PDB-6p29: N-demethylindolmycin synthase (PluN2) in complex with N-demethyli...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6p29

タイトル

N-demethylindolmycin synthase (PluN2) in complex with N-demethylindolmycin

要素

N-demethylindolmycin synthase (PluN2)

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / N-demethylindolmycin synthase

機能・相同性

Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase / Chem-NQ7 / TRIETHYLENE GLYCOL / VOC domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Pseudoalteromonas luteoviolacea strain HI1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Du, Y.L. / Higgins, M.A. / Zhao, G. / Ryan, K.S.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2019
タイトル: Convergent biosynthetic transformations to a bacterial specialized metabolite.
著者: Du, Y.L. / Higgins, M.A. / Zhao, G. / Ryan, K.S.

履歴

登録	2019年5月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年8月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2019年10月30日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6p29.cif.gz	127.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6p29.ent.gz	99.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6p29.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p2/6p29 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p2/6p29	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	1tkf-d 5zrr-d 5b1d-d 3dw1-d 6fjs-d 3i2y-d 3gt3-d 2pwb-d 6zev-d 6d4g-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: N-demethylindolmycin synthase (PluN2)

B: N-demethylindolmycin synthase (PluN2)

ヘテロ分子

33.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.070, 54.070, 176.930
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-354- HOH
2	1	A-355- HOH

#1: タンパク質	N-demethylindolmycin synthase (PluN2) 分子量: 16380.224 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudoalteromonas luteoviolacea strain HI1 (バクテリア) 遺伝子: N473_05385 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A167HII1*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-NQ7 / (5S)-2-amino-5-[(1R)-1-(1H-indol-3-yl)ethyl]-1,3-oxazol-4(5H)-one / (S)-2-アミノ-5-[(R)-1-(1H-インド-ル-3-イル)エチル]-2-オキサゾリン-4-オン分子量: 243.261 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₃N₃O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.68 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M MgCl2, 0.1 M Bis-Tris buffer (pH 6.5), 0.2 M NDSB-201, 25 % PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年1月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→54.07 Å / Num. obs: 43152 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.3 % / CC_1/2: 0.985 / Net I/σ(I): 7.7
反射シェル	解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 14.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique obs: 4198 / CC_1/2: 0.906

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
PHENIX	精密化
MOSFLM	データ削減
Aimless	データスケーリング
PHENIX	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→46.135 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.91

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1956	2124	4.92 %
R_work	0.1676	-	-
obs	0.169	43147	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→46.135 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2099	0	46	230	2375

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2248
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.841	3054
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.207	1331
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	338
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	398

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.5349	0.2252	138	0.1946	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5349-1.5733	0.2021	142	0.1808	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5733-1.6158	0.1901	155	0.178	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6158-1.6634	0.217	133	0.1777	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6634-1.7171	0.2124	135	0.1727	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7171-1.7784	0.1899	134	0.165	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7784-1.8496	0.194	147	0.166	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8496-1.9338	0.2067	145	0.1678	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9338-2.0358	0.1983	134	0.164	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0358-2.1633	0.2127	126	0.167	2762	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1633-2.3304	0.1982	141	0.164	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3304-2.5649	0.182	143	0.1736	2767	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5649-2.9359	0.2669	157	0.1746	2756	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9359-3.6987	0.1648	127	0.1619	2839	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6987-46.1569	0.1709	167	0.1601	2993	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2772	0.3151	-0.1767	2.5141	-0.7938	1.3776	-0.0018	0.0205	-0.0983	0.3056	0.0445	-0.0478	0.0313	0.1345	-0.0312	0.0301	-0.003	-0.0261	0.0984	0.0144	0.0817	-11.6429	0.7997	-10.4935
2	2.4877	0.264	0.5839	4.1688	-1.2969	2.7214	-0.0508	0.1296	0.1147	0.0035	-0.054	-0.3433	-0.0258	0.3679	0.0345	0.0336	0.0042	-0.021	0.1316	0.0095	0.1066	-3.0646	6.3569	-8.4592
3	1.8424	-0.0045	0.9727	1.3823	-1.7141	3.1352	-0.0105	0.1214	-0.11	-0.0349	-0.0198	-0.1202	0.1065	0.1285	0.0437	0.0565	0.0219	0.0078	0.0788	-0.0057	0.0916	-8.8217	2.5839	-13.8103
4	2.9924	-0.7352	-0.7605	0.9872	0.7818	1.6503	-0.103	0.199	-0.0506	0.1632	-0.0289	-0.0425	0.0402	-0.0626	0.0295	0.003	-0.0062	-0.016	0.1323	0.059	0.1165	-17.1802	12.1074	-19.1133
5	5.4848	1.983	2.0993	4.0566	0.972	7.21	-0.0058	-0.5174	0.1225	0.6081	-0.0678	0.0043	0.067	0.0484	0.0305	0.1308	0.0618	-0.0167	0.1791	0.0119	0.0688	-16.6109	9.0977	2.7044
6	1.7964	-0.4129	-0.3602	0.3278	1.1372	4.8484	-0.1691	-0.8107	0.826	0.6198	-0.1932	-0.6861	-1.3931	0.4234	0.328	0.396	-0.1089	-0.1707	0.4372	-0.0535	0.2715	-9.9213	20.5609	-1.1639
7	3.0951	0.8424	-0.8794	0.9763	-0.6607	1.3386	0.0007	-0.2798	0.3061	0.5373	0.1562	0.1522	-0.4698	-0.3081	-0.1807	0.168	0.1016	0.0517	0.216	0.024	0.126	-22.7561	14.9538	-1.8478
8	2.4478	0.8784	-1.8295	1.5975	0.3397	2.3507	-0.111	-0.4161	0.1502	0.5726	0.203	0.3269	0.1213	-0.5316	-0.0993	0.2215	0.0747	0.0626	0.3116	0.0479	0.1396	-23.5808	10.4986	3.7313
9	1.7963	-0.3767	0.5211	1.0839	-0.9747	1.6474	-0.069	-0.1966	-0.1627	0.1136	0.2806	0.2901	0.0659	-0.3865	-0.111	0.0529	-0.0044	0.0107	0.1987	0.0777	0.1391	-30.5443	5.4547	-10.3978
10	1.978	-1.0697	0.523	1.0283	-0.6649	2.9801	0.196	0.3024	-0.4052	-0.2799	-0.1388	0.2559	0.8578	-0.2538	-0.242	0.1226	-0.0555	-0.0685	0.1558	-0.0131	0.1668	-22.0863	-1.961	-19.5604
11	4.1723	-0.9593	3.0961	0.9244	-0.2456	3.0434	0.3946	0.4457	-0.7211	-0.1169	0.0433	0.1614	0.5262	0.3691	-0.4013	0.2102	0.0375	-0.0819	0.1574	-0.0453	0.2298	-11.5468	-10.2464	-16.1949
12	2.2061	-1.1202	-0.1509	6.2803	-1.1559	2.6049	0.1118	0.0952	-0.3303	0.1202	-0.035	0.0443	0.3705	-0.0735	-0.0262	0.1031	-0.029	-0.0516	0.107	0.0032	0.1372	-21.0328	-3.2577	-16.7817

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 14 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 15 through 37 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 38 through 63 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 64 through 73 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 74 through 82 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 83 through 92 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 93 through 122 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 123 through 134 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 1 through 63 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 64 through 97 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 98 through 117 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 118 through 130 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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