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- PDB-6p8l: Escherichia coli Bacterioferritin Substituted with Zinc Protoporp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p8l
タイトルEscherichia coli Bacterioferritin Substituted with Zinc Protoporphyrin IX (Zn Absorption Edge X-ray Data)
要素Bacterioferritin
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / OXIDOREDUCTASE / bacterioferritin / zinc protoporphyrin IX / photosensitizer / ferritin
機能・相同性
機能・相同性情報


ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / ferric iron binding / iron ion transport / oxidoreductase activity / iron ion binding / heme binding / protein homodimerization activity / identical protein binding ...ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / ferric iron binding / iron ion transport / oxidoreductase activity / iron ion binding / heme binding / protein homodimerization activity / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bacterioferritin signature. / Bacterioferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily ...Bacterioferritin signature. / Bacterioferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONATE ION / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING ZN / Bacterioferritin
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Taylor, A.B. / Cioloboc, D. / Kurtz, D.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Center for Advancing Translational Sciences (NIH/NCATS)8UL1TR001120 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2020
タイトル: Structure of a Zinc Porphyrin-Substituted Bacterioferritin and Photophysical Properties of Iron Reduction.
著者: Benavides, B.S. / Valandro, S. / Cioloboc, D. / Taylor, A.B. / Schanze, K.S. / Kurtz Jr., D.M.
履歴
登録2019年6月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacterioferritin
B: Bacterioferritin
C: Bacterioferritin
D: Bacterioferritin
E: Bacterioferritin
F: Bacterioferritin
G: Bacterioferritin
H: Bacterioferritin
I: Bacterioferritin
J: Bacterioferritin
K: Bacterioferritin
L: Bacterioferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)229,70762
ポリマ－222,21612
非ポリマー7,49050
水28,7341595
1
A: Bacterioferritin
B: Bacterioferritin
C: Bacterioferritin
D: Bacterioferritin
E: Bacterioferritin
F: Bacterioferritin
G: Bacterioferritin
H: Bacterioferritin
I: Bacterioferritin
J: Bacterioferritin
K: Bacterioferritin
L: Bacterioferritin
ヘテロ分子

A: Bacterioferritin
B: Bacterioferritin
C: Bacterioferritin
D: Bacterioferritin
E: Bacterioferritin
F: Bacterioferritin
G: Bacterioferritin
H: Bacterioferritin
I: Bacterioferritin
J: Bacterioferritin
K: Bacterioferritin
L: Bacterioferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)459,413124
ポリマ－444,43224
非ポリマー14,981100
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area104270 Å2
ΔGint-356 kcal/mol
Surface area127460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)207.918, 207.918, 143.046
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Space group name HallP4n2n
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-202-

NA

21F-203-

NA

31C-331-

HOH

41F-417-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質
Bacterioferritin / BFR / Cytochrome b-1 / Cytochrome b-557


分子量: 18518.016 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: bfr, b3336, JW3298 / プラスミド: pCV3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABD3, ferroxidase

-
非ポリマー , 5種, 1645分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物...
ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#5: 化合物
ChemComp-ZNH / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING ZN


分子量: 626.051 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32N4O4Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1595 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.75 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 2.4 M sodium malonate, pH 6.0

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11001N
21001N
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 24-ID-C11.2822
シンクロトロンAPS 24-ID-C21.319
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS PILATUS 6M-F1PIXEL2018年2月2日
DECTRIS PILATUS 6M-F2PIXEL2018年2月2日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Cryo-cooled double crystal Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Cryo-cooled double crystal Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.28221
21.3191
反射

Entry-ID: 6P8L / CC1/2: 0.998 / % possible obs: 99.8 %

解像度 (Å)Num. obs冗長度 (%)Biso Wilson estimate (Å2)Rmerge(I) obsRpim(I) allRrim(I) allDiffraction-IDNet I/σ(I)
2.1-92.651792577.330.160.1690.0670.18218.2
2.5-92.981079267.20.1770.0710.19128.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allDiffraction-ID% possible all
2.1-2.217.51.7771.1258790.6990.9721.908199.9
2.5-2.647.21.7811.2155630.7370.7121.92299.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX1.15.2_3472位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 6P8K

6p8k


解像度: 2.1→92.65 Å / SU ML: 0.2974 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 31.7513
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2402 3852 1.12 %
Rwork0.2129 --
obs0.2132 344368 99.17 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 35.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→92.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15528 0 470 1598 17596
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006816835
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.971822823
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06222316
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042974
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.71056475
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.130.40971280.352311354X-RAY DIFFRACTION92.76
2.13-2.160.411390.347612226X-RAY DIFFRACTION99.61
2.16-2.190.36471360.328312185X-RAY DIFFRACTION99.81
2.19-2.220.34841390.322612223X-RAY DIFFRACTION99.9
2.22-2.250.35441420.315112268X-RAY DIFFRACTION99.85
2.25-2.280.35941400.303912320X-RAY DIFFRACTION99.88
2.28-2.320.33421390.302712247X-RAY DIFFRACTION99.98
2.32-2.350.32791390.296412187X-RAY DIFFRACTION99.79
2.35-2.40.29231350.29412253X-RAY DIFFRACTION99.66
2.4-2.440.32311400.291412177X-RAY DIFFRACTION99.52
2.44-2.490.31981380.288512158X-RAY DIFFRACTION99.34
2.49-2.540.31521330.261512245X-RAY DIFFRACTION99.66
2.54-2.590.24851400.258412206X-RAY DIFFRACTION99.56
2.59-2.650.29941380.254712249X-RAY DIFFRACTION99.79
2.65-2.720.30851390.243812255X-RAY DIFFRACTION99.82
2.72-2.790.25621380.235212215X-RAY DIFFRACTION99.82
2.79-2.870.27071410.226712260X-RAY DIFFRACTION99.69
2.87-2.970.2691370.228212240X-RAY DIFFRACTION99.68
2.97-3.070.24461370.217612149X-RAY DIFFRACTION99.34
3.07-3.20.28121400.197112177X-RAY DIFFRACTION99.27
3.2-3.340.20641370.174512181X-RAY DIFFRACTION99.44
3.34-3.520.20591350.163712197X-RAY DIFFRACTION99.29
3.52-3.740.19921410.164812184X-RAY DIFFRACTION99.58
3.74-4.030.16981320.144912207X-RAY DIFFRACTION99.39
4.03-4.430.15341410.136112075X-RAY DIFFRACTION98.41
4.43-5.070.17891360.14312169X-RAY DIFFRACTION99.2
5.07-6.390.16571350.193612205X-RAY DIFFRACTION99.54
6.39-92.650.18351370.181411704X-RAY DIFFRACTION95.32

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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