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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6p8u | ||||||
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タイトル | Structure of P. aeruginosa ATCC27853 CdnD:HORMA2:Peptide 1 complex | ||||||
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![]() | SIGNALING PROTEIN / second-messenger signaling / cGAS / CD-NTase / HORMA domain / closure motif | ||||||
機能・相同性 | ![]() diadenylate cyclase activity / diadenylate cyclase / nucleotide metabolic process / nucleotidyltransferase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / defense response to virus / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ye, Q. / Corbett, K.D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: HORMA Domain Proteins and a Trip13-like ATPase Regulate Bacterial cGAS-like Enzymes to Mediate Bacteriophage Immunity. 著者: Ye, Q. / Lau, R.K. / Mathews, I.T. / Birkholz, E.A. / Watrous, J.D. / Azimi, C.S. / Pogliano, J. / Jain, M. / Corbett, K.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 283.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 231.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6p80C ![]() 6p82SC ![]() 6p8jC ![]() 6p8oC ![]() 6p8pC ![]() 6p8rSC ![]() 6p8sC ![]() 6p8vC ![]() 6pb3C ![]() 6u7bC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
実験データセット #1 | データの種類: diffraction image data / Metadata reference: 10.15785/SBGRID/679 |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34063.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: DY979_07585, EGY23_20895, IPC669_24880, PA5486_02902, PAERUG_E15_London_28_01_14_04351, PAMH19_6112 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 18723.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: ORF C60, CAZ10_14260, DY940_15620, DY979_07580, EGY23_20890, EQH76_12140, IPC669_24875, PA5486_02901, PAERUG_E15_London_28_01_14_04350, PAMH19_6113 発現宿主: ![]() ![]() |
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1137.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#4: 化合物 | ChemComp-MG / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.98 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 100 mM Bis-Tris pH 5.5, 0.2 M ammonium acetate, and 30% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.89→81.97 Å / Num. obs: 34946 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.134 / Rpim(I) all: 0.086 / Rrim(I) all: 0.159 / Net I/σ(I): 7.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.89→1.94 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 1.302 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 1989 / CC1/2: 0.409 / Rpim(I) all: 0.837 / Rrim(I) all: 1.554 / % possible all: 87 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6P82, 6P8R 解像度: 1.893→81.966 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 24.39
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.893→81.966 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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