PDB-6p7c: D104A/S128A S. typhimurium siroheme synthase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6p7c

タイトル

D104A/S128A S. typhimurium siroheme synthase

要素

Siroheme synthase

キーワード

TRANSFERASE / siroheme / sirohydrochlorin / precorrin-2 / tetrapyrrole biosynthesis / CysG

機能・相同性

機能・相同性情報

precorrin-2 dehydrogenase / precorrin-2 dehydrogenase activity / uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / uroporphyrin-III C-methyltransferase activity / sirohydrochlorin ferrochelatase / sirohydrochlorin ferrochelatase activity / siroheme biosynthetic process / cobalamin biosynthetic process / NAD binding / methylation
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.76 Å

データ登録者

Pennington, J.M. / Stroupe, M.E.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Siroheme synthase orients substrates for dehydrogenase and chelatase activities in a common active site.
著者: Pennington, J.M. / Kemp, M. / McGarry, L. / Chen, Y. / Stroupe, M.E.

履歴

登録	2019年6月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年2月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6p7c.cif.gz	435.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6p7c.ent.gz	297.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6p7c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p7/6p7c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p7/6p7c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6p5xC 6p5zC 6p7dC 6pqzC 6pr0C 6pr1C 6pr2C 6pr3C 6pr4C 6uluC 6vebC 1pjsS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ulu-d 6pr4-d 6pqz-d 6pr3-d 1pjt-d 1pjs-d 6pr0-d 2iuv-d 6pr2-d 4je5-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Siroheme synthase

B: Siroheme synthase

ヘテロ分子

101 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.940, 99.913, 147.545
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab

#1: タンパク質	Siroheme synthase 分子量: 50146.488 Da / 分子数: 2 / 変異: S128A, D104A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) 遺伝子: cysG, cobA, AAP89_23165, ABO94_22995, AF480_23265, AF488_22710, AF489_21700, AIC76_23675, AXR84_23260, AXU58_22185, C2253_19735, CD48_22680, CE87_23070, CET98_25025, CVR97_13625, D7F20_ ...遺伝子: cysG, cobA, AAP89_23165, ABO94_22995, AF480_23265, AF488_22710, AF489_21700, AIC76_23675, AXR84_23260, AXU58_22185, C2253_19735, CD48_22680, CE87_23070, CET98_25025, CVR97_13625, D7F20_23535, D7H43_21790, DJ388_17225, DM376_19045, E2F01_22980, FCJ89_03505, FG594_22565, FG605_22440, FG608_22845, FG609_22120, FG610_23420, FG612_22925, FG614_17700, FG736_21980, FJV50_24115, FJV51_21965, FJV53_21305, FJV54_21440, FJV55_23340, FJV56_23845, FJV57_21575, FJV58_21460, FJV59_22630, FJV60_22895, FJV61_22810, FJV62_21845, FJV63_22695, FJV64_21465, FJV65_22650, FJV66_23645, FJV67_23240, FJV68_22685, FJV69_23140, FJV70_23085, FJV71_22715, FJV73_22540, FJV74_23150, FJV75_23690, FJV78_22515, FJV79_22055, GW08_22845, JO10_22525, LZ63_24065, NCTC13348_03825, NG18_22490, NU83_22495, QA89_22165, QB40_24005, QD15_23475, RJ78_23420, SE14_03689, Y934_21155, YG50_22125, YI33_23225, YR17_23015, ZC54_23835 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0F7JCI1, UniProt: P25924*PLUS, uroporphyrinogen-III C-methyltransferase, precorrin-2 dehydrogenase, sirohydrochlorin ferrochelatase
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.25 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 4-14% PEG 4000, 100 mM 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid (MES) pH 5.0, 500mM sodium chloride, 7 mM 2-Mercaptoethanol (BME), microseeded

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月24日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.75→50 Å / Num. obs: 23599 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.5 % / B_iso Wilson estimate: 51.78 Å² / R_merge(I) obs: 0.491 / R_pim(I) all: 0.142 / R_rim(I) all: 0.512 / Χ²: 3.326 / Net I/σ(I): 4.9 / Num. measured all: 294154

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.75-2.8	8.4	1.462	1130	0.611	0.522	1.557	0.827	98.7
2.8-2.85	8.6	1.355	1154	0.598	0.481	1.442	0.814	97.7
2.85-2.9	9.2	1.369	1133	0.727	0.468	1.45	0.855	99.7
2.9-2.96	9.4	1.424	1152	0.713	0.476	1.505	0.916	100
2.96-3.03	9.9	1.572	1174	0.785	0.512	1.657	0.943	100
3.03-3.1	10.5	1.402	1140	0.88	0.446	1.474	1.058	100
3.1-3.17	11.2	1.463	1186	0.869	0.451	1.533	1.195	100
3.17-3.26	12.2	1.454	1155	0.818	0.429	1.518	1.234	100
3.26-3.36	13	1.33	1195	0.869	0.383	1.386	1.444	100
3.36-3.46	13.8	1.102	1158	0.921	0.309	1.145	1.698	100
3.46-3.59	14.1	0.884	1166	0.944	0.245	0.918	2.042	100
3.59-3.73	14.3	0.751	1170	0.937	0.207	0.779	2.573	100
3.73-3.9	14.4	0.626	1180	0.931	0.172	0.65	2.941	100
3.9-4.11	14.5	0.526	1178	0.947	0.145	0.546	4.269	100
4.11-4.36	14.5	0.449	1189	0.929	0.125	0.467	4.792	100
4.36-4.7	14.5	0.398	1187	0.935	0.111	0.414	5.37	100
4.7-5.17	14.5	0.337	1193	0.921	0.094	0.351	5.264	100
5.17-5.92	14.4	0.309	1218	0.95	0.086	0.321	4.45	100
5.92-7.46	14.2	0.248	1231	0.977	0.07	0.258	3.43	100
7.46-50	13	0.209	1310	0.968	0.062	0.219	13.297	99.5

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	7.04 Å	49.96 Å
Translation	7.04 Å	49.96 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PHASER	2.7.16	位相決定
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1PJS

1pjs

解像度: 2.76→42.17 Å / SU ML: 0.4382 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.4939

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2851	1997	8.49 %
R_work	0.1843	-	-
obs	0.1929	23510	99.53 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.76→42.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6963	0	1	48	7012

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0078	7155
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.03	9701
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	1117
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0053	1271
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.0172	4338

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.76-2.82	0.4011	135	0.2673	1455	X-RAY DIFFRACTION	96.54
2.82-2.9	0.3798	140	0.2459	1503	X-RAY DIFFRACTION	98.38
2.9-2.99	0.3631	141	0.2552	1518	X-RAY DIFFRACTION	100
2.99-3.08	0.4036	139	0.2289	1505	X-RAY DIFFRACTION	100
3.08-3.19	0.3526	142	0.2132	1525	X-RAY DIFFRACTION	100
3.19-3.32	0.3175	143	0.2074	1545	X-RAY DIFFRACTION	100
3.32-3.47	0.2942	141	0.1839	1512	X-RAY DIFFRACTION	100
3.47-3.65	0.2872	140	0.176	1515	X-RAY DIFFRACTION	100
3.65-3.88	0.2703	146	0.1794	1558	X-RAY DIFFRACTION	100
3.88-4.18	0.2643	141	0.1568	1528	X-RAY DIFFRACTION	100
4.18-4.6	0.2525	145	0.1464	1558	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6-5.27	0.2502	144	0.1534	1557	X-RAY DIFFRACTION	99.88
5.27-6.63	0.2708	148	0.1888	1587	X-RAY DIFFRACTION	100
6.63-42.17	0.2448	152	0.1829	1647	X-RAY DIFFRACTION	98.63

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.96339115099	0.330625337517	-0.683830599035	0.204399088967	-0.379291776873	0.992201639319	0.0559974949416	-0.0225868334421	0.0982500263715	-0.0487066587179	-0.0334485854527	0.0590772722514	-0.074534196281	0.0871298776989	-0.0299643882074	0.398810371115	0.0378783527393	-0.0116849510576	0.293069973554	-0.0474665778941	0.331976806089	86.4148406092	-8.88206791389	30.9048283927
2	1.5424049499	0.0497522078511	-1.01507610619	0.640889425399	-0.453362276581	1.72526923359	-0.0699064447209	0.0699512768027	0.022410139318	-0.144679032634	-0.0150466633621	-0.0723510540984	0.216006229271	0.0969180557493	0.091871744526	0.312665224805	-0.025169887425	-0.0705994049617	0.241511341924	0.0272163375457	0.314378596417	92.2555346951	-11.9544366902	24.9920457724

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid 1 through 501)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'B' and resid 1 through 502)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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