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- PDB-6p63: Wild-type NIS synthetase DesD bound to AMP and substrate analog c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p63
タイトルWild-type NIS synthetase DesD bound to AMP and substrate analog cadaverine
要素Siderophore Synthetase Type C DesD
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / NIS synthetase / siderophore synthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


acid-amino acid ligase activity / siderophore biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Transferase(Phosphotransferase); domain 1 - #40 / TATA-Binding Protein - #280 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3370 / Aerobactin siderophore biosynthesis, IucA/IucC, N-terminal / Aerobactin siderophore biosynthesis, IucA/IucC-like / IucA / IucC family / Ferric iron reductase FhuF domain / Ferric iron reductase FhuF-like transporter / TATA-Binding Protein / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces ...Transferase(Phosphotransferase); domain 1 - #40 / TATA-Binding Protein - #280 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3370 / Aerobactin siderophore biosynthesis, IucA/IucC, N-terminal / Aerobactin siderophore biosynthesis, IucA/IucC-like / IucA / IucC family / Ferric iron reductase FhuF domain / Ferric iron reductase FhuF-like transporter / TATA-Binding Protein / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Hoffmann, K.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1716986 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2020
タイトル: Cofactor Complexes of DesD, a Model Enzyme in the Virulence-related NIS Synthetase Family.
著者: Hoffmann, K.M. / Goncuian, E.S. / Karimi, K.L. / Amendola, C.R. / Mojab, Y. / Wood, K.M. / Prussia, G.A. / Nix, J. / Yamamoto, M. / Lathan, K. / Orion, I.W.
履歴
登録2019年5月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年9月23日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / atom_sites / atom_type / chem_comp / citation / citation_author / diffrn / diffrn_radiation_wavelength / entity / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / software / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _diffrn.ambient_temp / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength / _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id / _pdbx_entity_instance_feature.comp_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.B_iso_min / _refine.aniso_B[1][1] / _refine.aniso_B[1][3] / _refine.aniso_B[2][2] / _refine.aniso_B[3][3] / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free / _refine.details / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_all / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_low / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.ls_percent_reflns_R_free / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.ls_wR_factor_R_free / _refine.ls_wR_factor_R_work / _refine.pdbx_average_fsc_free / _refine.pdbx_average_fsc_work / _refine.pdbx_ls_sigma_F / _refine.pdbx_overall_ESU_R / _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free / _refine.solvent_model_details / _refine_hist.cycle_id / _refine_hist.d_res_low / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_ligand / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_solvent / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_residues_total / _software.version / _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.beg_label_comp_id / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_comp_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_comp_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id
解説: Atoms with unrealistic or zero occupancies / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12020年10月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Siderophore Synthetase Type C DesD
B: Siderophore Synthetase Type C DesD
C: Siderophore Synthetase Type C DesD
D: Siderophore Synthetase Type C DesD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)268,51516
ポリマ－266,6614
非ポリマー1,85412
水16,880937
1
A: Siderophore Synthetase Type C DesD
C: Siderophore Synthetase Type C DesD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,2588
ポリマ－133,3302
非ポリマー9276
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6780 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area42960 Å2
手法PISA
2
B: Siderophore Synthetase Type C DesD
D: Siderophore Synthetase Type C DesD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,2588
ポリマ－133,3302
非ポリマー9276
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6650 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area43310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.430, 74.240, 183.170
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.700, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Siderophore Synthetase Type C DesD


分子量: 66665.211 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (バクテリア)
遺伝子: CAB87222 / プラスミド: pET44b / 詳細 (発現宿主): C-terminal hexa his tag / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9L069
#2: 化合物
ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: AMP*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 937 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.9 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.16 M magnesium chloride, 20% PEG, 0.08 M Tris hexahydrate, pH 8.5, 15% glycerol, 10% ethylene glycol

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Ambient temp details: cryo-cooled / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU R-AXIS IV / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年4月16日 / 詳細: varimax DW
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→89.53 Å / Num. obs: 99262 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.081 / Rrim(I) all: 0.121 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.344 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 4758 / CC1/2: 0.841 / Rpim(I) all: 0.296 / Rrim(I) all: 0.456 / % possible all: 94.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2X0O

2x0o


解像度: 2.4→69.832 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / WRfactor Rfree: 0.22 / WRfactor Rwork: 0.164 / Average fsc free: 0.9242 / Average fsc work: 0.9404 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.481 / ESU R Free: 0.258 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2267 4971 5.009 %RANDOM
Rwork0.1681 94263 --
all0.171 ---
obs-99234 95.851 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 22.251 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.763 Å2-0 Å2-0.357 Å2
2---0.661 Å2-0 Å2
3----0.042 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→69.832 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18780 0 120 937 19837
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01319369
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0350.01717745
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8461.64226371
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.4051.5740896
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.09652375
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.52520.8471110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.28153046
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.25215177
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.22450
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0221956
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0130.024419
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.210.24035
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.220.216518
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.170.29068
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0730.28543
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1750.2898
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0560.29
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.030.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1560.210
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.210.295
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.160.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8181.2129506
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8181.2119505
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4711.81511876
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.4711.81511877
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.8131.2779863
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.8131.2789864
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.3881.88214494
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.3881.88214495
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it3.41913.87721451
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other3.41913.87921452
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.4620.2543570.1916795X-RAY DIFFRACTION93.9693
2.462-2.530.2833520.1926615X-RAY DIFFRACTION94.4294
2.53-2.6030.2463200.1786493X-RAY DIFFRACTION94.5462
2.603-2.6830.2453590.1766298X-RAY DIFFRACTION94.8291
2.683-2.7710.2283060.1676145X-RAY DIFFRACTION95.0214
2.771-2.8680.2483110.1665992X-RAY DIFFRACTION95.3988
2.868-2.9770.2453300.1635743X-RAY DIFFRACTION95.683
2.977-3.0980.2193230.1625517X-RAY DIFFRACTION95.6436
3.098-3.2360.2392650.1555400X-RAY DIFFRACTION96.1963
3.236-3.3940.2192810.1535110X-RAY DIFFRACTION96.1305
3.394-3.5770.222650.164872X-RAY DIFFRACTION96.5965
3.577-3.7940.2092320.1564670X-RAY DIFFRACTION96.8201
3.794-4.0560.1922120.1574411X-RAY DIFFRACTION96.9996
4.056-4.3810.1842070.1514121X-RAY DIFFRACTION97.2147
4.381-4.7990.2042400.1443735X-RAY DIFFRACTION97.5221
4.799-5.3640.2121820.1673470X-RAY DIFFRACTION97.621
5.364-6.1930.3131830.2253042X-RAY DIFFRACTION97.7273
6.193-7.5830.2731090.2192621X-RAY DIFFRACTION98.0956
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5020.17310.11750.75410.1291.0104-0.0072-0.0830.00890.0941-0.0229-0.07760.00680.10720.03010.05350.0390.00260.12880.01680.09440.2319.613-22.795
20.6684-0.3077-0.29930.63810.14151.09120.0005-0.0189-0.0036-0.0068-0.0013-0.07260.01390.06490.00070.0072-0.0036-0.01750.02050.00390.0682-45.37341.988-68.845
30.7055-0.307-0.2450.70780.14120.9749-0.0161-0.0269-0.01560.00480.0059-0.06140.0110.06750.01010.0092-0.0073-0.01960.03070.00730.06593.8934.489-68.698
40.50080.22140.12350.74150.0851.16250.0192-0.05490.0040.0923-0.02-0.08310.03690.08410.00090.0440.02590.00660.08830.00380.0824-49.24944.346-22.717
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelectionAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLA2 - 595
2X-RAY DIFFRACTION2ALLB2 - 595
3X-RAY DIFFRACTION3ALLC1 - 595
4X-RAY DIFFRACTION4ALLD2 - 595

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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