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- PDB-6p7r: Crystal structure of unsaturated fatty acid bound wild-type ToxT ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p7r
タイトルCrystal structure of unsaturated fatty acid bound wild-type ToxT from Vibrio cholerae strain SCE256
要素Toxin co-regulated pilus virulence regulatory protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / AraC / XylS / virulence regulation / cholerae
機能・相同性
機能・相同性情報


sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
ToxT, HTH1 motif / Jelly Rolls - #810 / ToxT, HTH1 motif superfamily / ToxT, N-terminal cupin-like domain / Bacterial regulatory helix-turn-helix proteins, AraC family / Transcription regulator HTH, AraC- type / HTH domain AraC-type, conserved site / Bacterial regulatory proteins, araC family signature. / DNA binding HTH domain, AraC-type / Bacterial regulatory proteins, araC family DNA-binding domain profile. ...ToxT, HTH1 motif / Jelly Rolls - #810 / ToxT, HTH1 motif superfamily / ToxT, N-terminal cupin-like domain / Bacterial regulatory helix-turn-helix proteins, AraC family / Transcription regulator HTH, AraC- type / HTH domain AraC-type, conserved site / Bacterial regulatory proteins, araC family signature. / DNA binding HTH domain, AraC-type / Bacterial regulatory proteins, araC family DNA-binding domain profile. / helix_turn_helix, arabinose operon control protein / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Jelly Rolls / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PALMITOLEIC ACID / Toxin co-regulated pilus virulence regulatory protein
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Cruite, J.T. / Kull, F.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)5R01AI120068 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2019
タイトル: Structural basis for virulence regulation inVibrio choleraeby unsaturated fatty acid components of bile.
著者: Cruite, J.T. / Kovacikova, G. / Clark, K.A. / Woodbrey, A.K. / Skorupski, K. / Kull, F.J.
履歴
登録2019年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toxin co-regulated pilus virulence regulatory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5683
ポリマ－32,2211
非ポリマー3472
水1,838102
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.351, 47.128, 74.558
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.170, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Toxin co-regulated pilus virulence regulatory protein


分子量: 32221.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: tcpN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9F5Q9
#2: 化合物 ChemComp-PAM / PALMITOLEIC ACID / パルミトレイン酸


分子量: 254.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H30O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Sodium citrate tribasic dihydrate, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→28.3 Å / Num. obs: 26994 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 30.77 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.05351 / Rpim(I) all: 0.02976 / Rrim(I) all: 0.06146 / Net I/av σ(I): 13.73 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 1.8→1.864 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.5168 / Mean I/σ(I) obs: 2.07 / Num. unique obs: 1786 / CC1/2: 0.78 / Rpim(I) all: 0.2947 / Rrim(I) all: 0.5974 / % possible all: 99.92

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3GBG

3gbg


解像度: 1.8→28.3 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 22.63
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2218 1875 7.4 %
Rwork0.1782 --
obs0.1814 25327 99.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 138.05 Å2 / Biso mean: 46.11 Å2 / Biso min: 15.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→28.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2263 0 24 102 2389
Biso mean--52.83 46.06 -
残基数----277
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8-1.84870.29571430.239817941937100
1.8487-1.9030.26331420.227617821924100
1.903-1.96450.26651440.22111793193799
1.9645-2.03470.25391410.19411772191399
2.0347-2.11610.22681430.17681789193299
2.1161-2.21240.25651440.184817991943100
2.2124-2.3290.22761440.189618041948100
2.329-2.47480.24441450.19271807195299
2.4748-2.66580.23541440.19831792193699
2.6658-2.93380.22831440.199418061950100
2.9338-3.35780.23041450.183318181963100
3.3578-4.22840.21221470.15521828197599
4.2284-29.03410.18781490.1618682017100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.61250.66940.13642.25120.21652.0949-0.07790.0915-0.0885-0.01490.1360.11190.127-0.103-0.02090.2192-0.0056-0.0120.24490.00960.209779.6612-63.470287.8866
22.3293-0.0358-0.21812.59270.00223.1343-0.1066-0.0914-0.2719-0.03380.12960.22550.2573-0.22230.02360.3368-0.04340.01070.32520.00220.280283.4919-70.871980.2883
31.0682-0.19160.01641.2325-0.2672.49330.03590.08560.09410.0692-0.0478-0.255-0.05640.6239-0.0310.2023-0.0076-0.01350.3129-0.00380.245596.3954-56.680197.8672
41.88110.56610.64052.81250.49032.8474-0.0031-0.0674-0.10440.29550.03160.3193-0.0145-0.2592-0.05270.2420.01960.05440.2150.0040.257377.5662-59.002108.2928
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 105 )A1 - 105
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 106 through 160 )A106 - 160
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 161 through 232 )A161 - 232
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 233 through 277 )A233 - 277

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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