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- PDB-6p6p: Crystal structure of hemagglutinin from influenza virus A/Sichuan... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p6p
タイトルCrystal structure of hemagglutinin from influenza virus A/Sichuan/2/1987 (H3N2)
要素Hemagglutinin
キーワードVIRAL PROTEIN / hemagglutinin / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Dai, Y.N. / Fremont, D.H. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of hemagglutinin from influenza virus A/Sichuan/2/1987 (H3N2)
著者: Dai, Y.N. / Fremont, D.H. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2019年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
C: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
E: Hemagglutinin
F: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)343,73936
ポリマ－334,9116
非ポリマー8,82830
水14,448802
1
A: Hemagglutinin
C: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,87018
ポリマ－167,4553
非ポリマー4,41415
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19010 Å2
ΔGint30 kcal/mol
Surface area59990 Å2
手法PISA
2
B: Hemagglutinin
E: Hemagglutinin
F: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,87018
ポリマ－167,4553
非ポリマー4,41415
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19060 Å2
ΔGint32 kcal/mol
Surface area59860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)211.940, 149.940, 150.090
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 135.010, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 8 through 326 or resid 335...
21(chain B and (resid 8 through 81 or resid 83...
31(chain C and (resid 8 through 81 or resid 83...
41(chain D and (resid 8 through 81 or resid 83...
51(chain E and (resid 8 through 81 or resid 83...
61(chain F and (resid 8 through 81 or resid 83...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASNASNLYSLYS(chain A and (resid 8 through 326 or resid 335...AA8 - 3261 - 319
12ILEILELEULEU(chain A and (resid 8 through 326 or resid 335...AA335 - 381328 - 374
13ARGARGHISHIS(chain A and (resid 8 through 326 or resid 335...AA383 - 393376 - 386
14ILEILEARGARG(chain A and (resid 8 through 326 or resid 335...AA395 - 405388 - 398
15GLNGLNLEULEU(chain A and (resid 8 through 326 or resid 335...AA407 - 496400 - 489
16ASNASNNAGNAG(chain A and (resid 8 through 326 or resid 335...AA - P498 - 706491
21ASNASNASNASN(chain B and (resid 8 through 81 or resid 83...BB8 - 811 - 74
22LYSLYSLEULEU(chain B and (resid 8 through 81 or resid 83...BB83 - 38176 - 374
23ARGARGHISHIS(chain B and (resid 8 through 81 or resid 83...BB383 - 393376 - 386
24ILEILEARGARG(chain B and (resid 8 through 81 or resid 83...BB395 - 405388 - 398
25ASNASNILEILE(chain B and (resid 8 through 81 or resid 83...BB498 - 502491 - 495
26NAGNAGNAGNAG(chain B and (resid 8 through 81 or resid 83...BQ - T700 - 706
31ASNASNASNASN(chain C and (resid 8 through 81 or resid 83...CC8 - 811 - 74
32LYSLYSLYSLYS(chain C and (resid 8 through 81 or resid 83...CC83 - 32676 - 319
33ILEILELEULEU(chain C and (resid 8 through 81 or resid 83...CC335 - 381328 - 374
34ARGARGHISHIS(chain C and (resid 8 through 81 or resid 83...CC383 - 393376 - 386
35ILEILEARGARG(chain C and (resid 8 through 81 or resid 83...CC395 - 405388 - 398
36GLNGLNLEULEU(chain C and (resid 8 through 81 or resid 83...CC407 - 496400 - 489
37ASNASNILEILE(chain C and (resid 8 through 81 or resid 83...CC498 - 502491 - 495
38NAGNAGNAGNAG(chain C and (resid 8 through 81 or resid 83...CU - X700 - 706
41ASNASNASNASN(chain D and (resid 8 through 81 or resid 83...DD8 - 811 - 74
42LYSLYSLYSLYS(chain D and (resid 8 through 81 or resid 83...DD83 - 32676 - 319
43ILEILELEULEU(chain D and (resid 8 through 81 or resid 83...DD335 - 381328 - 374
44GLNGLNLEULEU(chain D and (resid 8 through 81 or resid 83...DD407 - 496400 - 489
45GLNGLNLEULEU(chain D and (resid 8 through 81 or resid 83...DD407 - 496400 - 489
46ASNASNILEILE(chain D and (resid 8 through 81 or resid 83...DD498 - 502491 - 495
47NAGNAGNAGNAG(chain D and (resid 8 through 81 or resid 83...DY - BA700 - 706
51ASNASNASNASN(chain E and (resid 8 through 81 or resid 83...EE8 - 811 - 74
52LYSLYSLYSLYS(chain E and (resid 8 through 81 or resid 83...EE83 - 32676 - 319
53ILEILEASNASN(chain E and (resid 8 through 81 or resid 83...EE335 - 81328 - 74
54ASNASNNAGNAG(chain E and (resid 8 through 81 or resid 83...EE - FA8 - 7061
55GLNGLNLEULEU(chain E and (resid 8 through 81 or resid 83...EE407 - 496400 - 489
56ASNASNILEILE(chain E and (resid 8 through 81 or resid 83...EE498 - 502491 - 495
57NAGNAGNAGNAG(chain E and (resid 8 through 81 or resid 83...ECA - FA700 - 706
61ASNASNASNASN(chain F and (resid 8 through 81 or resid 83...FF8 - 811 - 74
62LYSLYSLYSLYS(chain F and (resid 8 through 81 or resid 83...FF83 - 32676 - 319
63ILEILELEULEU(chain F and (resid 8 through 81 or resid 83...FF335 - 381328 - 374
64ARGARGHISHIS(chain F and (resid 8 through 81 or resid 83...FF383 - 393376 - 386
65ILEILEARGARG(chain F and (resid 8 through 81 or resid 83...FF395 - 405388 - 398
66GLNGLNLEULEU(chain F and (resid 8 through 81 or resid 83...FF407 - 496400 - 489
67ASNASNILEILE(chain F and (resid 8 through 81 or resid 83...FF498 - 502491 - 495
68NAGNAGNAGNAG(chain F and (resid 8 through 81 or resid 83...FGA - JA700 - 706

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要素

#1: タンパク質
Hemagglutinin


分子量: 55818.484 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Sichuan/2/1987(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Sichuan/2/1987(H3N2) / 遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: H9XCU1
#2: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖...
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 802 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M Hepes pH 7.0, 30% Jeffamine ED-2001

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CMOS / 日付: 2018年9月27日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.31→47.47 Å / Num. obs: 143375 / % possible obs: 98.96 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.08485 / Rrim(I) all: 0.12 / Net I/σ(I): 8.65
反射 シェル解像度: 2.31→2.393 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.35 / Num. unique obs: 13250 / CC1/2: 0.637 / Rpim(I) all: 0.5943 / Rrim(I) all: 0.8405 / % possible all: 92.18

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータ削減
Cootモデル構築
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2YP5

2yp5


解像度: 2.31→47.47 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 40.13 / 位相誤差: 39.31
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2511 7308 5.1 %
Rwork0.2208 --
obs0.2299 143375 98.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 157.93 Å2 / Biso mean: 40.7368 Å2 / Biso min: 2.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.31→47.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23149 0 570 802 24521
Biso mean--52.47 27.85 -
残基数----2931
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A14537X-RAY DIFFRACTION7.906TORSIONAL
12B14537X-RAY DIFFRACTION7.906TORSIONAL
13C14537X-RAY DIFFRACTION7.906TORSIONAL
14D14537X-RAY DIFFRACTION7.906TORSIONAL
15E14537X-RAY DIFFRACTION7.906TORSIONAL
16F14537X-RAY DIFFRACTION7.906TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3103-2.35010.34383520.32515766611880
2.3501-2.39280.35453840.32726777716195
2.3928-2.43870.31313340.3116932726695
2.4387-2.48840.33933530.29496802715595
2.4884-2.54240.33634180.29646806722494
2.5424-2.60140.30774340.28696777721194
2.6014-2.66640.31894280.27726767719594
2.6664-2.73830.33283160.28226898721496
2.7383-2.81870.32383140.27226946726096
2.8187-2.90940.35073260.26666860718695
2.9094-3.01310.26773180.25016888720696
3.0131-3.13330.27883890.2426857724695
3.1333-3.27540.264450.2276770721594
3.2754-3.44730.24112810.23156935721696
3.4473-3.66210.26433700.24676865723595
3.6621-3.9430.25063150.24166731704692
3.943-4.33630.18983210.17516776709794
4.3363-4.9560.15913270.1446947727496
4.956-6.21470.22374110.18356898730994
6.2147-20.42060.22883270.18037012733996

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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