / NEAT domain superfamily / YSIRK type signal peptide ...Iron-regulated surface determinant protein IsdB / : / Iron-regulated surface determinant protein H/B, linker domain / Immunoglobulin-like - #1850 / NEAT domain / Iron Transport-associated domain / NEAT domain profile. / NEAr Transporter domain / NEAT domain superfamily / YSIRK type signal peptide / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Iron-regulated surface determinant protein B
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.003 Å
データ登録者Dong, J. / Crowe, J.E.
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2019
タイトル: Human V H 1-69 Gene-Encoded Human Monoclonal Antibodies against Staphylococcus aureus IsdB Use at Least Three Distinct Modes of Binding To Inhibit Bacterial Growth and Pathogenesis.
著者: Bennett, M.R. / Dong, J. / Bombardi, R.G. / Soto, C. / Parrington, H.M. / Nargi, R.S. / Schoeder, C.T. / Nagel, M.B. / Schey, K.L. / Meiler, J. / Skaar, E.P. / Crowe Jr., J.E.
履歴
登録2019年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年1月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Iron-regulated heme-iron binding protein
C: Human anti staphylococcus aureus antibody STAU-281 Fab heavy chain
D: Human anti staphylococcus aureus antibody STAU-281 Fab light chain
A: Iron-regulated heme-iron binding protein
H: Human anti staphylococcus aureus antibody STAU-281 Fab heavy chain
L: Human anti staphylococcus aureus antibody STAU-281 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,0196
ポリマ－122,0196
非ポリマー00
水21612
1
B: Iron-regulated heme-iron binding protein
C: Human anti staphylococcus aureus antibody STAU-281 Fab heavy chain
D: Human anti staphylococcus aureus antibody STAU-281 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,0103
ポリマ－61,0103
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5280 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area24170 Å2
手法PISA
2
A: Iron-regulated heme-iron binding protein
H: Human anti staphylococcus aureus antibody STAU-281 Fab heavy chain
L: Human anti staphylococcus aureus antibody STAU-281 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,0103
ポリマ－61,0103
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5280 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area24810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.591, 115.296, 88.273
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.12, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Iron-regulated heme-iron binding protein


分子量: 13896.936 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: isdB, SAMEA1708674_03096 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1D4RDN9, UniProt: Q2FZF0*PLUS
#2: 抗体 Human anti staphylococcus aureus antibody STAU-281 Fab heavy chain


分子量: 23915.807 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Human anti staphylococcus aureus antibody STAU-281 Fab light chain


分子量: 23196.803 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.73 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M sodium citrate tribasic, pH 5.5, 16% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→48.04 Å / Num. obs: 28660 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / Rmerge(I) obs: 0.316 / Num. unique obs: 4141

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.15.2_3472: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3RTL

3rtl


解像度: 3.003→48.039 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.225 1325 4.63 %
Rwork0.2064 --
obs0.2073 28630 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.003→48.039 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8154 0 0 12 8166
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0028327
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.51911326
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.4574959
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431286
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041462
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0025-3.12270.34721340.3092985X-RAY DIFFRACTION99
3.1227-3.26480.33211430.2753032X-RAY DIFFRACTION100
3.2648-3.43690.30961310.25133043X-RAY DIFFRACTION100
3.4369-3.65220.2461530.23043018X-RAY DIFFRACTION100
3.6522-3.9340.24261450.21853019X-RAY DIFFRACTION100
3.934-4.32970.20461390.18633051X-RAY DIFFRACTION100
4.3297-4.95570.1691630.16093041X-RAY DIFFRACTION100
4.9557-6.24150.20991660.18433027X-RAY DIFFRACTION100
6.2415-48.04480.19491510.1913089X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 27.5803 Å / Origin y: 9.7445 Å / Origin z: -15.1242 Å
111213212223313233
T0.3736 Å2-0.0149 Å20.0084 Å2-0.2679 Å20.0659 Å2--0.3321 Å2
L0.7362 °2-0.2199 °20.0027 °2-0.354 °20.1855 °2--0.4433 °2
S-0.0215 Å °0.0427 Å °-0.0372 Å °0.0171 Å °-0.0009 Å °0.022 Å °-0.0323 Å °0.0887 Å °0.0144 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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