[日本語] English
万見
- PDB-6p7a: CRYSTAL STRUCTURE OF THE FOWLPOX VIRUS HOLLIDAY JUNCTION RESOLVASE -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p7a
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE FOWLPOX VIRUS HOLLIDAY JUNCTION RESOLVASE
要素Holliday junction resolvase
キーワードHYDROLASE / RESOLVASE
機能・相同性
機能・相同性情報


crossover junction DNA endonuclease activity / nuclease activity / four-way junction DNA binding / DNA recombination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA repair / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Holliday junction resolvase, A22 / Poxvirus A22 protein / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / A22R orthologue / Holliday junction resolvase
類似検索 - 構成要素
生物種Fowlpox virus (鶏痘ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 3.081 Å
データ登録者Li, N. / Shi, K. / Banerjee, S. / Rao, T. / Aihara, H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118047 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020
タイトル: Structural insights into the promiscuous DNA binding and broad substrate selectivity of fowlpox virus resolvase.
著者: Li, N. / Shi, K. / Rao, T. / Banerjee, S. / Aihara, H.
履歴
登録2019年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Holliday junction resolvase
B: Holliday junction resolvase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6998
ポリマ－34,0252
非ポリマー6746
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2100 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area15390 Å2
手法PISA
2
A: Holliday junction resolvase
ヘテロ分子

B: Holliday junction resolvase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6998
ポリマ－34,0252
非ポリマー6746
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z+1/31
Buried area2560 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area14930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.620, 82.620, 68.756
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

-
要素

#1: タンパク質 Holliday junction resolvase


分子量: 17012.346 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Fowlpox virus (鶏痘ウイルス) / 遺伝子: FPV187 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A385H9X4, UniProt: Q9J546*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Bis-Trix/HCl, 10mM Cadmium hloride, 6% W/V PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.081→19.845 Å / Num. obs: 9345 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 2.6 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 3.1→3.2 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.424 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2480 / CC1/2: 0.8 / % possible all: 97.72

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_3512: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 3.081→19.845 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 44.59
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 437 4.68 %
Rwork0.2712 --
obs0.2716 9338 96.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.081→19.845 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2337 0 6 0 2343
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022381
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4863219
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.8751432
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044361
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004405
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0812-3.52490.3639960.33213013X-RAY DIFFRACTION97
3.5249-4.43280.31041780.31162938X-RAY DIFFRACTION97
4.4328-19.84510.26281630.2462950X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.5479-5.1823-4.93317.87975.44797.9622-1.0805-1.9758-0.21310.5891.695-1.2662-0.39932.07480.00351.06790.21810.50311.07660.23180.6397-16.626627.723521.2475
26.04740.0057-0.83399.2317-0.53347.1533-0.67220.6002-0.1782-0.02030.18350.27450.3759-0.79410.51451.12160.05080.46110.8698-0.02070.6627-8.743723.963310.4728
37.1487-8.4202-7.47919.93488.81227.82141.867-0.3083.1682-1.73070.3227-1.6657-2.46560.277-0.15592.57260.290.7590.8246-0.02881.1809-0.239233.500515.963
43.01161.5629-0.641.15450.16611.0953-0.3905-0.7458-1.83571.2195-0.1093-0.31521.7484-0.41062.08382.14310.58291.1051.05121.20041.4458-18.57715.776724.3486
58.2820.3675-2.5314.37720.28412.2592-0.3796-1.54110.1351.31960.0758-0.02791.13870.2745-0.65741.0751-0.08750.56140.93210.41820.3662-22.397821.59821.9574
67.37815.4177-4.92747.4255-1.89324.1837-1.57552.4476-0.2079-1.94691.29361.04440.3796-1.9536-0.4681.1259-0.3880.38240.992-0.22810.559616.733327.8052-3.4669
74.28460.3992-4.04635.4743-2.52618.6256-0.0941-0.83640.11670.8877-0.2778-0.1522-0.83930.68660.12231.214-0.12140.3420.9045-0.03150.61947.958325.68786.7256
85.8843-3.52121.44173.5645-1.33611.77440.4695-0.5509-1.4426-0.8235-0.23560.96570.9231-0.48154.97281.6942-0.79860.7590.8383-0.76121.219517.388714.3758-6.5078
92.0352-1.9655.32488.7709-2.46523.5683-0.24733.55230.6031-1.2231-0.1512-0.8630.76710.4148-0.721.23210.06510.50271.2978-0.39660.955522.183122.2233-5.1909
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 34 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 35 through 78 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 79 through 84 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 85 through 117 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 118 through 147 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 1 through 34 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 35 through 84 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 85 through 115 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 116 through 148 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る