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- PDB-6oxb: First bromo-adjacent homology (BAH) domain of human Polybromo-1 (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6oxb
タイトルFirst bromo-adjacent homology (BAH) domain of human Polybromo-1 (PBRM1)
要素Protein polybromo-1
キーワードDNA BINDING PROTEIN / SWI/SNF chromatin remodeler / PBAF / bromodomain / BAH / acidic patch / nucleosome / DNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of G0 to G1 transition / regulation of nucleotide-excision repair / RSC-type complex / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / SWI/SNF complex / positive regulation of double-strand break repair / positive regulation of T cell differentiation / nuclear chromosome / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle ...regulation of G0 to G1 transition / regulation of nucleotide-excision repair / RSC-type complex / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / SWI/SNF complex / positive regulation of double-strand break repair / positive regulation of T cell differentiation / nuclear chromosome / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of myoblast differentiation / transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of cell differentiation / kinetochore / RMTs methylate histone arginines / nuclear matrix / mitotic cell cycle / chromatin remodeling / negative regulation of cell population proliferation / chromatin binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Bromo adjacent homology (BAH) domain / Protein polybromo-1, Bromodomain 5 / Remodelling complex subunit Rsc/polybromo / Bromo adjacent homology domain / BAH domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily / Bromo adjacent homology (BAH) domain / BAH domain profile. / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. ...Bromo adjacent homology (BAH) domain / Protein polybromo-1, Bromodomain 5 / Remodelling complex subunit Rsc/polybromo / Bromo adjacent homology domain / BAH domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily / Bromo adjacent homology (BAH) domain / BAH domain profile. / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily / SH3 type barrels. / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein polybromo-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Petojevic, T. / Holliday, M.J. / Fairbrother, W.J. / Cochran, A.G.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Polyvalent nucleosome recognition by Polybromo-1 anchors chromatin remodeling
著者: Petojevic, T. / Holliday, M.J. / Dimitrova, Y.N. / Noland, C.L. / Fairbrother, W.J. / Cochran, A.G.
履歴
登録2019年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: Protein polybromo-1
A: Protein polybromo-1
C: Protein polybromo-1
D: Protein polybromo-1
E: Protein polybromo-1
F: Protein polybromo-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,24138
ポリマ－122,2886
非ポリマー2,95332
水12,827712
1
B: Protein polybromo-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8626
ポリマ－20,3811
非ポリマー4805
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Protein polybromo-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9938
ポリマ－20,3811
非ポリマー6127
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Protein polybromo-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8626
ポリマ－20,3811
非ポリマー4805
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Protein polybromo-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7665
ポリマ－20,3811
非ポリマー3844
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Protein polybromo-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8626
ポリマ－20,3811
非ポリマー4805
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Protein polybromo-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8977
ポリマ－20,3811
非ポリマー5166
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.304, 52.255, 120.100
Angle α, β, γ (deg.)89.110, 88.240, 60.120
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 945 through 953 or resid 955...
21(chain B and (resid 945 through 953 or resid 955...
31(chain C and (resid 945 through 953 or resid 955...
41(chain D and (resid 945 through 953 or resid 955...
51(chain E and (resid 945 through 953 or resid 955...
61(chain F and (resid 945 through 953 or resid 955...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ARGARGPHEPHE(chain A and (resid 945 through 953 or resid 955...AB945 - 95314 - 22
12ASNASNALAALA(chain A and (resid 945 through 953 or resid 955...AB955 - 96924 - 38
13ALAALAALAALA(chain A and (resid 945 through 953 or resid 955...AB97140
14LEULEUCYSCYS(chain A and (resid 945 through 953 or resid 955...AB973 - 99642 - 65
15PHEPHEILEILE(chain A and (resid 945 through 953 or resid 955...AB998 - 107367 - 142
16LEULEUVALVAL(chain A and (resid 945 through 953 or resid 955...AB1075 - 1083144 - 152
17PHEPHESERSER(chain A and (resid 945 through 953 or resid 955...AB1085 - 1099154 - 168
21ARGARGPHEPHE(chain B and (resid 945 through 953 or resid 955...BA945 - 95314 - 22
22ASNASNALAALA(chain B and (resid 945 through 953 or resid 955...BA955 - 96924 - 38
23ALAALAALAALA(chain B and (resid 945 through 953 or resid 955...BA97140
24LEULEUCYSCYS(chain B and (resid 945 through 953 or resid 955...BA973 - 99642 - 65
25PHEPHEILEILE(chain B and (resid 945 through 953 or resid 955...BA998 - 107367 - 142
26LEULEUVALVAL(chain B and (resid 945 through 953 or resid 955...BA1075 - 1083144 - 152
27PHEPHESERSER(chain B and (resid 945 through 953 or resid 955...BA1085 - 1099154 - 168
31ARGARGPHEPHE(chain C and (resid 945 through 953 or resid 955...CC945 - 95314 - 22
32ASNASNALAALA(chain C and (resid 945 through 953 or resid 955...CC955 - 96924 - 38
33LEULEUPHEPHE(chain C and (resid 945 through 953 or resid 955...CC943 - 110112 - 170
34PHEPHEPHEPHE(chain C and (resid 945 through 953 or resid 955...CC99867
35PHEPHEILEILE(chain C and (resid 945 through 953 or resid 955...CC998 - 107367 - 142
36LEULEUVALVAL(chain C and (resid 945 through 953 or resid 955...CC1075 - 1083144 - 152
37PHEPHESERSER(chain C and (resid 945 through 953 or resid 955...CC1085 - 1099154 - 168
41ARGARGPHEPHE(chain D and (resid 945 through 953 or resid 955...DD945 - 95314 - 22
42ASNASNALAALA(chain D and (resid 945 through 953 or resid 955...DD955 - 96924 - 38
43ALAALAALAALA(chain D and (resid 945 through 953 or resid 955...DD97140
44LEULEUCYSCYS(chain D and (resid 945 through 953 or resid 955...DD973 - 99642 - 65
45PHEPHEILEILE(chain D and (resid 945 through 953 or resid 955...DD998 - 107367 - 142
46LEULEUVALVAL(chain D and (resid 945 through 953 or resid 955...DD1075 - 1083144 - 152
47PHEPHESERSER(chain D and (resid 945 through 953 or resid 955...DD1085 - 1099154 - 168
51ARGARGPHEPHE(chain E and (resid 945 through 953 or resid 955...EE945 - 95314 - 22
52ASNASNALAALA(chain E and (resid 945 through 953 or resid 955...EE955 - 96924 - 38
53ALAALAALAALA(chain E and (resid 945 through 953 or resid 955...EE97140
54LEULEUCYSCYS(chain E and (resid 945 through 953 or resid 955...EE973 - 99642 - 65
55PHEPHEILEILE(chain E and (resid 945 through 953 or resid 955...EE998 - 107367 - 142
56LEULEUVALVAL(chain E and (resid 945 through 953 or resid 955...EE1075 - 1083144 - 152
57PHEPHESERSER(chain E and (resid 945 through 953 or resid 955...EE1085 - 1099154 - 168
61ARGARGPHEPHE(chain F and (resid 945 through 953 or resid 955...FF945 - 95314 - 22
62ASNASNALAALA(chain F and (resid 945 through 953 or resid 955...FF955 - 96924 - 38
63ALAALAALAALA(chain F and (resid 945 through 953 or resid 955...FF97140
64LEULEUCYSCYS(chain F and (resid 945 through 953 or resid 955...FF973 - 99642 - 65
65PHEPHEILEILE(chain F and (resid 945 through 953 or resid 955...FF998 - 107367 - 142
66LEULEUVALVAL(chain F and (resid 945 through 953 or resid 955...FF1075 - 1083144 - 152
67PHEPHESERSER(chain F and (resid 945 through 953 or resid 955...FF1085 - 1099154 - 168

-
要素

#1: タンパク質
Protein polybromo-1 / hPB1 / BRG1-associated factor 180 / BAF180 / Polybromo-1D


分子量: 20381.354 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PBRM1, BAF180, PB1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q86U86
#2: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 712 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.13 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M Tris HCl pH 8.0 18% sucrose 1.9 M Ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.97358 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97358 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→30.402 Å / Num. obs: 83560 / % possible obs: 90.3 % / 冗長度: 1.67 % / Biso Wilson estimate: 25.76 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.066 / Χ2: 0.912 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 1.86→1.91 Å / 冗長度: 1.49 % / Rmerge(I) obs: 0.269 / Mean I/σ(I) obs: 1.82 / Num. unique obs: 3552 / CC1/2: 0.775 / Rpim(I) all: 0.267 / Rrim(I) all: 0.377 / Χ2: 0.58 / % possible all: 50.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.12-2829_final精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1W4S

1w4s


解像度: 1.86→30.402 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.03 / 位相誤差: 21.98
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2174 1860 2.23 %
Rwork0.1786 --
obs0.1795 83560 90.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 155.75 Å2 / Biso mean: 36.0532 Å2 / Biso min: 12.98 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.86→30.402 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7926 0 152 712 8790
Biso mean--79.07 38.55 -
残基数----947
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0078293
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.95411242
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1611154
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061380
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.7233021
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4377X-RAY DIFFRACTION10.42TORSIONAL
12B4377X-RAY DIFFRACTION10.42TORSIONAL
13C4377X-RAY DIFFRACTION10.42TORSIONAL
14D4377X-RAY DIFFRACTION10.42TORSIONAL
15E4377X-RAY DIFFRACTION10.42TORSIONAL
16F4377X-RAY DIFFRACTION10.42TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.86-1.91030.3157910.27473461355251
1.9103-1.96650.35461140.23114651476566
1.9665-2.030.23791310.20916351648291
2.03-2.10250.24231490.19636691684096
2.1025-2.18670.22961430.1856642678596
2.1867-2.28610.22941540.18396651680596
2.2861-2.40660.21961480.18346651679996
2.4066-2.55730.24031530.18696732688597
2.5573-2.75470.23651580.19766798695697
2.7547-3.03170.21941480.18746672682097
3.0317-3.46980.20291760.17256788696497
3.4698-4.36950.18641590.14896820697998
4.3695-30.40610.2061360.17336806694298
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.7444-0.9576-0.03033.95521.39735.64550.05760.321-0.0112-0.5370.0158-0.67170.2020.2196-0.06830.2683-0.02810.09840.20070.00040.2136-25.3681-52.882320.0391
29.8102-3.7451.40462.305-0.71090.23880.08891.65882.3575-1.7042-0.14890.0543-2.00310.05350.14861.249-0.0330.11730.3890.15280.732-30.1545-32.561318.4993
33.4572-1.7734-1.41935.98823.60046.26270.06810.34280.0546-0.2992-0.1059-0.08910.2374-0.1343-0.00330.2425-0.0140.04090.17160.00390.2269-30.2975-51.69817.0106
42.8507-3.093-2.35364.78943.67094.23480.13690.19230.1555-0.4267-0.1391-0.0476-0.219-0.0058-0.00430.2081-0.01370.02290.1981-0.01670.198-35.0689-43.221222.8623
55.3749-3.0901-1.90734.9140.59792.4557-0.0031-0.05880.3222-0.04310.0172-0.1073-0.0942-0.14760.02060.1597-0.00720.01620.1655-0.01790.1487-41.4891-35.650133.1389
64.572-1.1851-0.89643.71682.22714.3105-0.0694-0.10720.0853-0.0620.132-0.2488-0.10150.1836-0.04760.15630.00060.01320.05870.0410.1707-30.99-45.695327.8661
76.629-1.8569-2.60746.96580.30356.7143-0.4434-1.07720.19050.70920.2915-0.91560.2520.41480.11630.32030.0917-0.14130.3222-0.07070.361-23.8788-45.131540.1272
85.6003-0.7561-1.21174.095-0.3892.52290.03060.12820.05660.11640.10250.1-0.0492-0.2235-0.12850.2069-0.00680.00470.1901-0.03450.0775-40.8942-40.269532.6652
99.3919-1.9767-1.89115.88131.81962.7912-0.2123-0.3005-0.72370.66190.02310.07140.3806-0.11080.21640.29570.01350.02660.24730.07770.2275-34.6739-52.853535.2671
107.7223-5.6371-1.37224.34031.88972.2546-0.298-0.76640.44861.07410.3471-0.45860.15290.441-0.09460.34440.0102-0.08450.3555-0.02610.3914-30.486-38.623744.6831
114.35561.1557-2.13211.8865-0.25973.7585-0.042-0.43730.52750.3287-0.040.27450.0128-0.19030.0790.2896-0.00960.05220.2262-0.09060.274-31.5019-19.250244.1961
123.2893-3.78381.03395.53-3.8986.56860-0.92431.23411.008-0.0465-2.3005-1.76042.13660.24740.4975-0.2787-0.03350.9024-0.2890.8159-11.9726-13.354545.2747
135.6909-0.2203-4.38582.0217-0.42957.3487-0.2728-0.63760.0440.44360.02030.01070.2606-0.0060.25420.2812-0.02290.02880.2785-0.07250.1938-27.9925-22.868247.0466
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165.3224-0.8903-3.12753.3239-0.34445.32420.18850.10190.25190.0132-0.0875-0.0004-0.2879-0.163-0.01990.1005-0.0268-0.03310.1263-0.03240.1736-22.454-20.43536.2104
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187.6639-1.7075-2.01666.99310.97783.5504-0.22870.8981-0.3173-0.1879-0.10220.64410.101-0.27830.26490.2403-0.0411-0.07060.2916-0.05880.2-26.838-27.062128.7528
192.8061-0.4631-2.00934.3531-0.55331.56290.25510.86740.7818-0.43780.1628-0.0353-0.3253-0.4672-0.33360.32290.06780.01080.40810.06410.2751-16.3456-16.510819.569
204.18510.43390.25261.62041.04274.7699-0.2017-0.536-0.09730.67870.0991-0.2936-0.20730.11210.08360.41830.0815-0.10430.23220.05090.2376-26.4576-49.425585.5605
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223.98680.13960.19373.24662.69322.3551-0.0509-0.0341-0.040.20210.0862-0.1377-0.22290.0287-0.04220.23360.0117-0.00390.08650.07750.1901-29.0244-53.247876.3135
236.076-0.15410.08533.2218-0.5582.9721-0.08040.26160.2198-0.15870.0713-0.2429-0.13270.0155-0.00920.2007-0.004-0.01430.0946-0.02110.112-33.2081-56.906368.9364
244.9575-0.11440.80385.61911.64344.8870.0556-0.05510.6931-0.2722-0.1268-0.1339-0.52880.05450.11960.3098-0.00480.00230.18020.09120.1968-32.2432-46.07468.9729
256.09772.2672.39155.90482.43122.05490.05420.5846-0.5886-0.59360.1523-0.345-0.11070.2343-0.10610.26520.01990.01620.2639-0.00040.2339-28.9036-61.949360.6589
265.7092-0.5528-1.16652.8908-0.03145.4493-0.00120.33970.2476-0.38890.05320.3631-0.045-0.47-0.02520.2319-0.0043-0.0950.22350.06360.2624-29.9758-17.4397-20.4568
271.65420.5844-0.37722.8419-1.48171.7261-0.0155-0.05620.13920.04960.01040.1245-0.05770.08460.0020.1513-0.0109-0.02580.1522-0.00410.1274-29.9607-26.2698-8.9101
282.38180.18641.90434.8993-1.1816.1021-0.0883-0.7723-0.26910.29580.00870.61120.1353-0.14010.02930.19060.00990.10760.34870.09990.2789-4.1185-32.44464.1471
292.4045-0.4680.04512.9331-1.23172.0163-0.0544-0.1207-0.1633-0.09010.02880.17030.08290.15770.02170.1471-0.00810.02960.1665-0.0090.153-3.924-23.479-7.0963
304.60750.82931.69954.6437-0.76015.99660.00630.5204-0.4378-0.5569-0.1660.13020.0183-0.1720.10770.31430.0613-0.00720.2412-0.13270.2345-50.6405-34.143459.7854
313.58320.47541.71141.42810.91262.21160.18250.4984-0.2762-0.2813-0.1128-0.04-0.0360.039-0.11290.26450.05670.00310.2295-0.00320.1694-39.9491-29.995863.1751
323.7003-0.00381.4023.89520.62862.89490.1147-0.0322-0.34660.1471-0.06520.0317-0.0681-0.2058-0.02710.17920.0210.03710.117-0.020.1971-44.1302-33.592172.1395
334.46360.71970.81854.34990.54532.64780.043-0.18390.18580.1532-0.02040.2709-0.1151-0.0268-0.02030.21650.02920.02210.1457-0.00640.1007-42.219-26.879273.7143
347.9869-0.43621.81933.9250.26312.3240.6224-0.9239-0.34760.5652-0.1450.02190.195-0.2145-0.39880.41670.01050.03240.2710.00930.1789-40.4239-37.437484.4844
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 943 through 966 )B943 - 966
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 967 through 975 )B967 - 975
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 976 through 990 )B976 - 990
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 991 through 1003 )B991 - 1003
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1004 through 1022 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 1023 through 1043 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 1044 through 1052 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 1053 through 1072 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 1073 through 1084 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 1085 through 1100 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 943 through 966 )A943 - 966
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 967 through 975 )A967 - 975
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 976 through 990 )A976 - 990
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 991 through 1003 )A991 - 1003
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 1004 through 1022 )A0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 1023 through 1043 )A0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'A' and (resid 1044 through 1072 )A0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'A' and (resid 1073 through 1084 )A0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'A' and (resid 1085 through 1100 )A0
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 943 through 996 )C943 - 996
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 997 through 1022 )C997 - 1022
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 1023 through 1043 )C0
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 1044 through 1072 )C0
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 1073 through 1084 )C0
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 1085 through 1101 )C0
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 943 through 975 )D943 - 975
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 976 through 1099 )D976 - 1099
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid 944 through 975 )E944 - 975
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid 976 through 1100 )E976 - 1100
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'F' and (resid 943 through 985 )F943 - 985
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'F' and (resid 986 through 1010 )F986 - 1010
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'F' and (resid 1011 through 1052 )F0
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'F' and (resid 1053 through 1084 )F0
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'F' and (resid 1085 through 1100 )F0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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