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万見
- PDB-6p9f: Crystal structure of RAR-related orphan receptor C (NHIS-RORGT(24... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 6p9f
タイトルCrystal structure of RAR-related orphan receptor C (NHIS-RORGT(244-487)-L6-SRC1(678-692)) in complex with a phenyl (3-phenylpyrrolidin-3-yl)sulfone inhibitor
要素Nuclear receptor ROR-gamma, Nuclear receptor coactivator 1 chimera
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / RORGT / nuclear hormone receptor / ligand-binding domain / INVE agonist / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to sterol / T-helper 17 cell differentiation / regulation of steroid metabolic process / ligand-modulated transcription factor activity / Peyer's patch development / positive regulation of circadian rhythm / T-helper cell differentiation / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / oxysterol binding / labyrinthine layer morphogenesis ...cellular response to sterol / T-helper 17 cell differentiation / regulation of steroid metabolic process / ligand-modulated transcription factor activity / Peyer's patch development / positive regulation of circadian rhythm / T-helper cell differentiation / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / oxysterol binding / labyrinthine layer morphogenesis / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / negative regulation of thymocyte apoptotic process / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of female receptivity / regulation of fat cell differentiation / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / male mating behavior / hypothalamus development / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / regulation of glucose metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts / progesterone receptor signaling pathway / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / adipose tissue development / lymph node development / response to retinoic acid / nuclear retinoid X receptor binding / estrous cycle / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / histone acetyltransferase activity / cellular response to hormone stimulus / Recycling of bile acids and salts / histone acetyltransferase / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / estrogen receptor signaling pathway / positive regulation of adipose tissue development / : / lactation / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / regulation of cellular response to insulin stimulus / positive regulation of neuron differentiation / xenobiotic metabolic process / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / response to progesterone / cerebellum development / nuclear estrogen receptor binding / nuclear receptor binding / hippocampus development / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / mRNA transcription by RNA polymerase II / circadian regulation of gene expression / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / cerebral cortex development / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II transcription regulator complex / male gonad development / nuclear receptor activity / : / sequence-specific double-stranded DNA binding / response to estradiol / HATs acetylate histones / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / transcription regulator complex / Estrogen-dependent gene expression / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription coactivator activity / protein dimerization activity / nuclear body / positive regulation of apoptotic process / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor ROR / Retinoid-related orphan receptors, DNA-binding domain / Nuclear receptor coactivator 1 / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain ...Nuclear receptor ROR / Retinoid-related orphan receptors, DNA-binding domain / Nuclear receptor coactivator 1 / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / : / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / Nuclear receptor coactivators bHLH domain / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-O5A / Nuclear receptor ROR-gamma / Nuclear receptor coactivator 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Sack, J.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2019
タイトル: Identification of potent, selective and orally bioavailable phenyl ((R)-3-phenylpyrrolidin-3-yl)sulfone analogues as ROR gamma t inverse agonists.
著者: Lu, Z. / Duan, J.J. / Xiao, H. / Neels, J. / Wu, D.R. / Weigelt, C.A. / Sack, J.S. / Khan, J. / Ruzanov, M. / An, Y. / Yarde, M. / Karmakar, A. / Vishwakrishnan, S. / Baratam, V. / ...著者: Lu, Z. / Duan, J.J. / Xiao, H. / Neels, J. / Wu, D.R. / Weigelt, C.A. / Sack, J.S. / Khan, J. / Ruzanov, M. / An, Y. / Yarde, M. / Karmakar, A. / Vishwakrishnan, S. / Baratam, V. / Shankarappa, H. / Vanteru, S. / Babu, V. / Basha, M. / Kumar Gupta, A. / Kumaravel, S. / Mathur, A. / Zhao, Q. / Salter-Cid, L.M. / Carter, P.H. / Murali Dhar, T.G.
履歴
登録2019年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear receptor ROR-gamma, Nuclear receptor coactivator 1 chimera
B: Nuclear receptor ROR-gamma, Nuclear receptor coactivator 1 chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,0294
ポリマ－65,7742
非ポリマー1,2552
水41423
1
A: Nuclear receptor ROR-gamma, Nuclear receptor coactivator 1 chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5142
ポリマ－32,8871
非ポリマー6281
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Nuclear receptor ROR-gamma, Nuclear receptor coactivator 1 chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5142
ポリマ－32,8871
非ポリマー6281
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.128, 64.128, 159.666
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 Nuclear receptor ROR-gamma, Nuclear receptor coactivator 1 chimera / Nuclear receptor RZR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group F member 3 / RAR-related orphan ...Nuclear receptor RZR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group F member 3 / RAR-related orphan receptor C / Retinoid-related orphan receptor-gamma / NCoA-1 / Class E basic helix-loop-helix protein 74 / bHLHe74 / Protein Hin-2 / RIP160 / Renal carcinoma antigen NY-REN-52 / Steroid receptor coactivator 1 / SRC-1


分子量: 32886.922 Da / 分子数: 2
断片: ligand-binding domain (UNP residues 265-508) fused to SRC peptide (UNP residues 683-696)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RORC, NR1F3, RORG, RZRG, NCOA1, BHLHE74, SRC1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P51449, UniProt: Q15788, histone acetyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-O5A / trans-4-{(3R)-3-[(4-fluorophenyl)sulfonyl]-3-[4-(1,1,1,2,3,3,3-heptafluoropropan-2-yl)phenyl]pyrrolidine-1-carbonyl}cyclohexane-1-carboxylic acid


分子量: 627.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C27H25F8NO5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.72 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20-26% PEG3350, 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5-6.5
PH範囲: 5.5-6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月21日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→159.67 Å / Num. obs: 15848 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 87.62 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 24.4
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique obs: 2302 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
BUSTER2.11.7精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6O98

6o98


解像度: 2.8→64.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.31
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 836 5.29 %RANDOM
Rwork0.184 ---
obs0.186 15806 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 72.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.2422 Å20 Å20 Å2
2---2.2422 Å20 Å2
3---4.4843 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→64.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4181 0 84 23 4288
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014358HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.075895HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1571SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes761HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4358HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.6
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.91
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion539SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5004SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.83 Å / Total num. of bins used: 41
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2562 -4.66 %
Rwork0.2278 368 -
all0.2289 386 -
obs--98.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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