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- PDB-6p5l: Crystal Structure of Ubl123 with an EZH2 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p5l
タイトルCrystal Structure of Ubl123 with an EZH2 peptide
要素
  • PRO-ARG-LYS-LYS-LYS-ARG-LYS-HIS
  • Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 7
キーワードHYDROLASE / Complex Deubiquitinase / NUCLEAR PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


hepatocyte homeostasis / cellular response to trichostatin A / regulation of gliogenesis / negative regulation of striated muscle cell differentiation / regulation of kidney development / [histone H3]-lysine27 N-trimethyltransferase / response to tetrachloromethane / regulation of telomere capping / negative regulation of keratinocyte differentiation / histone H3K27 trimethyltransferase activity ...hepatocyte homeostasis / cellular response to trichostatin A / regulation of gliogenesis / negative regulation of striated muscle cell differentiation / regulation of kidney development / [histone H3]-lysine27 N-trimethyltransferase / response to tetrachloromethane / regulation of telomere capping / negative regulation of keratinocyte differentiation / histone H3K27 trimethyltransferase activity / regulation of establishment of protein localization to telomere / negative regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / cerebellar cortex development / primary miRNA binding / skeletal muscle satellite cell maintenance involved in skeletal muscle regeneration / regulatory ncRNA-mediated heterochromatin formation / histone H3K27 methyltransferase activity / monoubiquitinated protein deubiquitination / positive regulation of cell cycle G1/S phase transition / regulation of retrograde transport, endosome to Golgi / facultative heterochromatin formation / deubiquitinase activity / ESC/E(Z) complex / negative regulation of stem cell differentiation / DNA alkylation repair / regulation of DNA-binding transcription factor activity / protein-lysine N-methyltransferase activity / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / chromatin silencing complex / pronucleus / K48-linked deubiquitinase activity / positive regulation of dendrite development / G1 to G0 transition / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / histone H3 methyltransferase activity / histone methyltransferase activity / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / lncRNA binding / negative regulation of gene expression, epigenetic / synaptic transmission, GABAergic / Transcriptional Regulation by E2F6 / positive regulation of MAP kinase activity / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of GTPase activity / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / protein deubiquitination / negative regulation of gluconeogenesis / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / ribonucleoprotein complex binding / subtelomeric heterochromatin formation / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / pericentric heterochromatin / nucleosome binding / keratinocyte differentiation / protein localization to chromatin / negative regulation of TORC1 signaling / transcription-coupled nucleotide-excision repair / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / liver regeneration / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / Regulation of PTEN localization / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / regulation of signal transduction by p53 class mediator / B cell differentiation / Regulation of PTEN gene transcription / transcription corepressor binding / PRC2 methylates histones and DNA / Defective pyroptosis / hippocampus development / stem cell differentiation / promoter-specific chromatin binding / G1/S transition of mitotic cell cycle / regulation of circadian rhythm / PML body / regulation of protein stability / chromatin DNA binding / protein modification process / PKMTs methylate histone lysines / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / cellular response to hydrogen peroxide / Dual incision in TC-NER / HCMV Early Events / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / p53 binding / rhythmic process / Regulation of TP53 Degradation / transcription corepressor activity / response to estradiol / heterochromatin formation / chromosome / chromatin organization / histone binding / Oxidative Stress Induced Senescence / methylation / ubiquitinyl hydrolase 1
類似検索 - 分子機能
EZH2, SET domain / Histone-lysine N-methyltransferase EZH1/EZH2 / Polycomb repressive complex 2 subunit EZH1/EZH2, tri-helical domain / Pre-SET CXC domain / : / WD repeat binding protein EZH2 / Polycomb repressive complex 2 tri-helical domain / CXC domain / Ezh2, MCSS domain / Tesmin/TSO1-like CXC domain ...EZH2, SET domain / Histone-lysine N-methyltransferase EZH1/EZH2 / Polycomb repressive complex 2 subunit EZH1/EZH2, tri-helical domain / Pre-SET CXC domain / : / WD repeat binding protein EZH2 / Polycomb repressive complex 2 tri-helical domain / CXC domain / Ezh2, MCSS domain / Tesmin/TSO1-like CXC domain / Tesmin/TSO1-like CXC domain / CXC domain / Histone-lysine N-methyltransferase EZH1/2-like / CXC domain profile. / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 7, ICP0-binding domain / ICP0-binding domain of Ubiquitin-specific protease 7 / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase, C-terminal / Ubiquitin-specific protease C-terminal / MATH domain / : / MATH/TRAF domain / MATH/TRAF domain profile. / meprin and TRAF homology / TRAF-like / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 2. / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 1. / Ubiquitin specific protease, conserved site / Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin specific protease domain / Ubiquitin specific protease (USP) domain profile. / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain / SET domain superfamily / SET domain profile. / SET domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone-lysine N-methyltransferase EZH2 / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.296 Å
データ登録者Saridakis, V.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)106583 カナダ
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structural Basis of the Interaction Between Ubiquitin Specific Protease 7 and Enhancer of Zeste Homolog 2.
著者: Gagarina, V. / Bojagora, A. / Lacdao, I.K. / Luthra, N. / Pfoh, R. / Mohseni, S. / Chaharlangi, D. / Tan, N. / Saridakis, V.
履歴
登録2019年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 7
B: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 7
D: PRO-ARG-LYS-LYS-LYS-ARG-LYS-HIS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,3853
ポリマ－84,3853
非ポリマー00
水00
1
A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 7
D: PRO-ARG-LYS-LYS-LYS-ARG-LYS-HIS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7352
ポリマ－42,7352
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6501
ポリマ－41,6501
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)165.452, 165.452, 110.900
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 7 / Deubiquitinating enzyme 7 / Herpesvirus-associated ubiquitin-specific protease / Ubiquitin ...Deubiquitinating enzyme 7 / Herpesvirus-associated ubiquitin-specific protease / Ubiquitin thioesterase 7 / Ubiquitin-specific-processing protease 7


分子量: 41650.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: USP7, HAUSP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q93009, ubiquitinyl hydrolase 1
#2: タンパク質・ペプチド PRO-ARG-LYS-LYS-LYS-ARG-LYS-HIS


分子量: 1084.384 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15910*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.65 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 167 mM NaCl, 20mM Tris, 5mM b-ME, 10mM betaine hydrochlorid

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.296→30 Å / Num. obs: 23736 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 28.9 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.016 / Net I/σ(I): 49.6
反射 シェル解像度: 3.3→3.36 Å / Rmerge(I) obs: 0.94 / Num. unique obs: 2303 / Rpim(I) all: 0.23 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4wpi

4wpi


解像度: 3.296→29.608 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.52
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2893 1993 8.43 %
Rwork0.231 --
obs0.2359 23638 99.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 215.16 Å2 / Biso mean: 122.1608 Å2 / Biso min: 51.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.296→29.608 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5622 0 0 0 5622
残基数----687
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.2962-3.37860.3881390.28281514165399
3.3786-3.46980.45161390.34815011640100
3.4698-3.57170.37921400.299415231663100
3.5717-3.68680.40441420.30551524166699
3.6868-3.81830.34521390.291715101649100
3.8183-3.97080.43821350.31131490162597
3.9708-4.15110.29491420.230615311673100
4.1511-4.36930.27431410.222715341675100
4.3693-4.64210.25841410.190515461687100
4.6421-4.99890.25991440.186915561700100
4.9989-5.49910.20791440.190515601704100
5.4991-6.28820.27741450.234615741719100
6.2882-7.89750.30691480.254516051753100
7.8975-29.60960.25621540.206516771831100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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