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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6oxi | |||||||||
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タイトル | Dimeric E.coli YoeB bound to Thermus thermophilus 70S post-cleavage (UAA) | |||||||||
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![]() | RIBOSOME / PROTEIN BIOSYNTHESIS / RIBOSOMES / RNA / mRNA / tRNA / TRANSFER RNA / 30S / 50S / 70S / 16S / 23S / RIBOSOMAL SUBUNIT / BACTERIAL PROTEINS / TRANSLATION / BACTERIAL TRANSLATION / CODON / DECODING / FRAMESHIFT / FRAMESHIFT SUPPRESSOR | |||||||||
機能・相同性 | ![]() global gene silencing by mRNA cleavage / RNA catabolic process / large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal large subunit assembly ...global gene silencing by mRNA cleavage / RNA catabolic process / large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / endonuclease activity / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Pavelich, I.J. / Hoffer, E.D. / Maehigashi, T. / Dunham, C.M. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Monomeric YoeB toxin retains RNase activity but adopts an obligate dimeric form for thermal stability. 著者: Pavelich, I.J. / Maehigashi, T. / Hoffer, E.D. / Ruangprasert, A. / Miles, S.J. / Dunham, C.M. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 14.5 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 360.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 607.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-RNA鎖 , 6種, 12分子 QAXAQVXVQXXXRAYARBYBZAZB
#1: RNA鎖 | 分子量: 493652.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() Variant: HB8 / 参照: GenBank: 55771382 #22: RNA鎖 | 分子量: 24802.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Escherichia coli / 由来: (合成) ![]() ![]() #23: RNA鎖 | 分子量: 6597.972 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Escherichia coli / 由来: (合成) ![]() ![]() #35: RNA鎖 | 分子量: 947895.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() Variant: HB8 / 参照: GenBank: 55771382 #36: RNA鎖 | 分子量: 40152.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() Variant: HB8 / 参照: GenBank: 55771382 #56: RNA鎖 | 分子量: 1098.880 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
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-30S ribosomal protein ... , 20種, 40分子 QBXBQCXCQDXDQEXEQFXFQGXGQHXHQIXIQJXJQKXKQLXLQMXMQNXNQOXOQPXP...
#2: タンパク質 | 分子量: 29317.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() Variant: HB8 / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80371 #3: タンパク質 | 分子量: 26751.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() Variant: HB8 / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80372 #4: タンパク質 | 分子量: 24373.447 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() Variant: HB8 / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80373 #5: タンパク質 | 分子量: 17583.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() Variant: HB8 / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHQ5 #6: タンパク質 | 分子量: 11988.753 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() Variant: HB8 / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SLP8 #7: タンパク質 | 分子量: 18050.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() Variant: HB8 / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P17291 #8: タンパク質 | 分子量: 15868.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() Variant: HB8 / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P0DOY9 #9: タンパク質 | 分子量: 14410.614 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() Variant: HB8 / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80374 #10: タンパク質 | 分子量: 11954.968 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() Variant: HB8 / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHN7 #11: タンパク質 | 分子量: 13737.868 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() Variant: HB8 / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80376 #12: タンパク質 | 分子量: 14637.384 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() Variant: HB8 / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHN3 #13: タンパク質 | 分子量: 14338.861 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() Variant: HB8 / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80377 #14: タンパク質 | 分子量: 7158.725 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() Variant: HB8 / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P0DOY6 #15: タンパク質 | 分子量: 10578.407 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() Variant: HB8 / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SJ76 #16: タンパク質 | 分子量: 10409.983 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() Variant: HB8 / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SJH3 #17: タンパク質 | 分子量: 12325.655 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() Variant: HB8 / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P0DOY7 #18: タンパク質 | 分子量: 10258.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() Variant: HB8 / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SLQ0 #19: タンパク質 | 分子量: 10605.464 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() Variant: HB8 / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHP2 #20: タンパク質 | 分子量: 11736.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() Variant: HB8 / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80380 #21: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3350.030 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() Variant: HB8 / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SIH3 |
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-タンパク質 , 1種, 4分子 QYQZXYXZ
#24: タンパク質 | 分子量: 10233.658 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: J7QFC0, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
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+50S ribosomal protein ... , 29種, 58分子 R0Y0R1Y1R2Y2R3Y3R4Y4R5Y5R6Y6R7Y7R8Y8R9Y9RDYDREYERFYFRGYGRHYH...
-非ポリマー , 3種, 900分子 




#57: 化合物 | ChemComp-MG / #58: 化合物 | #59: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.15 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M Tris-HAc, 0.2 M KSCN PEG 5.2%, 5.2% PEG550MME |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月20日 / 詳細: S/N 60-0112-F | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Kohzu HLD8-24 monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.5→146.724 Å / Num. obs: 729135 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.245 % / Biso Wilson estimate: 72.38 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.213 / Rrim(I) all: 0.255 / Χ2: 0.921 / Net I/σ(I): 5.98 / Num. measured all: 2365932 / Scaling rejects: 266 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4V5C 解像度: 3.495→146.724 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.24 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 487.74 Å2 / Biso mean: 101.81 Å2 / Biso min: 1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.495→146.724 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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