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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6p24 | ||||||
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タイトル | Escherichia coli tRNA synthetase | ||||||
要素 | (Phenylalanine--tRNA ligase ...) x 2 | ||||||
キーワード | LIGASE / Inhibitor / Aminoacyl-tRNA synthetase / PheRS / Antibacterial | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phenylalanine-tRNA ligase complex / phenylalanine-tRNA ligase / phenylalanine-tRNA ligase activity / phenylalanyl-tRNA aminoacylation / tRNA binding / magnesium ion binding / ATP binding / identical protein binding / membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.12 Å | ||||||
データ登録者 | Kahne, D. / Baidin, V. / Owens, T.W. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2021 タイトル: Simple Secondary Amines Inhibit Growth of Gram-Negative Bacteria through Highly Selective Binding to Phenylalanyl-tRNA Synthetase. 著者: Baidin, V. / Owens, T.W. / Lazarus, M.B. / Kahne, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6p24.cif.gz | 549.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6p24.ent.gz | 354.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6p24.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6p24_validation.pdf.gz | 312.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6p24_full_validation.pdf.gz | 314 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6p24_validation.xml.gz | 2.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6p24_validation.cif.gz | 26.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p2/6p24 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p2/6p24 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-Phenylalanine--tRNA ligase ... , 2種, 4分子 ACBD
#1: タンパク質 | 分子量: 37318.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: pheS, b1714, JW5277 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P08312, phenylalanine-tRNA ligase #2: タンパク質 | 分子量: 87483.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: pheT, b1713, JW1703 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P07395, phenylalanine-tRNA ligase |
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-非ポリマー , 8種, 579分子
#3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | ChemComp-CL / | #5: 化合物 | ChemComp-HEZ / #6: 化合物 | ChemComp-TRS / #7: 化合物 | ChemComp-PEG / #8: 化合物 | ChemComp-EDO / #9: 化合物 | #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.08 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 16% PEG 8,000, 200 mM MgCl2, 100 mM Tris-HCl pH8.5, 2% 1,6-hexanediol, 3% d-Galactose |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.115→173.58 Å / Num. obs: 152649 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 50.86 Å2 / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 6.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.115→2.15 Å / Num. unique obs: 6642 / CC1/2: 0.126 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3PCO 解像度: 2.12→82.04 Å / SU ML: 0.351 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.6791 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 60.39 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.12→82.04 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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