PDB-6oyy: Crystal structure of Mtb aspartate decarboxylase, pyrazinoic acid...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6oyy

タイトル

Crystal structure of Mtb aspartate decarboxylase, pyrazinoic acid complex

要素

Aspartate 1-decarboxylase alpha chain
Aspartate 1-decarboxylase beta chain

キーワード

LYASE (リアーゼ) / active /

pyrazinoic acid (ピラジン酸) /

complex /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC

機能・相同性

機能・相同性情報

alanine biosynthetic process /

アスパラギン酸-1-デカルボキシラーゼ /

aspartate 1-decarboxylase activity / pantothenate biosynthetic process / peptidoglycan-based cell wall /

細胞質基質
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Sun, Q. / Li, X. / Sacchettini, J.C. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: The molecular basis of pyrazinamide activity on Mycobacterium tuberculosis PanD.
著者: Sun, Q. / Li, X. / Perez, L.M. / Shi, W. / Zhang, Y. / Sacchettini, J.C.

履歴

登録	2019年5月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年2月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_conn Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6oyy.cif.gz	147.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6oyy.ent.gz	114.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6oyy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oy/6oyy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oy/6oyy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6oz8C 6p02C 6p1yC 2c45S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6p02-1 6p02-3 6oz8-2 2c45-1 6p02-2 2c45-2 6oz8-1 1pqh-1 1pt1-1 3zu3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (1) #167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Aspartate 1-decarboxylase beta chain

B: Aspartate 1-decarboxylase alpha chain

C: Aspartate 1-decarboxylase beta chain

D: Aspartate 1-decarboxylase alpha chain

I: Aspartate 1-decarboxylase beta chain

J: Aspartate 1-decarboxylase alpha chain

E: Aspartate 1-decarboxylase beta chain

F: Aspartate 1-decarboxylase alpha chain

K: Aspartate 1-decarboxylase beta chain

L: Aspartate 1-decarboxylase alpha chain

G: Aspartate 1-decarboxylase beta chain

H: Aspartate 1-decarboxylase alpha chain

ヘテロ分子

96.6 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Aspartate 1-decarboxylase beta chain

B: Aspartate 1-decarboxylase alpha chain

C: Aspartate 1-decarboxylase beta chain

D: Aspartate 1-decarboxylase alpha chain

ヘテロ分子

A: Aspartate 1-decarboxylase beta chain

B: Aspartate 1-decarboxylase alpha chain

C: Aspartate 1-decarboxylase beta chain

D: Aspartate 1-decarboxylase alpha chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
64.4 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Aspartate 1-decarboxylase beta chain

F: Aspartate 1-decarboxylase alpha chain

G: Aspartate 1-decarboxylase beta chain

H: Aspartate 1-decarboxylase alpha chain

ヘテロ分子

I: Aspartate 1-decarboxylase beta chain

J: Aspartate 1-decarboxylase alpha chain

K: Aspartate 1-decarboxylase beta chain

L: Aspartate 1-decarboxylase alpha chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
64.4 kDa, 8 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	162.282, 162.282, 62.826
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Refine code: 0

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	GLY	GLY	A	A	1 - 24	1 - 24
2	1	MET	MET	GLY	GLY	C	C	1 - 24	1 - 24
1	2	MET	MET	GLY	GLY	A	A	1 - 24	1 - 24
2	2	MET	MET	GLY	GLY	I	E	1 - 24	1 - 24
1	3	MET	MET	GLY	GLY	A	A	1 - 24	1 - 24
2	3	MET	MET	GLY	GLY	E	G	1 - 24	1 - 24
1	4	MET	MET	GLY	GLY	A	A	1 - 24	1 - 24
2	4	MET	MET	GLY	GLY	K	I	1 - 24	1 - 24
1	5	MET	MET	GLY	GLY	A	A	1 - 24	1 - 24
2	5	MET	MET	GLY	GLY	G	K	1 - 24	1 - 24
1	6	VAL	VAL	ILE	ILE	B	B	26 - 115	2 - 91
2	6	VAL	VAL	ILE	ILE	D	D	26 - 115	2 - 91
1	7	VAL	VAL	ILE	ILE	B	B	26 - 115	2 - 91
2	7	VAL	VAL	ILE	ILE	J	F	26 - 115	2 - 91
1	8	VAL	VAL	ILE	ILE	B	B	26 - 115	2 - 91
2	8	VAL	VAL	ILE	ILE	F	H	26 - 115	2 - 91
1	9	VAL	VAL	ILE	ILE	B	B	26 - 115	2 - 91
2	9	VAL	VAL	ILE	ILE	L	J	26 - 115	2 - 91
1	10	VAL	VAL	ILE	ILE	B	B	26 - 115	2 - 91
2	10	VAL	VAL	ILE	ILE	H	L	26 - 115	2 - 91
1	11	MET	MET	GLY	GLY	C	C	1 - 24	1 - 24
2	11	MET	MET	GLY	GLY	I	E	1 - 24	1 - 24
1	12	MET	MET	GLY	GLY	C	C	1 - 24	1 - 24
2	12	MET	MET	GLY	GLY	E	G	1 - 24	1 - 24
1	13	MET	MET	GLY	GLY	C	C	1 - 24	1 - 24
2	13	MET	MET	GLY	GLY	K	I	1 - 24	1 - 24
1	14	MET	MET	GLY	GLY	C	C	1 - 24	1 - 24
2	14	MET	MET	GLY	GLY	G	K	1 - 24	1 - 24
1	15	VAL	VAL	ILE	ILE	D	D	26 - 115	2 - 91
2	15	VAL	VAL	ILE	ILE	J	F	26 - 115	2 - 91
1	16	VAL	VAL	ILE	ILE	D	D	26 - 115	2 - 91
2	16	VAL	VAL	ILE	ILE	F	H	26 - 115	2 - 91
1	17	VAL	VAL	ILE	ILE	D	D	26 - 115	2 - 91
2	17	VAL	VAL	ILE	ILE	L	J	26 - 115	2 - 91
1	18	VAL	VAL	ILE	ILE	D	D	26 - 115	2 - 91
2	18	VAL	VAL	ILE	ILE	H	L	26 - 115	2 - 91
1	19	MET	MET	GLY	GLY	I	E	1 - 24	1 - 24
2	19	MET	MET	GLY	GLY	E	G	1 - 24	1 - 24
1	20	MET	MET	GLY	GLY	I	E	1 - 24	1 - 24
2	20	MET	MET	GLY	GLY	K	I	1 - 24	1 - 24
1	21	MET	MET	GLY	GLY	I	E	1 - 24	1 - 24
2	21	MET	MET	GLY	GLY	G	K	1 - 24	1 - 24
1	22	VAL	VAL	ILE	ILE	J	F	26 - 115	2 - 91
2	22	VAL	VAL	ILE	ILE	F	H	26 - 115	2 - 91
1	23	VAL	VAL	ILE	ILE	J	F	26 - 115	2 - 91
2	23	VAL	VAL	ILE	ILE	L	J	26 - 115	2 - 91
1	24	VAL	VAL	ILE	ILE	J	F	26 - 115	2 - 91
2	24	VAL	VAL	ILE	ILE	H	L	26 - 115	2 - 91
1	25	MET	MET	GLY	GLY	E	G	1 - 24	1 - 24
2	25	MET	MET	GLY	GLY	K	I	1 - 24	1 - 24
1	26	MET	MET	GLY	GLY	E	G	1 - 24	1 - 24
2	26	MET	MET	GLY	GLY	G	K	1 - 24	1 - 24
1	27	VAL	VAL	ILE	ILE	F	H	26 - 115	2 - 91
2	27	VAL	VAL	ILE	ILE	L	J	26 - 115	2 - 91
1	28	VAL	VAL	ILE	ILE	F	H	26 - 115	2 - 91
2	28	VAL	VAL	ILE	ILE	H	L	26 - 115	2 - 91
1	29	MET	MET	GLY	GLY	K	I	1 - 24	1 - 24
2	29	MET	MET	GLY	GLY	G	K	1 - 24	1 - 24
1	30	VAL	VAL	ILE	ILE	L	J	26 - 115	2 - 91
2	30	VAL	VAL	ILE	ILE	H	L	26 - 115	2 - 91

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質・ペプチド	Aspartate 1-decarboxylase beta chain 分子量: 2751.341 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: panD, Rv3601c, MTCY07H7B.21 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WIL3
#2: タンパク質	Aspartate 1-decarboxylase alpha chain 分子量: 13221.777 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: panD, Rv3601c, MTCY07H7B.21 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P9WIL3, アスパラギン酸-1-デカルボキシラーゼ
#3: 化合物	ChemComp-VGL / PYRAZINE-2-CARBOXYLIC ACID / PYRAZINOIC ACID / 2-ピラジンカルボン酸 / ピラジン酸分子量: 124.097 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₄N₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.06 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: MES, HEPES, PEG 3350, Ammonium Chloride / PH範囲: 6.5-7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 130 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→21.92 Å / Num. obs: 23578 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 15.7 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 16.48
反射シェル	解像度: 2.7→2.796 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.31 / Num. unique obs: 2307 / CC_1/2: 0.774 / % possible all: 99.87

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
PROTEUM PLUS		データ削減
PROTEUM PLUS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2C45

2c45

解像度: 2.7→21.76 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / SU B: 12.351 / SU ML: 0.246 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.125 / ESU R Free: 0.329 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24666	1140	4.8 %	RANDOM
R_work	0.19934	-	-	-
obs	0.20159	22440	99.71 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.54 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.71 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.71 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.7→21.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5262	0	0	9	5271

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	5357
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	5161
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.437	1.657	7261
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.351	1.593	11825
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.953	5	678
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	26.979	20.989	263
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.601	15	871
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.916	15	44
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	753
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	6053
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1109
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.395	5.782	2730
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.393	5.781	2729
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.456	8.651	3393
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.455	8.652	3394
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.006	6.415	2626
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.006	6.416	2627
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.469	9.434	3865
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	9.155		10197
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	9.155		10196
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.359	80	-
R_work	0.332	1627	-
obs	-	-	99.82 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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