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万見
- PDB-6owk: Crystal structure of a Bacillus thuringiensis Cry1B.867 tryptic c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6owk
タイトルCrystal structure of a Bacillus thuringiensis Cry1B.867 tryptic core variant
要素Pesticidal crystal protein Cry1Be, Cry1K-like protein chimera
キーワードTOXIN / Bacillus thuringiensis / Cry toxin / B.t.
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated killing of host cell / sporulation resulting in formation of a cellular spore / toxin activity / signaling receptor binding
類似検索 - 分子機能
Delta endotoxin / : / Cry1Ac, domain VII / Pesticidal crystal protein Cry, domain V / Insecticidal delta-endotoxin CryIA(c) domain 5 / Pesticidal crystal protein, central domain / Pesticidal crystal protein, N-terminal domain / Pesticidal crystal protein, central domain / delta endotoxin / Pesticidal crystal protein, central domain superfamily ...Delta endotoxin / : / Cry1Ac, domain VII / Pesticidal crystal protein Cry, domain V / Insecticidal delta-endotoxin CryIA(c) domain 5 / Pesticidal crystal protein, central domain / Pesticidal crystal protein, N-terminal domain / Pesticidal crystal protein, central domain / delta endotoxin / Pesticidal crystal protein, central domain superfamily / Pesticidal crystal protein, C-terminal / delta endotoxin / Pesticidal crystal protein / Pesticidal crystal protein, N-terminal / Pesticidal crystal protein, N-terminal domain superfamily / delta endotoxin, N-terminal domain / Aligned Prism / Vitelline Membrane Outer Layer Protein I, subunit A / Delta-Endotoxin; domain 1 / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Jelly Rolls / Up-down Bundle / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Pesticidal crystal protein Cry1Be / Pesticidal crystal protein Cry1Ka / Crystaline entomocidal protoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus thuringiensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.698 Å
データ登録者Rydel, T.J. / Evdokimov, A. / Beishir, S.C.
引用ジャーナル: Appl.Environ.Microbiol. / 年: 2019
タイトル: Bacillus thuringiensis Cry1Da_7 and Cry1B.868 Protein Interactions with Novel Receptors Allow Control of Resistant Fall Armyworms, Spodoptera frugiperda (J.E. Smith).
著者: Wang, Y. / Wang, J. / Fu, X. / Nageotte, J.R. / Silverman, J. / Bretsnyder, E.C. / Chen, D. / Rydel, T.J. / Bean, G.J. / Li, K.S. / Kraft, E. / Gowda, A. / Nance, A. / Moore, R.G. / Pleau, M. ...著者: Wang, Y. / Wang, J. / Fu, X. / Nageotte, J.R. / Silverman, J. / Bretsnyder, E.C. / Chen, D. / Rydel, T.J. / Bean, G.J. / Li, K.S. / Kraft, E. / Gowda, A. / Nance, A. / Moore, R.G. / Pleau, M.J. / Milligan, J.S. / Anderson, H.M. / Asiimwe, P. / Evans, A. / Moar, W.J. / Martinelli, S. / Head, G.P. / Haas, J.A. / Baum, J.A. / Yang, F. / Kerns, D.L. / Jerga, A.
履歴
登録2019年5月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pesticidal crystal protein Cry1Be, Cry1K-like protein chimera


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,7141
ポリマ－69,7141
非ポリマー00
水00
1
A: Pesticidal crystal protein Cry1Be, Cry1K-like protein chimera

A: Pesticidal crystal protein Cry1Be, Cry1K-like protein chimera

A: Pesticidal crystal protein Cry1Be, Cry1K-like protein chimera


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)209,1433
ポリマ－209,1433
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area6550 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area64350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.176, 106.176, 85.302
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 Pesticidal crystal protein Cry1Be, Cry1K-like protein chimera / 139 kDa crystal protein / Crystaline entomocidal protoxin / Insecticidal delta-endotoxin CryIB(e)


分子量: 69714.469 Da / 分子数: 1
断片: Cry1Be (UNP residues 35-510) + Cry1K (UNP residues 481-621)
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus thuringiensis (バクテリア)
遺伝子: cry1Be, 158C2B, cryIB(e) / 発現宿主: Bacillus thuringiensis (バクテリア) / Variant (発現宿主): 867
参照: UniProt: O85805, UniProt: V9I1B1, UniProt: Q45715*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 % / 解説: Star of David-shaped, six-sided crystals
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10.3 / 詳細: 20% PEG3350, 0.2 M ammonium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月6日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.698→38.691 Å / Num. obs: 15172 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 43.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 25.2
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.277 / Mean I/σ(I) obs: 4.83 / Num. unique obs: 597 / % possible all: 79.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3EB7

3eb7


解像度: 2.698→38.691 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 32.97
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2769 1404 9.94 %Random selection
Rwork0.2228 ---
obs0.2284 14128 93.16 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.698→38.691 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4664 0 0 0 4664
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044776
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7686507
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.9972812
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046722
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006848
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6979-2.79430.35361150.2991097X-RAY DIFFRACTION80
2.7943-2.90620.35621330.27491163X-RAY DIFFRACTION87
2.9062-3.03840.32121410.25671255X-RAY DIFFRACTION93
3.0384-3.19850.33761460.2581307X-RAY DIFFRACTION97
3.1985-3.39880.30191480.24291335X-RAY DIFFRACTION97
3.3988-3.6610.30911460.23871306X-RAY DIFFRACTION96
3.661-4.02910.28631490.22571318X-RAY DIFFRACTION97
4.0291-4.61130.24841390.19651309X-RAY DIFFRACTION95
4.6113-5.80660.23931420.19241324X-RAY DIFFRACTION96
5.8066-38.69530.22911450.19911310X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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