PDB-6ov8: 2.6 Angstrom Resolution Crystal Structure of Aminopeptidase B fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ov8

タイトル

2.6 Angstrom Resolution Crystal Structure of Aminopeptidase B from Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655

要素

Peptidase B

キーワード

HYDROLASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Aminopeptidase B

機能・相同性

機能・相同性情報

PepB aminopeptidase / peptide catabolic process / metalloaminopeptidase activity / aminopeptidase activity / peptidase activity / manganese ion binding / proteolysis / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.61 Å

データ登録者

Minasov, G. / Shuvalova, L. / Wawrzak, Z. / Kiryukhina, O. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2020
タイトル: Comparison of metal-bound and unbound structures of aminopeptidase B proteins from Escherichia coli and Yersinia pestis.
著者: Minasov, G. / Lam, M.R. / Rosas-Lemus, M. / Slawek, J. / Woinska, M. / Shabalin, I.G. / Shuvalova, L. / Palsson, B.O. / Godzik, A. / Minor, W. / Satchell, K.J.F.

履歴

登録	2019年5月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年1月27日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / citation_author / struct_conn Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.2	2021年4月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ov8.cif.gz	967.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ov8.ent.gz	809.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ov8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6ov8_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ov8_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	6ov8_validation.xml.gz	88.5 KB	表示
CIF形式データ	6ov8_validation.cif.gz	124.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/6ov8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/6ov8	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6oadSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6oad-1 6oad-2 6cxd-1 3ryo-1 5ihz-d 3ryo-2 5nsq-d 5ig7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP96093

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Peptidase B

B: Peptidase B

C: Peptidase B

D: Peptidase B

E: Peptidase B

F: Peptidase B

ヘテロ分子

283 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology, 6OAD

単位格子

Length a, b, c (Å)	114.857, 148.190, 165.010
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Peptidase B / Aminopeptidase B 分子量: 46924.324 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: pepB, yfhI, b2523, JW2507 / Variant: MG1655 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): magic / 参照: UniProt: P37095, PepB aminopeptidase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	... ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 614 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.96 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: Protein: 8.2 mg/ml, 0.5M Sodium chloride, 0.01M Tris pH 8.3, 1mM Zn, 1mM Mn Screen: Classics II (F10), 0.2M Sodium chloride, 0.1M BIS-TRIS pH 5.5, 25% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年4月12日 / 詳細: C(111)
放射	モノクロメーター: Be / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 85965 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.2 % / B_iso Wilson estimate: 38.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.136 / R_pim(I) all: 0.059 / R_rim(I) all: 0.149 / R_sym value: 0.136 / Χ²: 1.19 / Net I/σ(I): 14.4
反射シェル	解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.79 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 4231 / CC_1/2: 0.837 / R_pim(I) all: 0.341 / R_rim(I) all: 0.861 / R_sym value: 0.79 / Χ²: 1.001 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6OAD

6oad

解像度: 2.61→29.76 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.908 / SU B: 22.881 / SU ML: 0.242 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 2.558 / ESU R Free: 0.314 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2376	4240	4.9 %	RANDOM
R_work	0.1813	-	-	-
obs	0.18411	81597	99.56 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.039 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.14 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.36 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.61→29.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19510	0	33	614	20157

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.013	19992
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	18349
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.042	1.64	27066
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.291	1.578	42445
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.224	5	2570
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	24.819	22.296	1041
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.52	15	3093
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.238	15	139
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.042	0.2	2618
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.052	0.02	22938
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.047	0.02	4267
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.99	2.919	10280
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.99	2.919	10279
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.708	4.376	12850
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.708	4.376	12851
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.112	3.028	9712
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.111	3.028	9712
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.796	4.488	14216
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.245	34.107	21864
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.212	34.063	21800
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.609→2.676 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.313	304	-
R_work	0.289	5696	-
obs	-	-	96.28 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8681	0.4775	-2.1149	3.4055	-1.6288	2.8054	-0.0065	-0.1243	-0.0903	0.0409	0.0941	0.266	0.0332	0.1441	-0.0877	0.039	0.024	-0.0677	0.1896	0.0002	0.2521	-11.1819	-41.5754	-20.3188
2	3.0706	0.1406	1.053	3.3935	1.0549	4.2142	0.0163	0.0878	-0.0814	-0.0422	-0.0502	0.2268	0.0827	-0.2066	0.0338	0.0267	-0.0107	0.0107	0.0258	0.0095	0.077	-2.6149	-40.3235	-18.6461
3	1.1063	0.4841	0.1166	1.3669	0.01	1.2212	-0.0282	-0.1206	-0.0785	0.1195	0.021	0.0296	0.1211	0.0043	0.0072	0.0632	0.0134	0.0056	0.0303	0.0425	0.0821	20.0548	-37.5518	0.5245
4	0.7065	-0.0941	-0.1354	2.8304	0.2082	0.7774	-0.0159	-0.0588	-0.0543	0.0381	0.0532	-0.0623	0.0802	0.0994	-0.0373	0.1175	0.0114	-0.0165	0.0751	0.0119	0.0702	29.3226	-29.9579	-5.3304
5	1.1913	0.3531	-0.1866	0.8935	0.133	0.6467	0.0495	0.0768	-0.0678	-0.042	-0.004	0.0094	0.0804	0.0281	-0.0455	0.0928	0.0325	-0.0044	0.0421	0.0185	0.0661	27.9105	-32.1774	-18.0314
6	4.2246	2.5948	3.9423	3.9651	4.4494	5.4566	-0.0131	0.1024	-0.2656	0.4388	0.1182	-0.1379	0.4069	0.202	-0.1051	0.2791	0.1461	0.0141	0.4387	-0.0733	0.495	64.0287	-20.7724	-31.3773
7	2.6583	-1.0044	1.407	1.5122	-0.3553	2.5146	0.0467	0.1446	-0.0433	-0.1483	0.0781	-0.132	0.0944	0.4194	-0.1247	0.0629	-0.0276	0.0555	0.1546	-0.0093	0.1354	50.4909	-18.3114	-42.2433
8	7.3767	3.8742	1.2577	2.2876	-0.6372	8.0144	-0.2348	0.2232	0.2616	-0.197	0.0282	0.0387	-0.0754	0.2988	0.2066	0.2476	0.0424	0.0963	0.1522	0.1232	0.1909	31.7929	-18.4872	-61.2156
9	0.7812	-0.2663	-0.0985	1.4825	-0.0751	1.0884	0.0227	0.0624	0.0027	-0.1458	0.0052	0.0731	0.0183	-0.079	-0.0279	0.0838	-0.0381	-0.0025	0.0689	0.0241	0.0447	20.0011	-17.123	-48.4264
10	1.4916	0.2414	-0.4215	0.3548	-0.285	0.8938	-0.0145	0.0031	-0.132	-0.0004	0.0171	-0.0492	0.2068	-0.0141	-0.0026	0.1337	-0.0087	0.0187	0.0764	0.0112	0.1079	24.7979	-26.4871	-37.148
11	5.8528	0.9641	0.3578	1.1206	2.5522	6.578	-0.1699	0.1313	-0.0016	-0.1353	0.2208	-0.0541	-0.1175	0.5918	-0.051	0.4251	0.0627	0.0676	0.3697	-0.0683	0.2935	68.1765	-5.969	-28.5859
12	1.3204	-0.4252	-0.9809	0.5768	0.659	2.8205	-0.0231	-0.1053	-0.0374	0.0375	0.1176	-0.2153	-0.0002	0.5335	-0.0946	0.0258	-0.0209	-0.0344	0.1412	-0.0342	0.1643	60.4889	-2.9928	-9.2401
13	18.5876	-2.7091	-7.1648	3.7494	0.1223	3.6907	0.1431	-0.1943	-0.2951	-0.0142	-0.0817	0.2083	-0.0844	0.0566	-0.0614	0.1586	0.0134	-0.0295	0.0877	0.0187	0.0633	36.6751	2.7744	17.8033
14	0.6373	-0.194	0.1505	1.2976	0.2229	0.4427	-0.0364	-0.0708	0.0476	0.0277	0.0011	0.0225	-0.2101	0.0292	0.0353	0.1739	-0.0353	-0.0151	0.1089	0.01	0.0972	39.4206	7.552	5.66
15	1.3449	-0.2219	-0.3385	1.1343	-0.0274	1.4028	0.0684	0.0636	0.1625	0.0279	0.0103	-0.1927	-0.1906	0.0461	-0.0786	0.1566	-0.0607	-0.0426	0.0408	0.0143	0.0777	41.8241	14.7627	-6.7902
16	2.5139	-0.0358	0.8748	2.2631	-2.686	7.0036	0.1229	-0.1062	-0.0887	-0.1797	0.1735	0.2535	0.6067	0.1464	-0.2964	0.0838	-0.0098	-0.0268	0.102	-0.0092	0.1879	-20.4217	-32.6365	-20.739
17	0.4571	0.5826	-0.2269	2.3677	-0.8908	1.2694	-0.0283	0.081	0.0007	-0.0881	0.0995	0.226	0.0213	-0.2089	-0.0712	0.0085	0.0108	-0.0236	0.1603	0.0041	0.1186	-18.0926	-14.379	-33.0052
18	9.7402	4.4605	-1.2074	9.0685	-0.7577	2.1484	-0.3337	0.2164	-0.2331	-0.3584	0.4152	-0.4339	0.2692	-0.0168	-0.0815	0.1368	0.0155	-0.0109	0.1682	0.0369	0.0587	-3.5408	14.4353	-47.613
19	0.9199	-0.1713	-0.2466	1.0581	0.3494	0.7377	-0.0031	0.1156	0.1482	-0.051	0.0403	0.1411	-0.1729	-0.1263	-0.0372	0.0843	0.0239	-0.0124	0.0915	0.0704	0.1383	-6.3793	9.459	-35.112
20	1.0943	0.7797	0.0784	1.0557	-0.0501	0.5644	0.0357	-0.0583	0.181	0.0779	-0.0562	0.3417	-0.1288	-0.193	0.0204	0.0774	0.0512	-0.0051	0.1433	0.024	0.2032	-9.844	6.2768	-21.3141
21	6.0485	-1.2239	-3.3768	3.2044	-0.0961	2.1422	0.1045	-0.139	0.1246	0.5346	0.0166	-0.1764	-0.3954	0.0181	-0.1211	0.7463	0.143	0.1883	0.1891	0.0377	0.5642	2.7198	40.1702	-0.0101
22	5.958	-0.328	-1.8043	6.9351	-3.3628	3.05	0.3828	0.5946	0.1588	0.1559	-0.2267	0.2784	-0.0715	-0.3959	-0.1561	0.2419	0.1067	0.0763	0.2771	0.0343	0.2837	-1.5352	33.4714	-3.531
23	0.9961	0.3282	-0.1906	3.1517	-1.1196	1.0272	0.0511	-0.174	0.1447	0.4437	0.0343	-0.0186	-0.1992	-0.0939	-0.0853	0.194	0.0652	0.0157	0.1289	-0.0473	0.0584	3.1408	12.7495	12.9551
24	1.6652	-0.6015	-0.1232	1.8208	0.5826	0.5606	-0.028	-0.2036	-0.0737	0.1611	0.0408	0.1332	0.0264	-0.07	-0.0128	0.0806	0.0393	0.025	0.129	0.0408	0.0482	0.0277	-3.8725	8.3623
25	0.6975	0.0117	0.2729	0.7554	-0.3573	0.4652	-0.003	-0.1083	-0.0272	0.01	0.0389	0.2633	-0.0429	-0.1753	-0.0359	0.0471	0.0647	0.0185	0.1437	-0.0022	0.1795	-6.3629	1.0023	-2.2044
26	2.0247	-0.1966	-3.2502	6.2918	1.571	5.5275	0.5482	0.0069	0.2786	-0.1129	-0.2694	0.1621	-0.9337	-0.218	-0.2788	0.8711	-0.0299	0.1155	0.5919	-0.1454	0.6788	13.6417	45.5029	-5.1885
27	7.3689	-2.2746	-0.0425	1.774	2.1415	7.6026	0.2499	-0.4036	0.1918	0.2462	-0.0737	-0.0708	-0.0578	0.0972	-0.1763	0.357	-0.1301	0.0613	0.1504	-0.0531	0.2053	19.4317	40.0686	-6.9733
28	0.8745	0.0507	-0.7392	0.1423	0.451	2.5892	0.1069	0.081	0.3076	-0.0772	-0.009	0.09	-0.5934	-0.106	-0.0979	0.343	0.0152	-0.0031	0.05	0.0645	0.2828	20.6217	38.6767	-27.7868
29	1.748	0.5132	0.0476	2.1678	0.0018	0.6228	-0.0473	0.1908	0.0387	-0.1205	0.0442	0.0217	-0.1324	0.0587	0.0031	0.1157	-0.0456	-0.011	0.087	0.0522	0.0454	32.0987	19.6088	-39.9853
30	0.2879	-0.3024	0.1962	0.6457	0.2756	1.2324	-0.0351	0.0757	0.1343	-0.0237	0.0571	-0.1875	-0.1817	0.1093	-0.022	0.2017	-0.0858	-0.0031	0.1501	0.0335	0.2001	38.2197	20.6061	-25.7061

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-1 - 18
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	19 - 86
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	87 - 183
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	184 - 306
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	307 - 427
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	2 - 21
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	22 - 127
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	128 - 145
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	146 - 306
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	307 - 427
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	2 - 22
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	23 - 144
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	145 - 154
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	155 - 306
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	307 - 427
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	1 - 31
17	X-RAY DIFFRACTION	17	D	32 - 144
18	X-RAY DIFFRACTION	18	D	145 - 154
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	155 - 306
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	307 - 427
21	X-RAY DIFFRACTION	21	E	-1 - 20
22	X-RAY DIFFRACTION	22	E	21 - 50
23	X-RAY DIFFRACTION	23	E	51 - 174
24	X-RAY DIFFRACTION	24	E	175 - 306
25	X-RAY DIFFRACTION	25	E	307 - 427
26	X-RAY DIFFRACTION	26	F	1 - 20
27	X-RAY DIFFRACTION	27	F	21 - 51
28	X-RAY DIFFRACTION	28	F	52 - 144
29	X-RAY DIFFRACTION	29	F	145 - 306
30	X-RAY DIFFRACTION	30	F	307 - 427

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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