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- PDB-6p81: Structure of DNA polymerase III, beta subunit/ beta sliding clamp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p81
タイトルStructure of DNA polymerase III, beta subunit/ beta sliding clamp from Klebsiella pneumoniae, expressed with an N-terminal His-Smt3 fusion tag, in complex with Griselimycin
要素
  • Griselimycin
  • Ubiquitin-like protein SMT3,Beta sliding clamp
キーワードTransferase/Antibiotic / SSGCID / Beta sliding clamp / DNA polymerase III / beta subunit / griselimycin / His-Smt3 fusion / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Transferase-Antibiotic complex
機能・相同性
機能・相同性情報


SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) / SUMOylation of nuclear envelope proteins / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / SUMO is proteolytically processed / SUMOylation of transcription factors / SUMOylation of transcription cofactors / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / septin ring / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity ...SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) / SUMOylation of nuclear envelope proteins / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / SUMO is proteolytically processed / SUMOylation of transcription factors / SUMOylation of transcription cofactors / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / septin ring / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / SUMOylation of DNA replication proteins / SUMOylation of SUMOylation proteins / DNA polymerase III complex / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / SUMOylation of RNA binding proteins / SUMOylation of chromatin organization proteins / ubiquitin-like protein ligase binding / protein sumoylation / 3'-5' exonuclease activity / condensed nuclear chromosome / protein tag activity / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication / DNA binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA Polymerase III; Chain A, domain 2 / DNA Polymerase III, subunit A, domain 2 / DNA polymerase III, beta sliding clamp / DNA polymerase III, beta sliding clamp, N-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, C-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, central / DNA polymerase III beta subunit, N-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit, central domain / DNA polymerase III beta subunit, C-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit ...DNA Polymerase III; Chain A, domain 2 / DNA Polymerase III, subunit A, domain 2 / DNA polymerase III, beta sliding clamp / DNA polymerase III, beta sliding clamp, N-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, C-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, central / DNA polymerase III beta subunit, N-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit, central domain / DNA polymerase III beta subunit, C-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit / Rad60/SUMO-like domain / Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACE-MVA-MP8-NZC-LEU-MP8-LEU-MVA-PRO-MLU-GLY / ACETATE ION / 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE / Ubiquitin-like protein SMT3 / Beta sliding clamp
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Klebsiella pneumoniae IS22 (肺炎桿菌)
Streptomyces caelicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Structure of DNA polymerase III, beta subunit/ beta sliding clamp from Klebsiella pneumoniae, expressed with an N-terminal His-Smt3 fusion tag, in complex with Griselimycin
著者: Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2019年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-like protein SMT3,Beta sliding clamp
B: Griselimycin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,1636
ポリマ－52,8502
非ポリマー3134
水7,170398
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1140 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area21580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.020, 83.100, 188.180
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Ubiquitin-like protein SMT3,Beta sliding clamp


分子量: 51734.984 Da / 分子数: 1 / 断片: KlpnA.17987.a.EN11 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母), (組換発現) Klebsiella pneumoniae IS22 (肺炎桿菌)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SMT3, YDR510W, D9719.15 / Variant: IS22 / プラスミド: KlpnA.17987.a.EN11
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
Variant (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q12306, UniProt: W1BGQ6
#2: タンパク質・ペプチド Griselimycin


タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 1115.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Streptomyces caelicus (バクテリア) / 参照: ACE-MVA-MP8-NZC-LEU-MP8-LEU-MVA-PRO-MLU-GLY

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非ポリマー , 5種, 402分子

#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-PG5 / 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE / トリグライム


分子量: 178.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O4
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 398 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.2 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: Microlytic MCSG-2, condition D4: 30% (V/V) PEG 300, 200mM Calcium acetate, 100mM sodium acetate / acetic acid pH 4.5: KlpnA.17987.a.EN11.PD383542 at 20.95mg/ml + 2mM griselimycin: tray 309729 ...詳細: Microlytic MCSG-2, condition D4: 30% (V/V) PEG 300, 200mM Calcium acetate, 100mM sodium acetate / acetic acid pH 4.5: KlpnA.17987.a.EN11.PD383542 at 20.95mg/ml + 2mM griselimycin: tray 309729 D4: cryo: direct: puck ECJ6-1.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2019年5月30日 / 詳細: C(111)
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→47.014 Å / Num. obs: 56497 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.393 % / Biso Wilson estimate: 35.128 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rrim(I) all: 0.062 / Χ2: 1.017 / Net I/σ(I): 18 / Num. measured all: 417678 / Scaling rejects: 284
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.75-1.87.4220.6163.1430573411841190.880.663100
1.8-1.847.4560.4564.230315406740660.9410.491100
1.84-1.97.4480.3375.5128937388538850.9640.362100
1.9-1.967.4570.267.0828455381638160.9730.28100
1.96-2.027.4640.28.9127708371337120.9870.215100
2.02-2.097.4520.15511.3326635357435740.9890.167100
2.09-2.177.4660.11814.2525722344534450.9940.127100
2.17-2.267.4610.09916.3124837332933290.9960.107100
2.26-2.367.4480.08618.2923841320132010.9970.092100
2.36-2.477.4540.07520.8422757305330530.9970.081100
2.47-2.617.4320.06723.1421746292629260.9970.072100
2.61-2.777.4450.06125.5720533275827580.9980.065100
2.77-2.967.3760.05628.519392262926290.9980.06100
2.96-3.27.3930.0532.117870241724170.9980.054100
3.2-3.57.3490.04634.3716506224622460.9990.049100
3.5-3.917.290.04436.314864204020390.9980.047100
3.91-4.527.250.04337.8713152181518140.9980.04699.9
4.52-5.537.1490.04237.9411060154915470.9980.04599.9
5.53-7.836.9550.04436.928499122512220.9980.04799.8
7.83-47.0146.1170.04535.942767206990.9960.04997.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MoRDa位相決定
PARROT位相決定
ARP/wARPモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 3dlg and

3dlg


解像度: 1.75→47.014 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.4
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2126 2045 3.62 %0
Rwork0.1848 ---
obs0.1858 56482 99.94 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 113.98 Å2 / Biso mean: 42.8172 Å2 / Biso min: 15.98 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→47.014 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3477 0 0 404 3881
Biso mean---44.89 -
残基数----455
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063612
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.854911
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1862246
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054570
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005648
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.75-1.79070.27381370.270935833720100
1.7907-1.83550.34081310.258235903721100
1.8355-1.88510.26051390.244935803719100
1.8851-1.94060.24281370.229336023739100
1.9406-2.00320.24411380.220935723710100
2.0032-2.07480.24591240.223436123736100
2.0748-2.15790.26821330.207636133746100
2.1579-2.25610.24621380.19835973735100
2.2561-2.37510.22621550.195636013756100
2.3751-2.52390.22921350.192236243759100
2.5239-2.71870.23851350.192236483783100
2.7187-2.99230.24231300.199236313761100
2.9923-3.42510.2021390.175336633802100
3.4251-4.31480.15641190.149637073826100
4.3148-47.03140.18821550.1663814396999
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.01190.4251-0.15422.27520.25311.9396-0.08080.00660.0892-0.29390.15940.2974-0.1308-0.1175-0.06140.1589-0.0212-0.07880.19810.04680.23753.63269.668483.7241
21.2337-0.47970.96821.47651.40266.20480.16240.2922-0.1933-0.6966-0.42050.39520.2116-0.64530.2080.648-0.0185-0.08630.464-0.06280.370751.625812.343358.715
32.9119-0.92921.35642.4588-0.95783.1622-0.08070.01650.0493-0.24850.09960.173-0.0336-0.08410.00890.2084-0.0817-0.01840.16980.02080.194253.795619.117276.4874
4-0.20410.3412-0.07582.9072-0.30650.1963-0.20790.02270.0428-0.830.17160.234-0.0514-0.02310.04220.4726-0.1241-0.1440.2940.06050.313852.067142.754968.4383
50.2627-0.5583-0.19834.7983-0.35260.9479-0.13610.13350.0653-0.86270.12080.1512-0.1535-0.0090.02740.5508-0.1511-0.18440.29340.07060.309553.095444.936466.5975
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 254 through 366 )A254 - 366
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid -77 through 17 )A-77 - 17
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 18 through 101 )A18 - 101
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 102 through 196 )A102 - 196
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 197 through 253 )A197 - 253

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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