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- PDB-6oz9: Ebola virus glycoprotein in complex with EBOV-520 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6oz9
タイトルEbola virus glycoprotein in complex with EBOV-520 Fab
要素
  • (EBOV-520 Fab ...) x 2
  • Envelope glycoprotein
  • Small secreted glycoprotein sGP
キーワードVIRAL PROTEIN/Immune system / Glycoprotein / antibody / Fab / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-Immune system complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / membrane raft / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane ...host cell endoplasmic reticulum / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / membrane raft / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / lipid binding / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular region / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Filoviruses glycoprotein, extracellular domain / Filoviruses glycoprotein / Filovirus glycoprotein / Envelope glycoprotein GP2-like, HR1-HR2 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Small secreted glycoprotein sGP / Envelope glycoprotein / Envelope glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Ebola virus (エボラウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.462 Å
データ登録者Milligan, J.C. / Altman, P.X. / Hui, S. / Hastie, K.M. / Gilchuk, P. / Crowe, J.E. / Saphire, E.O.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19 109762 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI132204 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)5T32AI007354-27 米国
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2020
タイトル: Analysis of a Therapeutic Antibody Cocktail Reveals Determinants for Cooperative and Broad Ebolavirus Neutralization.
著者: Pavlo Gilchuk / Charles D Murin / Jacob C Milligan / Robert W Cross / Chad E Mire / Philipp A Ilinykh / Kai Huang / Natalia Kuzmina / Pilar X Altman / Sean Hui / Bronwyn M Gunn / Aubrey L ...著者: Pavlo Gilchuk / Charles D Murin / Jacob C Milligan / Robert W Cross / Chad E Mire / Philipp A Ilinykh / Kai Huang / Natalia Kuzmina / Pilar X Altman / Sean Hui / Bronwyn M Gunn / Aubrey L Bryan / Edgar Davidson / Benjamin J Doranz / Hannah L Turner / Tanwee Alkutkar / Robin Flinko / Chiara Orlandi / Robert Carnahan / Rachel Nargi / Robin G Bombardi / Megan E Vodzak / Sheng Li / Adaora Okoli / Morris Ibeawuchi / Benjamin Ohiaeri / George K Lewis / Galit Alter / Alexander Bukreyev / Erica Ollmann Saphire / Thomas W Geisbert / Andrew B Ward / James E Crowe /
要旨: Structural principles underlying the composition of protective antiviral monoclonal antibody (mAb) cocktails are poorly defined. Here, we exploited antibody cooperativity to develop a therapeutic mAb ...Structural principles underlying the composition of protective antiviral monoclonal antibody (mAb) cocktails are poorly defined. Here, we exploited antibody cooperativity to develop a therapeutic mAb cocktail against Ebola virus. We systematically analyzed the antibody repertoire in human survivors and identified a pair of potently neutralizing mAbs that cooperatively bound to the ebolavirus glycoprotein (GP). High-resolution structures revealed that in a two-antibody cocktail, molecular mimicry was a major feature of mAb-GP interactions. Broadly neutralizing mAb rEBOV-520 targeted a conserved epitope on the GP base region. mAb rEBOV-548 bound to a glycan cap epitope, possessed neutralizing and Fc-mediated effector function activities, and potentiated neutralization by rEBOV-520. Remodeling of the glycan cap structures by the cocktail enabled enhanced GP binding and virus neutralization. The cocktail demonstrated resistance to virus escape and protected non-human primates (NHPs) against Ebola virus disease. These data illuminate structural principles of antibody cooperativity with implications for development of antiviral immunotherapeutics.
履歴
登録2019年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Small secreted glycoprotein sGP
B: Envelope glycoprotein
L: EBOV-520 Fab light chain
H: EBOV-520 Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,0346
ポリマ－77,3564
非ポリマー6792
水00
1
A: Small secreted glycoprotein sGP
B: Envelope glycoprotein
L: EBOV-520 Fab light chain
H: EBOV-520 Fab heavy chain
ヘテロ分子

A: Small secreted glycoprotein sGP
B: Envelope glycoprotein
L: EBOV-520 Fab light chain
H: EBOV-520 Fab heavy chain
ヘテロ分子

A: Small secreted glycoprotein sGP
B: Envelope glycoprotein
L: EBOV-520 Fab light chain
H: EBOV-520 Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)234,10318
ポリマ－232,06712
非ポリマー2,0366
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
単位格子
Length a, b, c (Å)217.970, 217.970, 217.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number213
Space group name H-MP4132

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Small secreted glycoprotein sGP


分子量: 17196.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ebola virus (エボラウイルス)
遺伝子: sGP, DF49_53415gpsGP, DF49_53416gpsGP, DF49_53417gpsGP, DF49_53418gpsGP, DF49_53419gpsGP, DF49_53420gpsGP, DF49_53421gpsGP, DF49_53422gpsGP, DF49_53423gpsGP, DF49_53424gpsGP, DF49_ ...遺伝子: sGP, DF49_53415gpsGP, DF49_53416gpsGP, DF49_53417gpsGP, DF49_53418gpsGP, DF49_53419gpsGP, DF49_53420gpsGP, DF49_53421gpsGP, DF49_53422gpsGP, DF49_53423gpsGP, DF49_53424gpsGP, DF49_53425gpsGP, DF49_53426gpsGP, DH33_45401gpsGP, DH33_45402gpsGP
Variant: Mayinga / 細胞株 (発現宿主): S2
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: A0A0E3H7K0, UniProt: Q05320*PLUS
#2: タンパク質 Envelope glycoprotein


分子量: 12650.368 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ebola virus (エボラウイルス) / 遺伝子: GP, DH33_45401gpGP / Variant: Mayinga / 細胞株 (発現宿主): S2
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: A0A0E3H7K2, UniProt: Q05320*PLUS

-
抗体 , 2種, 2分子 LH

#3: 抗体 EBOV-520 Fab light chain


分子量: 23434.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 EBOV-520 Fab heavy chain


分子量: 24073.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 / 非ポリマー , 2種, 2分子

#5: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.79 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.0 and 1.4 M Ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.462→77.064 Å / Num. obs: 23638 / % possible obs: 99.19 % / 冗長度: 36.7 % / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 3.462→3.586 Å / Num. unique obs: 2296

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15rc1_3420精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.462→77.064 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2345 1984 8.46 %
Rwork0.1991 --
obs0.2021 23452 99.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.462→77.064 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5402 0 6 0 5408
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035540
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5897554
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.9643254
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043855
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004973
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4625-3.5490.26571320.26461440X-RAY DIFFRACTION97
3.549-3.6450.3181410.25611479X-RAY DIFFRACTION98
3.645-3.75230.27821360.23651489X-RAY DIFFRACTION98
3.7523-3.87340.27091380.22321505X-RAY DIFFRACTION99
3.8734-4.01180.25261380.22531502X-RAY DIFFRACTION99
4.0118-4.17240.22921380.19451494X-RAY DIFFRACTION99
4.1724-4.36230.20231440.17731543X-RAY DIFFRACTION100
4.3623-4.59230.20081400.15961510X-RAY DIFFRACTION100
4.5923-4.87990.21241410.16251532X-RAY DIFFRACTION100
4.8799-5.25660.19091430.16671538X-RAY DIFFRACTION100
5.2566-5.78550.20861430.18281553X-RAY DIFFRACTION100
5.7855-6.62220.2251460.19971569X-RAY DIFFRACTION100
6.6222-8.34170.24711470.20191601X-RAY DIFFRACTION100
8.3417-77.08310.25141570.21471713X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5577-0.13790.26510.32270.17770.3386-0.1218-0.0455-0.09240.23480.12610.24470.0518-0.4431-0.00010.7794-0.05380.05990.7939-0.0230.6387-1.6204-3.7838-24.297
20.7390.0952-0.16650.4926-0.56210.57380.14020.05080.1571-0.1512-0.1018-0.31030.00810.00860.00010.7583-0.03050.05470.7832-0.03320.709114.797615.5799-11.7241
30.95750.875-0.62130.7645-0.56980.3856-0.09510.006-0.00560.1835-0.0252-0.10360.02060.11320.00010.598-0.0428-0.02020.58260.00210.619613.19839.8395-11.9006
40.7440.9265-0.03011.0732-0.00850.5097-0.23450.37060.00320.27560.2032-0.06160.06660.277200.63160.04110.14050.83130.07370.849315.6297-6.3346-15.653
50.33320.4990.11040.63520.29390.45730.0269-0.17490.2056-0.2137-0.0970.0272-0.227-0.0757-0.00010.51950.0225-0.03630.50890.0380.5735-4.5358-3.6131-20.2286
60.5370.15990.11430.9696-0.95591.0443-0.0020.1592-0.0239-0.099-0.1083-0.0347-0.1664-0.103200.6352-0.01030.10880.64290.03330.684426.947511.3589-47.6862
71.33510.54560.3941.548-0.59750.4342-0.23060.21260.3662-0.35150.0183-0.1167-0.01260.1482-0.00010.66520.08920.26540.9795-0.02520.696159.77049.2846-63.1566
80.0847-0.11190.16270.1402-0.20930.2945-0.028-0.2883-0.38150.36090.107-0.2642-0.38680.41420.00021.08180.06740.08810.82570.00960.960742.5327-8.8184-37.882
90.77670.33280.52420.9115-0.21570.5736-0.1739-0.16490.0165-0.15510.0093-0.61750.1603-0.3762-0.00041.01390.14290.24730.64990.01640.674532.6512-4.1187-36.5044
100.66240.6098-0.07960.58460.1220.5098-0.0215-0.1549-0.36560.4757-0.01330.04610.7027-0.1177-0.00011.03250.07810.13450.61370.0490.710930.2235-5.8518-35.9416
110.0696-0.02430.1880.1161-0.13740.56310.23360.3738-0.25160.5661-0.37570.23430.0963-0.11440.00030.81680.28820.10330.7287-0.0680.979744.5762-6.2495-43.2322
120.11160.0209-0.11250.09850.13130.28760.3456-0.2929-0.812-0.8718-0.6710.30010.71890.42880.00070.9383-0.19920.07611.56330.41431.830666.32545.9647-52.5586
130.1641-0.1291-0.05060.4205-0.27610.3082-0.0891-0.3893-0.20970.4073-0.00110.13660.14931.26350.00021.22890.12280.09771.3199-0.08361.372756.97953.7396-49.3004
140.1618-0.3502-0.46320.76440.98851.278-0.8103-0.99940.48120.43560.3685-0.1511.56440.9537-0.01631.2336-0.2693-0.14211.64090.20781.750264.11386.0244-42.3253
150.00050.01550.00620.03290.03770.06030.5728-1.07150.66580.3160.8048-0.42140.52-0.13130.00161.464-0.03-0.22971.61930.24782.070969.97075.3044-44.2003
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 31 through 73 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 74 through 124 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 125 through 188 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 503 through 543 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 544 through 615 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'L' and (resid 1 through 102 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'L' and (resid 103 through 214 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'H' and (resid 1 through 17 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'H' and (resid 18 through 52 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'H' and (resid 53 through 110 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'H' and (resid 111 through 130 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'H' and (resid 131 through 156 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'H' and (resid 157 through 196 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'H' and (resid 197 through 215 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'H' and (resid 216 through 226 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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