PDB-6p3h: Crystal structure of LigU(K66M) bound to substrate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6p3h

タイトル

Crystal structure of LigU(K66M) bound to substrate

要素

(4E)-oxalomesaconate Delta-isomerase

キーワード

ISOMERASE / Lignin degradation / protocatechuate 4 / 5-cleavage pathway / PrpF superfamily / (4E)-oxalomesaconate isomerase mechanism

機能・相同性

機能・相同性情報

異性化酵素; 分子内で酸化還元酵素として働くもの; C=C結合の転位 / lignin catabolic process / isomerase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Novosphingobium sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.62 Å

データ登録者

Cory, S.A. / Hogancamp, T.N. / Raushel, F.M. / Barondeau, D.P.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2019
タイトル: Structure and Chemical Reaction Mechanism of LigU, an Enzyme That Catalyzes an Allylic Isomerization in the Bacterial Degradation of Lignin.
著者: Hogancamp, T.N. / Cory, S.A. / Barondeau, D.P. / Raushel, F.M.

履歴

登録	2019年5月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年7月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年8月7日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2019年8月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6p3h.cif.gz	668.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6p3h.ent.gz	457 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6p3h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6p3h_validation.pdf.gz	396.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6p3h_full_validation.pdf.gz	401.8 KB	表示
XML形式データ	6p3h_validation.xml.gz	3.1 KB	表示
CIF形式データ	6p3h_validation.cif.gz	25.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/6p3h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/6p3h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6p3jC 6p3kSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6zlj-1 5nkk-1 4psr-2 1hyg-d 1wrv-5 1bmd-d 6xu3-1 2ebs-2 6xwb-1 6mgj-8 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: (4E)-oxalomesaconate Delta-isomerase

D: (4E)-oxalomesaconate Delta-isomerase

C: (4E)-oxalomesaconate Delta-isomerase

B: (4E)-oxalomesaconate Delta-isomerase

ヘテロ分子

153 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: (4E)-oxalomesaconate Delta-isomerase

C: (4E)-oxalomesaconate Delta-isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
76.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: (4E)-oxalomesaconate Delta-isomerase

B: (4E)-oxalomesaconate Delta-isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
76.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.880, 134.000, 168.370
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Space group name Hall	P22ab

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-655- HOH
2	1	C-577- HOH
3	1	C-853- HOH
4	1	C-913- HOH
5	1	B-891- HOH
6	1	B-938- HOH

#1: タンパク質	(4E)-oxalomesaconate Delta-isomerase / OMA isomerase / 1 / 3-allylic isomerase LigU 分子量: 37962.328 Da / 分子数: 4 / 変異: K66M / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Novosphingobium sp. (strain KA1) (バクテリア) 株: KA1 / 遺伝子: ligU, ORF100 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q0KJL4, 異性化酵素; 分子内で酸化還元酵素として働くもの; C=C結合の転位
#2: 化合物	ChemComp-NQM / (1E)-4-oxobut-1-ene-1,2,4-tricarboxylic acid / 4-オキサルメサコン酸分子量: 202.118 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₆O₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1516 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.99 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Well - 1000 mM Sodium citrate tribasic, 100 mM Sodium cacodylate/HCl, pH 6.5 Drop - 100 nL enzyme, 100 nL OMA (5 mM), 500 nL well where the enzyme concentration was 20 mg/mL in 20 mM HEPES/KOH pH 7.9

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.1271 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1271 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.62→39.53 Å / Num. obs: 236378 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 5.1 % / B_iso Wilson estimate: 20.09 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.091 / R_pim(I) all: 0.044 / R_rim(I) all: 0.101 / Net I/σ(I): 8.8 / Num. measured all: 1205841 / Scaling rejects: 251
反射シェル	解像度: 1.62→1.65 Å / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.597 / Num. measured all: 57956 / Num. unique obs: 11189 / CC_1/2: 0.446 / R_pim(I) all: 0.276 / R_rim(I) all: 0.659 / Net I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 94.2

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	4.33 Å	39.46 Å
Translation	4.33 Å	39.46 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless	0.7.3	データスケーリング
PHASER	2.8.2	位相決定
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6P3K

6p3k

解像度: 1.62→39.46 Å / SU ML: 0.1694 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.5676

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1869	2000	0.85 %
R_work	0.1566	-	-
obs	0.1568	236265	97.21 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.62→39.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10072	0	62	1516	11650

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0166	10765
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.3941	14723
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1018	1727
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0088	2003
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.9688	8648

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.62-1.66	0.2834	136	0.2872	16006	X-RAY DIFFRACTION	93.7
1.66-1.71	0.2655	139	0.2614	16218	X-RAY DIFFRACTION	95.13
1.71-1.76	0.2598	141	0.2347	16432	X-RAY DIFFRACTION	96.38
1.76-1.81	0.2635	141	0.2194	16611	X-RAY DIFFRACTION	97.07
1.81-1.88	0.2792	141	0.2033	16464	X-RAY DIFFRACTION	96.64
1.88-1.95	0.2351	139	0.1819	16334	X-RAY DIFFRACTION	95.53
1.95-2.04	0.1972	144	0.1622	16823	X-RAY DIFFRACTION	98.06
2.04-2.15	0.1818	144	0.148	16868	X-RAY DIFFRACTION	98.47
2.15-2.28	0.1693	145	0.145	16953	X-RAY DIFFRACTION	98.66
2.28-2.46	0.1746	145	0.1446	17003	X-RAY DIFFRACTION	99.02
2.46-2.71	0.1818	141	0.1491	16513	X-RAY DIFFRACTION	95.73
2.71-3.1	0.1847	147	0.1567	17187	X-RAY DIFFRACTION	99.28
3.1-3.9	0.1714	148	0.1355	17397	X-RAY DIFFRACTION	99.74
3.9-39.47	0.1524	149	0.1311	17456	X-RAY DIFFRACTION	97.43

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.613693422353	0.363071827344	0.0385451159038	1.32520710402	0.416546301629	0.767535456902	0.0340720495634	-0.0796207735435	0.125093201586	0.0997365251252	-0.0746849409629	0.0663682046014	-0.0858646664281	-0.00374062233133	0.0392392831773	0.219891108177	-0.00890068065341	-0.0120107787669	0.211405031823	-0.0411063331175	0.212333462058	-29.1305163413	23.456084341	-89.2290725619
2	0.965390756337	0.154596332868	0.177622897941	1.2632087832	-0.201759276841	1.66765492616	0.165197636713	-0.295780389071	-0.141486452534	0.399008685324	-0.0777683639253	0.192806786526	0.0934918856856	-0.0551184197769	-0.0807568839484	0.337924784917	-0.0645000831971	-0.0100044951167	0.247323210583	-0.00862692383224	0.279095965164	-27.7723517883	14.9072574661	-71.1404777693
3	0.607553397875	0.179008741585	-0.0552036355321	0.568585810202	-0.185356979846	0.609025699817	-0.0145336231326	0.0221822483621	0.017887523961	0.0208119370626	0.0179499550364	0.0259275258678	-0.0060091150523	-0.051498946611	-0.00628480840535	0.165039964145	0.0046018767675	-0.00818100775817	0.153437019243	-0.00220897521822	0.15300003939	-65.3945235664	6.98271933766	24.2703043545
4	0.623360928018	0.211457822587	-0.00279039912146	0.999141098097	0.0979572756717	0.509919616032	0.0173481791837	0.100313455249	-0.124421049697	0.00901447051882	-0.0186614228511	0.0255772272322	0.104705695668	-0.0468364416756	-0.00323989392119	0.184522490831	0.0014637987511	-0.00136969532329	0.192134558707	-0.0203695358404	0.174662263682	-63.5646293378	-12.5871049585	18.5056650227
5	0.452961040113	-0.0855122112313	-0.0820933713537	0.709418214196	0.155299448262	0.784812732948	-0.0192890344806	-0.0257297575742	0.01906559188	-0.0194234594999	0.0215175246363	-0.108946796329	0.00557626043501	0.112101808504	-0.00270864411294	0.182217234092	-0.00167974619923	0.0024456583566	0.195208428503	0.00165699326972	0.188521020218	-18.9091527067	5.22014150018	-108.947068069
6	0.7371631882	0.0787661777646	-0.129778103417	1.56606603933	-0.226969511027	0.548408931096	0.0103105832457	-0.135054489166	-0.173782215033	-0.0233086257441	-0.053302461335	-0.138315335643	0.10109916467	0.0910817254747	0.0387309521335	0.167431789178	0.00533053687234	0.00387520288009	0.199517890571	0.0359822718911	0.177565522081	-22.5023253653	-13.8161491678	-102.838691159
7	0.714744931234	-0.128472792973	0.119603301664	1.3484040181	-0.446783530032	0.773269811518	0.0171466919998	0.120980771022	0.147443604153	-0.0884714663577	-0.0166210006763	-0.0554730664545	-0.0309737037332	-0.0115873328884	0.00253812158711	0.168302242113	0.0104939905621	0.00552400719454	0.182747025241	0.0515397624915	0.189285832207	-55.5541978396	24.9474289618	2.94052046869
8	1.00054879729	0.141574818613	0.539402422907	1.33549615126	0.291098283987	1.41031369419	0.235011486422	0.372322993326	-0.253875550366	-0.398148303294	0.108997740114	-0.369548007598	0.206568826445	0.103160611763	-0.144808264143	0.340728129332	0.0695142953132	0.00584253643719	0.280390006495	-0.0427006858134	0.362567652554	-54.3859811691	14.6933165289	-14.7314390861

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 8:148)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 149:358)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain B and resid 8:177)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 178:358)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain C and resid 7:177)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain C and resid 178:358)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain D and resid 8:178)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain D and resid 179:358)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)