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- PDB-6p2o: Crystal structure of Streptomyces rapamycinicus GH74 in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p2o
タイトルCrystal structure of Streptomyces rapamycinicus GH74 in complex with xyloglucan fragments XLLG and XXXG
要素Xyloglucanase
キーワードHYDROLASE / glycosyl hydrolase / GH74 / xyloglucanase / 7-fold beta-propeller
機能・相同性: / hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / polysaccharide catabolic process / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta / Xyloglucanase
機能・相同性情報
生物種Streptomyces rapamycinicus
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Skarina, T. / Arnal, G. / Brumer, H. / Savchenko, A.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)Industrial Biocatalysis Network カナダ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Substrate specificity, regiospecificity, and processivity in glycoside hydrolase family 74.
著者: Arnal, G. / Stogios, P.J. / Asohan, J. / Attia, M.A. / Skarina, T. / Viborg, A.H. / Henrissat, B. / Savchenko, A. / Brumer, H.
履歴
登録2019年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年9月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.32020年1月8日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: chem_comp / pdbx_audit_support
Item: _chem_comp.type / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xyloglucanase
B: Xyloglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,60128
ポリマ－155,0402
非ポリマー6,56226
水46,1182560
1
A: Xyloglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,82914
ポリマ－77,5201
非ポリマー3,30913
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Xyloglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,77214
ポリマ－77,5201
非ポリマー3,25213
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.996, 112.788, 222.759
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Xyloglucanase


分子量: 77519.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces rapamycinicus (strain ATCC 29253 / DSM 41530 / NRRL 5491 / AYB-994) (バクテリア)
株: ATCC 29253 / DSM 41530 / NRRL 5491 / AYB-994 / 遺伝子: D3C57_132765 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0A0NH71

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糖 , 2種, 4分子

#2: 多糖 alpha-D-xylopyranose-(1-6)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-D-galactopyranose-(1-2)-alpha-D- ...alpha-D-xylopyranose-(1-6)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-D-galactopyranose-(1-2)-alpha-D-xylopyranose-(1-6)]beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-D-galactopyranose-(1-2)-alpha-D-xylopyranose-(1-6)]beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1387.204 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DXylpa1-6DGlcpb1-4[DGalpb1-2DXylpa1-6]DGlcpb1-4[DGalpb1-2DXylpa1-6]DGlcpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,9,8/[a2122h-1b_1-5][a212h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-1-1-1-2-2-3-2-3/a4-b1_b4-c1_b6-h1_c4-d1_c6-f1_d6-e1_f2-g1_h2-i1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(6+1)][a-D-Xylp]{}}[(6+1)][a-D-Xylp]{[(2+1)][b-D-Galp]{}}}[(6+1)][a-D-Xylp]{[(2+1)][b-D-Galp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-xylopyranose-(1-6)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-D-xylopyranose-(1-6)]beta-D- ...alpha-D-xylopyranose-(1-6)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-D-xylopyranose-(1-6)]beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-D-xylopyranose-(1-6)]beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1062.923 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DXylpa1-6DGlcpb1-4[DXylpa1-6]DGlcpb1-4[DXylpa1-6]DGlcpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,7,6/[a2122h-1b_1-5][a212h-1a_1-5]/1-1-1-1-2-2-2/a4-b1_b4-c1_b6-g1_c4-d1_c6-f1_d6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(6+1)][a-D-Xylp]{}}[(6+1)][a-D-Xylp]{}}[(6+1)][a-D-Xylp]{}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 4種, 2582分子

#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2560 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.35 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.6 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium chloride, 0.1 M Hepes pH 7.5, xyloglucan mixture

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→25 Å / Num. obs: 172049 / % possible obs: 89.4 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 1.88→1.91 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.954 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 8554 / CC1/2: 0.541 / Rpim(I) all: 0.565 / % possible all: 90.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.15_3448: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JWZ

5jwz


解像度: 1.88→24.822 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1799 3304 1.27 %RANDOM
Rwork0.1481 ---
obs0.1486 156964 70.76 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.88→24.822 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10962 0 421 2560 13943
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01311720
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.13316022
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.2358756
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0711757
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0082023
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.88-1.90680.3041510.28873633X-RAY DIFFRACTION24
1.9068-1.93530.3357610.23754610X-RAY DIFFRACTION31
1.9353-1.96550.2759730.22155768X-RAY DIFFRACTION38
1.9655-1.99770.2404920.20516952X-RAY DIFFRACTION46
1.9977-2.03220.23681030.19187948X-RAY DIFFRACTION52
2.0322-2.06910.22191130.19238827X-RAY DIFFRACTION58
2.0691-2.10890.18261200.19159578X-RAY DIFFRACTION63
2.1089-2.15190.17571330.190710309X-RAY DIFFRACTION68
2.1519-2.19870.21831350.18610694X-RAY DIFFRACTION71
2.1987-2.24980.24141460.185411260X-RAY DIFFRACTION74
2.2498-2.3060.26861530.197711935X-RAY DIFFRACTION79
2.306-2.36830.19781580.176912145X-RAY DIFFRACTION80
2.3683-2.43790.23981630.17212529X-RAY DIFFRACTION83
2.4379-2.51660.22741550.165312534X-RAY DIFFRACTION83
2.5166-2.60640.20791610.165912447X-RAY DIFFRACTION82
2.6064-2.71060.22261610.162312347X-RAY DIFFRACTION82
2.7106-2.83380.21511570.160412311X-RAY DIFFRACTION81
2.8338-2.9830.19571550.151412308X-RAY DIFFRACTION81
2.983-3.16960.17181520.143912395X-RAY DIFFRACTION82
3.1696-3.41370.19421700.130112811X-RAY DIFFRACTION85
3.4137-3.75620.11981660.111313238X-RAY DIFFRACTION87
3.7562-4.29730.11521760.105113546X-RAY DIFFRACTION90
4.2973-5.40490.11971770.103413598X-RAY DIFFRACTION90
5.4049-24.82370.18711730.153513449X-RAY DIFFRACTION89
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.25311.17550.64313.70191.46982.11010.0417-0.02250.09620.1572-0.13490.3529-0.0842-0.25010.09630.17360.00330.06470.15840.01560.1342-24.140764.3615-39.4656
20.79540.6030.41942.11090.39360.873-0.0181-0.00340.02960.0720.032-0.0516-0.06410.0073-0.01190.1523-0.00760.00570.0991-0.00170.1167-5.979772.5129-43.2045
31.19121.15040.42041.2601-0.02041.50250.2329-0.20320.04240.6582-0.166-0.22050.08170.0174-0.06210.4158-0.049-0.08250.1848-0.01660.1722-2.139770.548-23.5563
40.60450.06250.23910.22020.36960.69790.2181-0.2557-0.14680.878-0.09-0.01160.1964-0.1306-0.09920.6898-0.1151-0.02260.25310.00350.2168-12.290357.2015-17.6125
50.8260.35910.65931.20891.07191.7680.146-0.2245-0.00790.381-0.12860.1309-0.1163-0.2354-0.01880.3432-0.05490.08350.1963-0.0060.1828-21.005359.851-28.412
61.4532-1.5083-0.75083.59130.66362.1186-0.0322-0.1641-0.04930.29410.07130.09430.12140.1019-0.04130.1538-0.05270.0070.17480.03050.1263-19.790832.5013-39.1839
75.1298-0.66160.14073.07740.50092.29910.02940.0265-0.1687-0.1939-0.05590.12920.3191-0.08240.02260.1821-0.0334-0.03670.12170.0160.0903-18.481927.7623-57.5489
82.2997-0.7052-0.25471.71330.12082.3232-0.03240.1267-0.0131-0.343-0.04380.29660.0198-0.21890.05710.1897-0.0488-0.06430.16050.01850.1476-25.015938.2846-64.0968
92.10350.75860.37352.05980.43163.1215-0.0270.06690.0566-0.128-0.02080.3936-0.1906-0.3320.0410.1256-0.001-0.04260.15710.01480.1953-29.449.0115-55.8411
100.5313-0.01930.2090.50730.15840.70230.0031-0.02280.0039-0.04320.01740.03580.0477-0.0018-0.02180.0744-0.01110.00830.1073-0.01670.09971.76447.865-19.3126
111.71940.98810.39551.46730.24180.7138-0.21220.15990.3184-0.21720.10680.1965-0.17080.0790.08860.1184-0.0276-0.05750.162-0.00680.167418.872436.8977-6.7498
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 46 through 90 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 91 through 301 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 302 through 356 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 357 through 413 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 414 through 482 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 483 through 596 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 597 through 658 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 659 through 706 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 707 through 772 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 46 through 526 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 527 through 772 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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