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- PDB-6p00: RebH Variant 8F, Tryptamine 6-halogenase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p00
タイトルRebH Variant 8F, Tryptamine 6-halogenase
要素Flavin-dependent tryptophan halogenase RebH
キーワードFLAVOPROTEIN / halogenase / oxidoreductase / flavin / directed evolution
機能・相同性
機能・相同性情報


tryptophan 7-halogenase / monooxygenase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Flavin-dependent tryptophan halogenase / Flavin-dependent halogenase / Tryptophan halogenase / : / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Tryptophan 7-halogenase RebH
類似検索 - 構成要素
生物種Lechevalieria aerocolonigenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.249 Å
データ登録者Andorfer, M.C. / Sukumar, N. / Lewis, J.C.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41 GM103403 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01 GM115665 米国
National Science Foundation (United States)DGE-114408 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural and Computational Analysis of Laboratory-Evolved Halogenases Reveals Molecular Details of Site-Selectivity
著者: Andorfer, M.A. / Yang, S. / He, C.Q. / Evans, D. / Girlich, A.M. / Vergara-Coll, J. / Sukumar, N. / Houk, K.N. / Lewis, J.C.
履歴
登録2019年5月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月16日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flavin-dependent tryptophan halogenase RebH
B: Flavin-dependent tryptophan halogenase RebH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,7184
ポリマ－125,1472
非ポリマー1,5712
水10,611589
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5490 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area39510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.975, 115.975, 229.508
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number171
Space group name H-MP62
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/3
#3: y,-x+y,z+2/3
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: -x,-y,z

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要素

#1: タンパク質 Flavin-dependent tryptophan halogenase RebH / Variant of Flavin-dependent tryptophan halogenase RebH / 8F


分子量: 62573.250 Da / 分子数: 2
変異: I52M, S110P, S130L, N166S, L380F, S448P, Y455W, F465L, N470S, Q494R, R509Q
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lechevalieria aerocolonigenes (バクテリア)
遺伝子: rebH, rbmJ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8KHZ8, tryptophan 7-halogenase
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 589 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.45 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.3M Na/K phosphate buffer, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 81936 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.059 / Rrim(I) all: 0.112 / Χ2: 1.098 / Net I/σ(I): 7 / Num. measured all: 281688
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.25-2.333.50.92382080.6250.5721.0891.18199.8
2.33-2.423.50.64282140.7450.4010.7590.97899.8
2.42-2.533.50.51482160.8130.3230.6091.00699.8
2.53-2.673.40.38681510.3740.2480.461.06999.3
2.67-2.833.10.2581240.7170.1660.3011.19398.4
2.83-3.053.60.17582200.9690.1080.2061.14499.9
3.05-3.363.60.11682120.8350.0720.1371.17199.8
3.36-3.853.40.07282160.9830.0450.0851.09299.5
3.85-4.853.30.04781680.9940.030.0561.12798.8
4.85-503.50.03682070.9980.0220.0421.03298.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OAL

2oal


解像度: 2.249→31.168 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1998 4079 4.98 %
Rwork0.1703 77789 -
obs0.1718 81868 99.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 131.48 Å2 / Biso mean: 45.2456 Å2 / Biso min: 21.69 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.249→31.168 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8329 0 106 591 9026
Biso mean--90.31 47.82 -
残基数----1037
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 29

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2492-2.27560.30421300.27112523265391
2.2756-2.30340.31691320.251426292761100
2.3034-2.33250.2811440.244427042848100
2.3325-2.36320.28851430.238227432886100
2.3632-2.39550.25541400.228726562796100
2.3955-2.42980.29041440.233626772821100
2.4298-2.4660.26131350.226527282863100
2.466-2.50450.24851460.221926732819100
2.5045-2.54560.27371380.208626922830100
2.5456-2.58940.26921460.210727112857100
2.5894-2.63650.29341420.21542673281599
2.6365-2.68720.27731410.21442653279499
2.6872-2.7420.27791420.20542644278697
2.742-2.80160.23531370.20572650278799
2.8016-2.86670.23761450.194127042849100
2.8667-2.93840.25121350.203727092844100
2.9384-3.01770.25181420.198527122854100
3.0177-3.10650.23041440.195726962840100
3.1065-3.20660.22831410.187527072848100
3.2066-3.32110.21411420.172426922834100
3.3211-3.45390.181410.16972686282799
3.4539-3.61090.19871370.162697283499
3.6109-3.8010.19371400.146926952835100
3.801-4.03860.16331330.13832647278097
4.0386-4.34970.13361410.124627102851100
4.3497-4.7860.12261460.117727062852100
4.786-5.47530.15561420.13632698284099
5.4753-6.88610.17481490.16182686283599
6.8861-31.17120.16351410.15372688282998

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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