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- PDB-6p8u: Structure of P. aeruginosa ATCC27853 CdnD:HORMA2:Peptide 1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p8u
タイトルStructure of P. aeruginosa ATCC27853 CdnD:HORMA2:Peptide 1 complex
要素
  • HORMA domain containing protein
  • Nucleotidyltransferase
  • Peptide 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / second-messenger signaling / cGAS / CD-NTase / HORMA domain / closure motif
機能・相同性
機能・相同性情報


diadenylate cyclase activity / diadenylate cyclase / nucleotide metabolic process / nucleotidyltransferase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / defense response to virus / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Bacterial HORMA domain / Bacterial HORMA domain 2 / Second Messenger Oligonucleotide or Dinucleotide Synthetase domain / 2-5OAS/ClassI-CCAase, nucleotidyltransferase domain / HORMA domain superfamily / Nucleotidyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleotidyltransferase / CD-NTase-associated protein 7 / Cyclic AMP-AMP-AMP synthase / HORMA domain containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.893 Å
データ登録者Ye, Q. / Corbett, K.D.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2020
タイトル: HORMA Domain Proteins and a Trip13-like ATPase Regulate Bacterial cGAS-like Enzymes to Mediate Bacteriophage Immunity.
著者: Ye, Q. / Lau, R.K. / Mathews, I.T. / Birkholz, E.A. / Watrous, J.D. / Azimi, C.S. / Pogliano, J. / Jain, M. / Corbett, K.D.
履歴
登録2019年6月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年3月4日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.year
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleotidyltransferase
B: HORMA domain containing protein
C: Peptide 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,9484
ポリマ－53,9243
非ポリマー241
水5,531307
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)169.087, 43.373, 63.217
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.18, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Nucleotidyltransferase / Nucleotidyltransferase domain protein


分子量: 34063.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: DY979_07585, EGY23_20895, IPC669_24880, PA5486_02902, PAERUG_E15_London_28_01_14_04351, PAMH19_6112
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A080VY32, UniProt: P0DTF7*PLUS
#2: タンパク質 HORMA domain containing protein


分子量: 18723.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: ORF C60, CAZ10_14260, DY940_15620, DY979_07580, EGY23_20890, EQH76_12140, IPC669_24875, PA5486_02901, PAERUG_E15_London_28_01_14_04350, PAMH19_6113
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8GQ50, UniProt: P0DTF6*PLUS
#3: タンパク質・ペプチド Peptide 1


分子量: 1137.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 307 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 100 mM Bis-Tris pH 5.5, 0.2 M ammonium acetate, and 30% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→81.97 Å / Num. obs: 34946 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.134 / Rpim(I) all: 0.086 / Rrim(I) all: 0.159 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 1.89→1.94 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 1.302 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 1989 / CC1/2: 0.409 / Rpim(I) all: 0.837 / Rrim(I) all: 1.554 / % possible all: 87

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.15.2_3472: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6P82, 6P8R

6p82

6p8r


解像度: 1.893→81.966 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 24.39
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2232 1704 4.89 %
Rwork0.1891 --
obs0.1907 34881 97.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.893→81.966 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3762 0 1 307 4070
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053852
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5865213
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.5462285
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041553
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003673
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8928-1.94850.34971310.32612482X-RAY DIFFRACTION88
1.9485-2.01140.31671430.28822770X-RAY DIFFRACTION99
2.0114-2.08330.33871440.2652785X-RAY DIFFRACTION98
2.0833-2.16670.28481350.24022763X-RAY DIFFRACTION98
2.1667-2.26530.2671530.222742X-RAY DIFFRACTION97
2.2653-2.38470.25381470.20262780X-RAY DIFFRACTION99
2.3847-2.53420.25331500.20752812X-RAY DIFFRACTION99
2.5342-2.72980.26011450.20492791X-RAY DIFFRACTION98
2.7298-3.00460.25121520.20392717X-RAY DIFFRACTION97
3.0046-3.43930.21891330.18932832X-RAY DIFFRACTION99
3.4393-4.33320.17561340.14612801X-RAY DIFFRACTION97
4.3332-82.0430.16161370.15352902X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7730.0233-0.5360.42340.39451.7226-0.07990.114-0.0291-0.08560.02060.01220.0660.00760.05840.2226-0.0244-0.0190.19230.03520.2352-30.61936.128715.3436
21.9762-0.49590.5731.4445-0.08492.00610.0172-0.10420.07690.09710.0497-0.1547-0.1060.1556-0.0710.2296-0.02630.00120.2377-0.00020.2459-23.337324.830645.1354
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1Chain A
2X-RAY DIFFRACTION2Chain B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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