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- PDB-6p5t: Surface-layer (S-layer) RsaA protein from Caulobacter crescentus ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p5t
タイトルSurface-layer (S-layer) RsaA protein from Caulobacter crescentus bound to strontium and iodide
要素S-layer protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / surface array / self-assembling / coat protein / RTX motif
機能・相同性
機能・相同性情報


S-layer / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
RsaA N-terminal domain / RTX calcium-binding nonapeptide repeat / RTX calcium-binding nonapeptide repeat (4 copies) / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / STRONTIUM ION / S-layer protein
類似検索 - 構成要素
生物種Caulobacter vibrioides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Chan, A.C. / Herrmann, J. / Smit, J. / Wakatsuki, S. / Murphy, M.E.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-2015-04802 カナダ
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: A bacterial surface layer protein exploits multistep crystallization for rapid self-assembly.
著者: Herrmann, J. / Li, P.N. / Jabbarpour, F. / Chan, A.C.K. / Rajkovic, I. / Matsui, T. / Shapiro, L. / Smit, J. / Weiss, T.M. / Murphy, M.E.P. / Wakatsuki, S.
履歴
登録2019年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S-layer protein
B: S-layer protein
C: S-layer protein
D: S-layer protein
E: S-layer protein
F: S-layer protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)490,318280
ポリマ－460,4176
非ポリマー29,900274
水87,1394837
1
B: S-layer protein
D: S-layer protein
E: S-layer protein
ヘテロ分子

A: S-layer protein
C: S-layer protein
F: S-layer protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)490,318280
ポリマ－460,4176
非ポリマー29,900274
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_757-x+2,y+1/2,-z+21
単位格子
Length a, b, c (Å)210.729, 80.564, 221.833
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.440, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 251 through 287 or resid 289...
21(chain B and (resid 251 through 287 or resid 289...
31(chain C and (resid 251 through 287 or resid 289...
41(chain D and (resid 251 through 287 or resid 289...
51(chain E and (resid 251 through 287 or resid 289...
61(chain F and (resid 251 through 287 or resid 289...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRLEULEU(chain A and (resid 251 through 287 or resid 289...AA251 - 28739 - 75
12GLYGLYILEILE(chain A and (resid 251 through 287 or resid 289...AA289 - 31377 - 101
13GLYGLYSERSER(chain A and (resid 251 through 287 or resid 289...AA315 - 452103 - 240
14THRTHRALAALA(chain A and (resid 251 through 287 or resid 289...AA454 - 1026242 - 814
21THRTHRLEULEU(chain B and (resid 251 through 287 or resid 289...BB251 - 28739 - 75
22GLYGLYILEILE(chain B and (resid 251 through 287 or resid 289...BB289 - 31377 - 101
23GLYGLYSERSER(chain B and (resid 251 through 287 or resid 289...BB315 - 452103 - 240
24THRTHRALAALA(chain B and (resid 251 through 287 or resid 289...BB454 - 1026242 - 814
31THRTHRLEULEU(chain C and (resid 251 through 287 or resid 289...CC251 - 28739 - 75
32GLYGLYILEILE(chain C and (resid 251 through 287 or resid 289...CC289 - 31377 - 101
33GLYGLYSERSER(chain C and (resid 251 through 287 or resid 289...CC315 - 452103 - 240
34THRTHRALAALA(chain C and (resid 251 through 287 or resid 289...CC454 - 1026242 - 814
41THRTHRLEULEU(chain D and (resid 251 through 287 or resid 289...DD251 - 28739 - 75
42GLYGLYILEILE(chain D and (resid 251 through 287 or resid 289...DD289 - 31377 - 101
43GLYGLYSERSER(chain D and (resid 251 through 287 or resid 289...DD315 - 452103 - 240
44THRTHRALAALA(chain D and (resid 251 through 287 or resid 289...DD454 - 1026242 - 814
51THRTHRLEULEU(chain E and (resid 251 through 287 or resid 289...EE251 - 28739 - 75
52GLYGLYILEILE(chain E and (resid 251 through 287 or resid 289...EE289 - 31377 - 101
53GLYGLYSERSER(chain E and (resid 251 through 287 or resid 289...EE315 - 452103 - 240
54THRTHRALAALA(chain E and (resid 251 through 287 or resid 289...EE454 - 1026242 - 814
61THRTHRLEULEU(chain F and (resid 251 through 287 or resid 289...FF251 - 28739 - 75
62GLYGLYILEILE(chain F and (resid 251 through 287 or resid 289...FF289 - 31377 - 101
63GLYGLYSERSER(chain F and (resid 251 through 287 or resid 289...FF315 - 452103 - 240
64THRTHRALAALA(chain F and (resid 251 through 287 or resid 289...FF454 - 1026242 - 814

-
要素

#1: タンパク質
S-layer protein / Paracrystalline surface layer protein


分子量: 76736.203 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caulobacter vibrioides (バクテリア)
遺伝子: rsaA, CC_1007 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P35828
#2: 化合物...
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物...
ChemComp-SR / STRONTIUM ION / ストロンチウムジカチオン


分子量: 87.620 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sr
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4837 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 8.5% PEG 8000, 100 mM Tris-HCl, 150 mM strontium chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→49.3 Å / Num. obs: 384732 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.229 / Rpim(I) all: 0.1 / Rrim(I) all: 0.25 / Net I/σ(I): 8.1 / Num. measured all: 2446368 / Scaling rejects: 1483
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.1-2.145.51.834100730183720.6180.8392.0251.396.8
11.5-49.35.80.0571450624920.9970.0250.06229.898.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
Aimless0.7.3データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5N8P

5n8p


解像度: 2.1→49.3 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.67
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2427 19202 5 %
Rwork0.2055 --
obs0.2074 384015 99.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 147.75 Å2 / Biso mean: 38.5156 Å2 / Biso min: 3.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→49.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数30881 0 274 4839 35994
Biso mean--48.25 35.49 -
残基数----4682
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A13860X-RAY DIFFRACTION6.097TORSIONAL
12B13860X-RAY DIFFRACTION6.097TORSIONAL
13C13860X-RAY DIFFRACTION6.097TORSIONAL
14D13860X-RAY DIFFRACTION6.097TORSIONAL
15E13860X-RAY DIFFRACTION6.097TORSIONAL
16F13860X-RAY DIFFRACTION6.097TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1-2.12390.3766140.3449117011231595
2.1239-2.14880.33886280.3261119181254699
2.1488-2.17510.35036400.31981215912799100
2.1751-2.20260.33136330.30561194912582100
2.2026-2.23160.3236410.2931222912870100
2.2316-2.26210.30166410.2791201312654100
2.2621-2.29450.31346340.28011219212826100
2.2945-2.32870.30676380.26731203212670100
2.3287-2.36510.28256460.26141223112877100
2.3651-2.40390.28246250.25151201312638100
2.4039-2.44530.31756430.251222512868100
2.4453-2.48980.31246480.24821207112719100
2.4898-2.53770.2756330.23741217512808100
2.5377-2.58950.2916330.23741213912772100
2.5895-2.64580.28016390.23271210412743100
2.6458-2.70730.28166480.22561218612834100
2.7073-2.7750.28186390.22051218012819100
2.775-2.850.26716330.2161210512738100
2.85-2.93390.25186320.20871213912771100
2.9339-3.02860.24486490.20711217212821100
3.0286-3.13680.24936410.20841218912830100
3.1368-3.26240.23246420.19371221912861100
3.2624-3.41080.21016410.18111220612847100
3.4108-3.59060.21596440.17291218512829100
3.5906-3.81550.19186430.16821227712920100
3.8155-4.10990.19976470.1681222212869100
4.1099-4.52330.18736440.14581229012934100
4.5233-5.17720.17446430.13891225112894100
5.1772-6.52030.2116530.17441239913052100
6.5203-49.31690.20326670.1831264213309100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0033-0.0058-0.00330.0060.00470.002-0.038-0.02350.02240.0163-0.02210.03960.0403-0.0478-00.24830.00520.00450.1126-0.00720.2727120.289121.5863185.9875
20.0855-0.01860.06070.10.05570.04370.01250.0837-0.00590.0348-0.00030.08590.0350.14920.01750.197-0.03830.03040.00160.07010.2723144.03271.2883184.7985
30.0423-0.01930.0122-0.01380.01090.03060.03340.08430.0317-0.01-0.05140.021-0.04090.1989-00.1795-0.0342-0.00270.2950.01060.2561186.1016-9.848191.7912
40.07510.050.06090.03460.01070.06940.0083-0.12450.03940.01560.0172-0.0103-0.06020.044200.2108-0.01770.00280.40220.01120.2336189.9658-16.7599240.7558
50.00020.00210.00030.0053-0.00050.00090.0540.01590.0025-0.015-0.02210.02590.0217-0.095800.2020.0038-0.01560.1346-0.01350.2369131.572558.308186.3368
60.0884-0.0239-0.02520.01470.030.10920.0353-0.0029-0.0569-0.0150.0080.1091-0.00760.14760.01350.1710.00230.00120.10430.0060.2378152.150139.7085187.9184
70.0502-0.04130.00530.050.02030.01180.04330.0734-0.0591-0.0169-0.00980.0191-0.01590.169200.18390.0315-0.0090.3249-0.04930.2639191.587630.5502189.7038
80.0309-0.01190.04630.03850.07780.0915-0.0323-0.0692-0.0450.0548-0.03740.01430.0332-0.073100.26480.01880.03880.5713-0.01320.2714201.413923.2042240.682
90.28710.10060.15320.23710.09170.12170.04320.46440.0030.05-0.08960.02120.0264-0.0056-0.05280.16360.1097-0.01120.4845-0.05660.2218114.82882.4794144.4733
100.08070.0433-0.080.2088-0.04230.07210.02370.1665-0.14310.1505-0.1443-0.1792-0.121-0.1787-0.10330.25030.00150.09531.0601-0.22060.2465171.1522-16.2186129.557
110.2346-0.06560.07410.21320.07860.15810.02760.40910.01770.0695-0.07220.08990.031-0.0411-0.00150.14150.008-0.05050.4319-0.05590.1364126.602439.203145.257
120.079-0-0.02290.06580.1130.05790.0320.1374-0.01470.0349-0.0419-0.07630.011-0.1086-0.00180.2344-0.0013-0.00010.8062-0.00080.3372183.657521.2252133.0328
130.0540.11770.02940.106-0.02180.16160.0030.04780.0121-0.0174-0.0306-0.04510.0009-0.1787-0.00010.22490.014-0.02130.3334-0.02580.216976.636545.4275157.658
140.09690.1079-0.04590.0982-0.08270.1-0.1276-0.0024-0.0329-0.0179-0.0406-0.0614-0.00930.0601-0.04070.281-0.01330.01890.65830.07860.231694.066727.100598.7126
150.05690.11790.02240.04160.00060.1910.06910.0788-0.02810.01480.007-0.0480.0582-0.01580.02990.18780.0532-0.02320.2215-0.04860.178865.65484.5222154.4361
160.09920.1263-0.10210.1011-0.1570.1428-0.2117-0.0529-0.015-0.02860.0585-0.06350.04370.0711-0.00450.30630.01340.04840.5914-0.02590.231685.2487-14.208795.9088
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 245 through 285 )A245 - 285
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 286 through 539 )A286 - 539
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 540 through 749 )A540 - 749
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 750 through 1026 )A750 - 1026
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 251 through 300 )B251 - 300
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 301 through 496 )B301 - 496
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 497 through 728 )B497 - 728
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 729 through 1026 )B729 - 1026
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 247 through 660 )C247 - 660
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 661 through 1026 )C661 - 1026
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 247 through 678 )D247 - 678
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 679 through 1026 )D679 - 1026
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'E' and (resid 247 through 660 )E247 - 660
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'E' and (resid 661 through 1026 )E661 - 1026
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'F' and (resid 246 through 678 )F246 - 678
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'F' and (resid 679 through 1026 )F679 - 1026

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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