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- PDB-6p7o: Structure of E. coli MS115-1 NucC, Apo form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p7o
タイトルStructure of E. coli MS115-1 NucC, Apo form
要素E. coli MS115-1 NucC
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Nuclease
機能・相同性Domain of unknown function DUF6602 / Domain of unknown function (DUF6602) / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / nucleotide binding / metal ion binding / TRIETHYLENE GLYCOL / Endodeoxyribonuclease NucC
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli MS 115-1 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.752 Å
データ登録者Ye, Q. / Lau, R.K. / Berg, K.R. / Corbett, K.D.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2020
タイトル: Structure and Mechanism of a Cyclic Trinucleotide-Activated Bacterial Endonuclease Mediating Bacteriophage Immunity.
著者: Lau, R.K. / Ye, Q. / Birkholz, E.A. / Berg, K.R. / Patel, L. / Mathews, I.T. / Watrous, J.D. / Ego, K. / Whiteley, A.T. / Lowey, B. / Mekalanos, J.J. / Kranzusch, P.J. / Jain, M. / Pogliano, J. / Corbett, K.D.
履歴
登録2019年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.22020年1月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32020年3月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E. coli MS115-1 NucC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2495
ポリマ－26,7561
非ポリマー4924
水3,117173
1
A: E. coli MS115-1 NucC
ヘテロ分子

A: E. coli MS115-1 NucC
ヘテロ分子

A: E. coli MS115-1 NucC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,74615
ポリマ－80,2693
非ポリマー1,47712
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area10790 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area27140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)208.790, 208.790, 208.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number210
Space group name H-MF4132
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-542-

HOH

21A-573-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 E. coli MS115-1 NucC


分子量: 26756.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli MS 115-1 (大腸菌)
遺伝子: HMPREF9540_01761 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7Y2H5

-
非ポリマー , 5種, 177分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.29 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 27% PEG 400, 400 mM MgCl2, and 100 mM HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.195 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年1月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.195 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→40 Å / Num. obs: 39582 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.3 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 1.517 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 2097 / CC1/2: 0.53 / Rpim(I) all: 0.593 / Rrim(I) all: 1.633 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
HKL2Map位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.752→36.909 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.31
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1956 2233 5.65 %
Rwork0.1708 --
obs0.1722 39517 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.752→36.909 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1769 0 31 173 1973
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0191853
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5762504
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.5941084
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.091266
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.012322
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7524-1.79050.30861210.28472235X-RAY DIFFRACTION97
1.7905-1.83210.26791340.24392280X-RAY DIFFRACTION100
1.8321-1.87790.27131360.22372299X-RAY DIFFRACTION100
1.8779-1.92870.24151400.20792292X-RAY DIFFRACTION100
1.9287-1.98550.26561380.20372292X-RAY DIFFRACTION100
1.9855-2.04950.22361400.19522310X-RAY DIFFRACTION100
2.0495-2.12280.23281380.18342286X-RAY DIFFRACTION100
2.1228-2.20780.19771380.17232302X-RAY DIFFRACTION100
2.2078-2.30820.21161400.16242308X-RAY DIFFRACTION100
2.3082-2.42990.16571400.15972314X-RAY DIFFRACTION100
2.4299-2.58210.22331410.1652333X-RAY DIFFRACTION100
2.5821-2.78140.17121410.17332346X-RAY DIFFRACTION100
2.7814-3.06120.20921410.17582332X-RAY DIFFRACTION100
3.0612-3.50390.20951440.17252381X-RAY DIFFRACTION100
3.5039-4.41330.1621460.14682404X-RAY DIFFRACTION100
4.4133-36.91740.18111550.16532570X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 70.7337 Å / Origin y: 76.5518 Å / Origin z: 97.7981 Å
111213212223313233
T0.2257 Å20.0027 Å20.0326 Å2-0.2214 Å20.008 Å2--0.1904 Å2
L2.0706 °2-0.4186 °20.2447 °2-1.8071 °2-1.3166 °2--2.0228 °2
S0.0336 Å °0.0217 Å °-0.0759 Å °-0.049 Å °-0.0153 Å °0.0372 Å °0.0581 Å °-0.0527 Å °-0.0144 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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