PDB-6oz8: Crystal structure of Mtb aspartate decarboxylase in active form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6oz8

タイトル

Crystal structure of Mtb aspartate decarboxylase in active form

要素

Aspartate 1 decarboxylase alpha chain
Aspartate 1 decarboxylase beta chain

キーワード

LYASE / Structural Genomics / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC

機能・相同性

機能・相同性情報

alanine biosynthetic process / aspartate 1-decarboxylase / aspartate 1-decarboxylase activity / pantothenate biosynthetic process / peptidoglycan-based cell wall / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Sun, Q. / Li, X. / Sacchettini, J.C. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: The molecular basis of pyrazinamide activity on Mycobacterium tuberculosis PanD.
著者: Sun, Q. / Li, X. / Perez, L.M. / Shi, W. / Zhang, Y. / Sacchettini, J.C.

履歴

登録	2019年5月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年2月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_conn Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id
改定 2.1	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6oz8.cif.gz	145 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6oz8.ent.gz	113.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6oz8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6oz8_validation.pdf.gz	513.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6oz8_full_validation.pdf.gz	519 KB	表示
XML形式データ	6oz8_validation.xml.gz	22.8 KB	表示
CIF形式データ	6oz8_validation.cif.gz	33.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/6oz8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/6oz8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6oyyC 6p02C 6p1yC 2c45S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6p02-2 6p02-3 2c45-2 1aw8-1 6oyy-1 6p02-1 6oyy-2 1ppy-1 2c45-1 1pqf-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (1) #167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Aspartate 1 decarboxylase beta chain

B: Aspartate 1 decarboxylase alpha chain

C: Aspartate 1 decarboxylase beta chain

D: Aspartate 1 decarboxylase alpha chain

I: Aspartate 1 decarboxylase beta chain

J: Aspartate 1 decarboxylase alpha chain

E: Aspartate 1 decarboxylase beta chain

F: Aspartate 1 decarboxylase alpha chain

K: Aspartate 1 decarboxylase beta chain

L: Aspartate 1 decarboxylase alpha chain

G: Aspartate 1 decarboxylase beta chain

H: Aspartate 1 decarboxylase alpha chain

95.8 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Aspartate 1 decarboxylase beta chain

B: Aspartate 1 decarboxylase alpha chain

C: Aspartate 1 decarboxylase beta chain

D: Aspartate 1 decarboxylase alpha chain

A: Aspartate 1 decarboxylase beta chain

B: Aspartate 1 decarboxylase alpha chain

C: Aspartate 1 decarboxylase beta chain

D: Aspartate 1 decarboxylase alpha chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
63.9 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Aspartate 1 decarboxylase beta chain

F: Aspartate 1 decarboxylase alpha chain

G: Aspartate 1 decarboxylase beta chain

H: Aspartate 1 decarboxylase alpha chain

I: Aspartate 1 decarboxylase beta chain

J: Aspartate 1 decarboxylase alpha chain

K: Aspartate 1 decarboxylase beta chain

L: Aspartate 1 decarboxylase alpha chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
63.9 kDa, 8 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	163.040, 163.040, 63.570
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	GLY	GLY	A	A	1 - 24	1 - 24
2	1	MET	MET	GLY	GLY	C	C	1 - 24	1 - 24
1	2	MET	MET	GLY	GLY	A	A	1 - 24	1 - 24
2	2	MET	MET	GLY	GLY	I	E	1 - 24	1 - 24
1	3	MET	MET	GLY	GLY	A	A	1 - 24	1 - 24
2	3	MET	MET	GLY	GLY	E	G	1 - 24	1 - 24
1	4	MET	MET	GLY	GLY	A	A	1 - 24	1 - 24
2	4	MET	MET	GLY	GLY	K	I	1 - 24	1 - 24
1	5	MET	MET	GLY	GLY	A	A	1 - 24	1 - 24
2	5	MET	MET	GLY	GLY	G	K	1 - 24	1 - 24
1	6	VAL	VAL	PRO	PRO	B	B	26 - 114	2 - 90
2	6	VAL	VAL	PRO	PRO	D	D	26 - 114	2 - 90
1	7	VAL	VAL	ILE	ILE	B	B	26 - 115	2 - 91
2	7	VAL	VAL	ILE	ILE	J	F	26 - 115	2 - 91
1	8	VAL	VAL	ILE	ILE	B	B	26 - 115	2 - 91
2	8	VAL	VAL	ILE	ILE	F	H	26 - 115	2 - 91
1	9	VAL	VAL	PRO	PRO	B	B	26 - 114	2 - 90
2	9	VAL	VAL	PRO	PRO	L	J	26 - 114	2 - 90
1	10	VAL	VAL	ILE	ILE	B	B	26 - 115	2 - 91
2	10	VAL	VAL	ILE	ILE	H	L	26 - 115	2 - 91
1	11	MET	MET	GLY	GLY	C	C	1 - 24	1 - 24
2	11	MET	MET	GLY	GLY	I	E	1 - 24	1 - 24
1	12	MET	MET	GLY	GLY	C	C	1 - 24	1 - 24
2	12	MET	MET	GLY	GLY	E	G	1 - 24	1 - 24
1	13	MET	MET	GLY	GLY	C	C	1 - 24	1 - 24
2	13	MET	MET	GLY	GLY	K	I	1 - 24	1 - 24
1	14	MET	MET	GLY	GLY	C	C	1 - 24	1 - 24
2	14	MET	MET	GLY	GLY	G	K	1 - 24	1 - 24
1	15	VAL	VAL	PRO	PRO	D	D	26 - 114	2 - 90
2	15	VAL	VAL	PRO	PRO	J	F	26 - 114	2 - 90
1	16	VAL	VAL	PRO	PRO	D	D	26 - 114	2 - 90
2	16	VAL	VAL	PRO	PRO	F	H	26 - 114	2 - 90
1	17	VAL	VAL	ASP	ASP	D	D	26 - 116	2 - 92
2	17	VAL	VAL	ASP	ASP	L	J	26 - 116	2 - 92
1	18	VAL	VAL	PRO	PRO	D	D	26 - 114	2 - 90
2	18	VAL	VAL	PRO	PRO	H	L	26 - 114	2 - 90
1	19	MET	MET	GLY	GLY	I	E	1 - 24	1 - 24
2	19	MET	MET	GLY	GLY	E	G	1 - 24	1 - 24
1	20	MET	MET	GLY	GLY	I	E	1 - 24	1 - 24
2	20	MET	MET	GLY	GLY	K	I	1 - 24	1 - 24
1	21	MET	MET	GLY	GLY	I	E	1 - 24	1 - 24
2	21	MET	MET	GLY	GLY	G	K	1 - 24	1 - 24
1	22	VAL	VAL	ILE	ILE	J	F	26 - 115	2 - 91
2	22	VAL	VAL	ILE	ILE	F	H	26 - 115	2 - 91
1	23	VAL	VAL	PRO	PRO	J	F	26 - 114	2 - 90
2	23	VAL	VAL	PRO	PRO	L	J	26 - 114	2 - 90
1	24	VAL	VAL	ILE	ILE	J	F	26 - 115	2 - 91
2	24	VAL	VAL	ILE	ILE	H	L	26 - 115	2 - 91
1	25	MET	MET	GLY	GLY	E	G	1 - 24	1 - 24
2	25	MET	MET	GLY	GLY	K	I	1 - 24	1 - 24
1	26	MET	MET	GLY	GLY	E	G	1 - 24	1 - 24
2	26	MET	MET	GLY	GLY	G	K	1 - 24	1 - 24
1	27	VAL	VAL	PRO	PRO	F	H	26 - 114	2 - 90
2	27	VAL	VAL	PRO	PRO	L	J	26 - 114	2 - 90
1	28	VAL	VAL	ILE	ILE	F	H	26 - 115	2 - 91
2	28	VAL	VAL	ILE	ILE	H	L	26 - 115	2 - 91
1	29	MET	MET	GLY	GLY	K	I	1 - 24	1 - 24
2	29	MET	MET	GLY	GLY	G	K	1 - 24	1 - 24
1	30	VAL	VAL	PRO	PRO	L	J	26 - 114	2 - 90
2	30	VAL	VAL	PRO	PRO	H	L	26 - 114	2 - 90

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質・ペプチド	Aspartate 1 decarboxylase beta chain 分子量: 2751.341 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: panD, Rv3601c, MTCY07H7B.21 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WIL3
#2: タンパク質	Aspartate 1 decarboxylase alpha chain 分子量: 13221.777 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: panD, Rv3601c, MTCY07H7B.21 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WIL3, aspartate 1-decarboxylase
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.19 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: MES, HEPES, PEG 3350, Ammonium Chloride / PH範囲: 6.5-7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 130 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→21.92 Å / Num. obs: 24034 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 10.4 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15.7
反射シェル	解像度: 2.7→2.797 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.08 / Num. unique obs: 2329 / CC_1/2: 0.774

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0232	精密化
PROTEUM PLUS		データ削減
PROTEUM PLUS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2C45

2c45

解像度: 2.7→21.92 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 13.332 / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.923 / ESU R Free: 0.333 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25324	1165	4.8 %	RANDOM
R_work	0.20109	-	-	-
obs	0.20356	22869	99.57 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 63.752 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.21 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.21 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.7→21.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5224	0	0	23	5247

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	5290
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	5120
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.413	1.643	7174
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.351	1.589	11738
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.845	5	674
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.836	21.231	260
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.697	15	866
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.763	15	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	752
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	5968
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1076
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.996	6.587	2732
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.997	6.586	2731
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.431	9.852	3394
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.43	9.854	3395
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.485	7.238	2558
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.484	7.239	2559
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.336	10.661	3781
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	10.613		10122
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	10.613		10123
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.407	82	-
R_work	0.319	1650	-
obs	-	-	98.41 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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