PDB-6owd: Arginine Containing Reengineered Coiled-Coiled Dimer to Examine t...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6owd

タイトル

Arginine Containing Reengineered Coiled-Coiled Dimer to Examine the Impact of Proximal Cation Identity on Hydrophobically-Driven Assembly

要素

R+7

キーワード

DE NOVO PROTEIN / Parallel coiled-coil / Dimer / De novo peptide

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Biok, N.A. / Bingman, C.A. / Gellman, S.H.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2019
タイトル: Retention of Coiled-Coil Dimer Formation in the Absence of Ion Pairing at Positions Flanking the Hydrophobic Core.
著者: Biok, N.A. / Passow, A.D. / Wang, C. / Bingman, C.A. / Abbott, N.L. / Gellman, S.H.

履歴

登録	2019年5月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年3月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6owd.cif.gz	37.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6owd.ent.gz	26.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6owd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ow/6owd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ow/6owd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4dzmS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1g5l-d 1gj2-d 1q93-3 1axo-d 1p9j-d 2lqt-d 1e4p-d 1iml-d 3s0r-d 5zld-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: R+7

B: R+7

ヘテロ分子

7.27 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation, Centrifugation showed dimer.

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.730, 31.290, 23.930
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 101.720, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-222- HOH
2	1	A-227- HOH

#1: タンパク質・ペプチド	R+7 分子量: 3544.177 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.35 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: No salt, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 3.0 M sodium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.1272 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1272 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→36.59 Å / Num. obs: 8381 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 32.74 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.1088 / R_pim(I) all: 0.04586 / R_rim(I) all: 0.1184 / Net I/σ(I): 12.09
反射シェル	解像度: 1.5→1.554 Å / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 1.003 / Mean I/σ(I) obs: 1.34 / Num. unique obs: 808 / CC_1/2: 0.424 / R_pim(I) all: 0.4111 / R_rim(I) all: 1.086 / % possible all: 93.73

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
PHENIX	精密化
XDS	データ削減
XSCALE	データスケーリング
PHASER	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4DZM

4dzm

解像度: 1.5→36.59 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2344	818	9.8 %
R_work	0.184	-	-
obs	-	8363	95 %

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→36.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	502	0	5	63	570

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)