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万見
- PDB-6p9e: Crystal structure of IL-36gamma complexed to A-552 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p9e
タイトルCrystal structure of IL-36gamma complexed to A-552
要素Interleukin-36 gamma
キーワードCYTOKINE / IL-36 / small molecule antagonist
機能・相同性
機能・相同性情報


Interleukin-36 pathway / interleukin-1 receptor binding / inflammatory response to antigenic stimulus / cytokine activity / cytokine-mediated signaling pathway / cell-cell signaling / cellular response to lipopolysaccharide / innate immune response / positive regulation of gene expression / extracellular space ...Interleukin-36 pathway / interleukin-1 receptor binding / inflammatory response to antigenic stimulus / cytokine activity / cytokine-mediated signaling pathway / cell-cell signaling / cellular response to lipopolysaccharide / innate immune response / positive regulation of gene expression / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Interleukin-1 receptor antagonist/Interleukin-36 / Interleukin-1 homologues / Interleukin-1 family / Interleukin-1 / 18 / Cytokine IL1/FGF / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-O6D / Interleukin-36 gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Argiriadi, M.A. / Todorovic, T. / Su, Z. / Putman, B. / Kakavas, S.J. / Salte, K.M. / McDonald, H.A. / Wetter, J.B. / Paulsboe, S.E. / Sun, Q. ...Argiriadi, M.A. / Todorovic, T. / Su, Z. / Putman, B. / Kakavas, S.J. / Salte, K.M. / McDonald, H.A. / Wetter, J.B. / Paulsboe, S.E. / Sun, Q. / Gerstein, C.E. / Medina, L. / Sielaff, B. / Sadhukhan, R. / Stockmann, H. / Richardson, P.L. / Qiu, W. / Henry, R.F. / Herold, J.M. / Shotwell, J.B. / McGaraughty, S.P. / Honore, P. / Gopalakrishnan, S.M. / Sun, C.C. / Scott, V.E.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Small Molecule IL-36 gamma Antagonist as a Novel Therapeutic Approach for Plaque Psoriasis.
著者: Todorovic, V. / Su, Z. / Putman, C.B. / Kakavas, S.J. / Salte, K.M. / McDonald, H.A. / Wetter, J.B. / Paulsboe, S.E. / Sun, Q. / Gerstein, C.E. / Medina, L. / Sielaff, B. / Sadhukhan, R. / ...著者: Todorovic, V. / Su, Z. / Putman, C.B. / Kakavas, S.J. / Salte, K.M. / McDonald, H.A. / Wetter, J.B. / Paulsboe, S.E. / Sun, Q. / Gerstein, C.E. / Medina, L. / Sielaff, B. / Sadhukhan, R. / Stockmann, H. / Richardson, P.L. / Qiu, W. / Argiriadi, M.A. / Henry, R.F. / Herold, J.M. / Shotwell, J.B. / McGaraughty, S.P. / Honore, P. / Gopalakrishnan, S.M. / Sun, C.C. / Scott, V.E.
履歴
登録2019年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-36 gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5152
ポリマ－17,0451
非ポリマー4701
水95553
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.420, 96.420, 96.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23

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要素

#1: タンパク質 Interleukin-36 gamma / IL-1-related protein 2 / IL-1RP2 / Interleukin-1 epsilon / IL-1 epsilon / Interleukin-1 family ...IL-1-related protein 2 / IL-1RP2 / Interleukin-1 epsilon / IL-1 epsilon / Interleukin-1 family member 9 / IL-1F9 / Interleukin-1 homolog 1 / IL-1H1


分子量: 17045.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: IL36G, IL1E, IL1F9, IL1H1, IL1RP2, UNQ2456/PRO5737
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9NZH8
#2: 化合物 ChemComp-O6D / (2S)-2-{[4-(3-amino-4-methylphenyl)-6-methylpyrimidin-2-yl]oxy}-3-methoxy-3,3-diphenylpropanoic acid


分子量: 469.532 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H27N3O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.87 %
結晶化温度: 296.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.5 / 詳細: 3 M NaCl, 0.1 M Na3 Citrate, pH 3.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→39.4 Å / Num. obs: 9984 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.4 % / Biso Wilson estimate: 39.41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 28.8
反射 シェル解像度: 2→2.04 Å / Rmerge(I) obs: 0.57 / Num. unique obs: 533

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4IZE

4ize


解像度: 2→30.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU R Cruickshank DPI: 0.214 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.216 / SU Rfree Blow DPI: 0.17 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.171
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 497 4.98 %RANDOM
Rwork0.216 ---
obs0.217 9982 97.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 44.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.31 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→30.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1136 0 35 53 1224
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011205HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.171651HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d392SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes229HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1205HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.8
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.09
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion163SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1381SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2→2.24 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3371 129 4.84 %
Rwork0.2429 2537 -
all0.2473 2666 -
obs--93.17 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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