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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6p57 | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Beta Subunit of Luteinizing Hormone | |||||||||
![]() | Lutropin subunit beta | |||||||||
![]() | HORMONE / reproduction / glycosylation / gonadotropic hormone / cysteine knot | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Mineralocorticoid biosynthesis / Glycoprotein hormones / Hormone ligand-binding receptors / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / Reactions specific to the complex N-glycan synthesis pathway / hormone-mediated signaling pathway / hormone activity / G protein-coupled receptor signaling pathway / extracellular space / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | McPherson, A. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: The Crystal Structure of the Beta Subunit of Luteinizing Hormone and a Model for the Intact Hormone 著者: Larson, S.B. / McPherson, A. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 111.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 85.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1hcnS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 25分子 AB![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#1: タンパク質 | 分子量: 15215.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-糖 , 4種, 5分子 ![](data/chem/img/MAN.gif)
![](data/chem/img/BOG.gif)
![](data/chem/img/BOG.gif)
#2: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6) ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#4: 糖 | ChemComp-MAN / |
#5: 糖 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 % / 解説: thin plates |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Sitting drop with the drop composed of equal quantities of 20 mg/ml protein dissolved in water, and 20% PEG 3350 plus 1% beta octyl glucoside dissolved in 0.10 M MES buffer at pH 6.5. Room ...詳細: Sitting drop with the drop composed of equal quantities of 20 mg/ml protein dissolved in water, and 20% PEG 3350 plus 1% beta octyl glucoside dissolved in 0.10 M MES buffer at pH 6.5. Room temperature crystallization. PH範囲: 6.0 - 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1998年6月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→60 Å / Num. obs: 6465 / % possible obs: 98.43 % / 冗長度: 9.35 % / Biso Wilson estimate: 85 Å2 / CC1/2: 0.89 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Rrim(I) all: 0.16 / Rsym value: 0.14 / Net I/σ(I): 9.1 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.15 Å / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 480 / CC1/2: 0.34 / Rrim(I) all: 0.68 / Rsym value: 0.6 / % possible all: 98 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1HCN 解像度: 3.16→33.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.83 / SU B: 11.107 / SU ML: 0.143 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.114 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 146.762 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 3.16→33.32 Å
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拘束条件 |
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