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- PDB-6p5q: X-ray structure of Fe(II)-soaked UndA bound to lauric acid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p5q
タイトルX-ray structure of Fe(II)-soaked UndA bound to lauric acid
要素UndA
キーワードOXIDOREDUCTASE / desaturase / iron / decarboxylase / fatty acid
機能・相同性
機能・相同性情報


Iron-containing redox enzyme / Heme oxygenase-like / Heme Oxygenase; Chain A / Haem oxygenase-like, multi-helical / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
LAURIC ACID / : / TENA/THI-4 family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Rajakovich, L.J. / Mitchell, A.J. / Boal, A.K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States) 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2019
タイトル: Substrate-Triggered Formation of a Peroxo-Fe2(III/III) Intermediate during Fatty Acid Decarboxylation by UndA.
著者: Zhang, B. / Rajakovich, L.J. / Van Cura, D. / Blaesi, E.J. / Mitchell, A.J. / Tysoe, C.R. / Zhu, X. / Streit, B.R. / Rui, Z. / Zhang, W. / Boal, A.K. / Krebs, C. / Bollinger Jr., J.M.
履歴
登録2019年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UndA
B: UndA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,0729
ポリマ－70,3562
非ポリマー7167
水4,504250
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: UndA
ヘテロ分子

A: UndA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,16410
ポリマ－70,3562
非ポリマー8088
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area4900 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area21800 Å2
手法PISA
3
B: UndA
ヘテロ分子

B: UndA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,9808
ポリマ－70,3562
非ポリマー6246
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area4430 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area20050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.009, 74.148, 142.563
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number17
Space group name H-MP2221
Space group name HallP2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-414-

HOH

21B-406-

HOH

31B-410-

HOH

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要素

#1: タンパク質 UndA


分子量: 35177.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4K8M0*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-DAO / LAURIC ACID / ラウリン酸


分子量: 200.318 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H24O2
#3: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.06 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 1.8 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→34 Å / Num. obs: 61998 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 19.19 Å2 / CC1/2: 0.942 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 29.1
反射 シェル解像度: 1.86→1.89 Å / Rmerge(I) obs: 0.469 / Num. unique obs: 3070

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4WWJ

4wwj


解像度: 1.86→33.08 Å / SU ML: 0.1859 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.5952 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2166 3087 5.13 %
Rwork0.1978 57043 -
obs0.1987 60130 97.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 28.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→33.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3994 0 38 250 4282
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00274156
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5335630
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0339591
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031719
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.88732481
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.86-1.890.30071220.23652568X-RAY DIFFRACTION97.25
1.89-1.920.36561300.33232151X-RAY DIFFRACTION83.71
1.92-1.950.32711150.29362489X-RAY DIFFRACTION94.21
1.95-1.990.25971440.22872608X-RAY DIFFRACTION99.93
1.99-2.030.26211520.21042591X-RAY DIFFRACTION100
2.03-2.070.20291390.20092634X-RAY DIFFRACTION100
2.07-2.110.20521390.19532597X-RAY DIFFRACTION100
2.11-2.160.2251230.19862628X-RAY DIFFRACTION100
2.16-2.220.2271620.20552605X-RAY DIFFRACTION100
2.22-2.280.28941310.23812340X-RAY DIFFRACTION89.5
2.28-2.340.22391550.19912624X-RAY DIFFRACTION99.93
2.34-2.420.22741560.18762620X-RAY DIFFRACTION100
2.42-2.510.22221330.1892628X-RAY DIFFRACTION100
2.51-2.610.20211450.18232624X-RAY DIFFRACTION100
2.61-2.720.19541330.20042686X-RAY DIFFRACTION100
2.72-2.870.24991190.20272657X-RAY DIFFRACTION100
2.87-3.050.22681360.21222653X-RAY DIFFRACTION100
3.05-3.280.22361480.20432663X-RAY DIFFRACTION100
3.28-3.610.20031490.19872644X-RAY DIFFRACTION99.22
3.61-4.130.19711480.16442473X-RAY DIFFRACTION92.48
4.13-5.210.14161600.15232707X-RAY DIFFRACTION99.97
5.21-33.080.21671480.22853X-RAY DIFFRACTION99.21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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