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万見
- PDB-6owd: Arginine Containing Reengineered Coiled-Coiled Dimer to Examine t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6owd
タイトルArginine Containing Reengineered Coiled-Coiled Dimer to Examine the Impact of Proximal Cation Identity on Hydrophobically-Driven Assembly
要素R+7
キーワードDE NOVO PROTEIN / Parallel coiled-coil / Dimer / De novo peptide
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Biok, N.A. / Bingman, C.A. / Gellman, S.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Defense (DOD, United States)144-481500-4-AAB1263 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2019
タイトル: Retention of Coiled-Coil Dimer Formation in the Absence of Ion Pairing at Positions Flanking the Hydrophobic Core.
著者: Biok, N.A. / Passow, A.D. / Wang, C. / Bingman, C.A. / Abbott, N.L. / Gellman, S.H.
履歴
登録2019年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: R+7
B: R+7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,2667
ポリマ－7,0882
非ポリマー1775
水1,13563
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation, Centrifugation showed dimer.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.730, 31.290, 23.930
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.720, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-222-

HOH

21A-227-

HOH

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要素

#1: タンパク質・ペプチド R+7


分子量: 3544.177 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.35 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: No salt, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 3.0 M sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.1272 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1272 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→36.59 Å / Num. obs: 8381 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 32.74 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.1088 / Rpim(I) all: 0.04586 / Rrim(I) all: 0.1184 / Net I/σ(I): 12.09
反射 シェル解像度: 1.5→1.554 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 1.003 / Mean I/σ(I) obs: 1.34 / Num. unique obs: 808 / CC1/2: 0.424 / Rpim(I) all: 0.4111 / Rrim(I) all: 1.086 / % possible all: 93.73

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4DZM

4dzm


解像度: 1.5→36.59 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2344 818 9.8 %
Rwork0.184 --
obs-8363 95 %
原子変位パラメータBiso mean: 36.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→36.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数502 0 5 63 570

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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