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- PDB-6p2t: BshB from Bacillus subtilis complexed with citrate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p2t
タイトルBshB from Bacillus subtilis complexed with citrate
要素N-acetyl-alpha-D-glucosaminyl L-malate deacetylase 1
キーワードHYDROLASE / Bacillithiol / deacetylase / metal-dependent
機能・相同性
機能・相同性情報


bacillithiol biosynthetic process / deacetylase activity / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Bacillithiol biosynthesis deacetylase, BshB1 / LmbE-like / N-acetylglucosaminyl phosphatidylinositol deacetylase-related / Putative deacetylase LmbE-like domain superfamily / GlcNAc-PI de-N-acetylase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / N-acetyl-alpha-D-glucosaminyl L-malate deacetylase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.853 Å
データ登録者Cook, P.D. / Meloche, C.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2020
タイトル: X-ray crystallographic structure of BshB, the zinc-dependent deacetylase involved in bacillithiol biosynthesis.
著者: Woodward, R.L. / Castleman, M.M. / Meloche, C.E. / Karpen, M.E. / Carlson, C.G. / Yobi, W.H. / Jepsen, J.C. / Lewis, B.W. / Zarnosky, B.N. / Cook, P.D.
履歴
登録2019年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-acetyl-alpha-D-glucosaminyl L-malate deacetylase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1595
ポリマ－28,6871
非ポリマー4734
水2,954164
1
A: N-acetyl-alpha-D-glucosaminyl L-malate deacetylase 1
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,95630
ポリマ－172,1206
非ポリマー2,83624
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_635-y+1,x-y-2,z1
crystal symmetry operation3_865-x+y+3,-x+1,z1
crystal symmetry operation10_635y+5/3,x-5/3,-z+1/31
crystal symmetry operation11_445x-y-1/3,-y-2/3,-z+1/31
crystal symmetry operation12_765-x+8/3,-x+y+4/3,-z+1/31
Buried area25860 Å2
ΔGint-384 kcal/mol
Surface area48980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.538, 98.538, 184.877
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-154-

PHE

21A-520-

HOH

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要素

#1: タンパク質 N-acetyl-alpha-D-glucosaminyl L-malate deacetylase 1 / GlcNAc-Mal deacetylase 1


分子量: 28686.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: bshB1, jojG, ypjG, BSU22470 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P42981, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.29 % / 解説: parallelogram plates
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 10% PEG 3350, 100 mM sodium citrate tribasic, 10 mM HEPES, 25 mM NaCl, pH 8.3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.0782 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0782 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.853→77.49 Å / Num. obs: 29650 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.4 % / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.109 / Rsym value: 0.105 / Net I/av σ(I): 5.3 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.853-1.9514.81.4850.56328442770.3991.5381.4852.8100
1.95-2.0714.90.8380.85984740290.2250.8680.8385100
2.07-2.2114.90.481.45695638280.1280.4970.488.2100
2.21-2.3914.90.3082.25316035770.0820.3180.30811.4100
2.39-2.6214.80.2083.34859332830.0560.2150.20814.7100
2.62-2.9314.50.1225.74310329670.0330.1270.12220.9100
2.93-3.3813.70.0788.63631926420.0220.0810.07829.5100
3.38-4.1413.10.05710.92953922570.0160.0590.05739100
4.14-5.8612.80.04912.82271017680.0140.0510.04942.8100
5.86-62.703120.04712.21228410220.0140.050.04741.999.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0232精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2IXD

2ixd


解像度: 1.853→77.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 2.55 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.104
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2049 1445 4.9 %RANDOM
Rwork0.1715 ---
obs0.1732 28202 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 119.46 Å2 / Biso mean: 36.579 Å2 / Biso min: 21.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.13 Å20.56 Å2-0 Å2
2--1.13 Å2-0 Å2
3----3.65 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.853→77.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1803 0 28 164 1995
Biso mean--63.25 45.96 -
残基数----232
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0131914
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171804
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3441.6382587
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3141.5834196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8755243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.87422.28392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.2815345
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9621511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.2250
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022161
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02392
LS精密化 シェル解像度: 1.853→1.901 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 120 -
Rwork0.263 2054 -
all-2174 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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