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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ov3 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of human claudin-9 in complex with Clostridium perfringens entertoxin C-terminal domain in open form | |||||||||
要素 |
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キーワード | CELL ADHESION / Claudin / Enterotoxin / Tight junction protein / Transmembrane protein | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 calcium-independent cell-cell adhesion via plasma membrane cell-adhesion molecules / Tight junction interactions / bicellular tight junction assembly / bicellular tight junction / cell junction / virus receptor activity / toxin activity / cell adhesion / intracellular membrane-bounded organelle / structural molecule activity ...calcium-independent cell-cell adhesion via plasma membrane cell-adhesion molecules / Tight junction interactions / bicellular tight junction assembly / bicellular tight junction / cell junction / virus receptor activity / toxin activity / cell adhesion / intracellular membrane-bounded organelle / structural molecule activity / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Clostridium perfringens (ウェルシュ菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.25 Å | |||||||||
データ登録者 | Vecchio, A.J. / Stroud, R.M. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019 タイトル: Claudin-9 structures reveal mechanism for toxin-induced gut barrier breakdown. 著者: Vecchio, A.J. / Stroud, R.M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ov3.cif.gz | 72.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ov3.ent.gz | 51.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ov3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6ov3_validation.pdf.gz | 416.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6ov3_full_validation.pdf.gz | 426.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6ov3_validation.xml.gz | 9.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6ov3_validation.cif.gz | 12.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/6ov3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/6ov3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22862.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLDN9 / 細胞株 (発現宿主): Tn5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O95484 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 14795.565 Da / 分子数: 1 / Fragment: C-terminal domain (UNP residues 194-319) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Clostridium perfringens (ウェルシュ菌) 遺伝子: cpe / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P01558 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 6.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.92 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 150 mM sodium acetate, sodium cacodylate, Bis-Tris propane, pH 4.5, 25% PEG1500 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11583 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月20日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.11583 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→70.98 Å / Num. obs: 16155 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 145.23 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.139 / Net I/σ(I): 3.9 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.42 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 4.941 / Num. unique obs: 2877 / CC1/2: 0.512 / Rpim(I) all: 2.146 / Rrim(I) all: 5.397 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Homology model and PDB entry 3AM2 解像度: 3.25→20.125 Å / SU ML: 0.7 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 44.59
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溶媒の処理 | 減衰半径: 1.2 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 185.27 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.25→20.125 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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