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- PDB-6ov2: Crystal structure of human claudin-9 in complex with Clostridium ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ov2
タイトルCrystal structure of human claudin-9 in complex with Clostridium perfringens entertoxin C-terminal domain in closed form
要素
  • Claudin-9
  • Heat-labile enterotoxin B chain
キーワードCELL ADHESION / Claudin / Enterotoxin / Tight junction protein / Transmembrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-independent cell-cell adhesion via plasma membrane cell-adhesion molecules / Tight junction interactions / bicellular tight junction assembly / bicellular tight junction / cell junction / virus receptor activity / toxin activity / cell adhesion / intracellular membrane-bounded organelle / structural molecule activity ...calcium-independent cell-cell adhesion via plasma membrane cell-adhesion molecules / Tight junction interactions / bicellular tight junction assembly / bicellular tight junction / cell junction / virus receptor activity / toxin activity / cell adhesion / intracellular membrane-bounded organelle / structural molecule activity / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Claudin-9 / Jelly Rolls - #1050 / Claudin / Claudin, conserved site / Claudin family signature. / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 - #150 / Clostridium enterotoxin / Clostridium enterotoxin / PMP-22/EMP/MP20/Claudin family / PMP-22/EMP/MP20/Claudin superfamily ...Claudin-9 / Jelly Rolls - #1050 / Claudin / Claudin, conserved site / Claudin family signature. / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 - #150 / Clostridium enterotoxin / Clostridium enterotoxin / PMP-22/EMP/MP20/Claudin family / PMP-22/EMP/MP20/Claudin superfamily / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Jelly Rolls / Up-down Bundle / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Claudin-9 / Heat-labile enterotoxin B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Vecchio, A.J. / Stroud, R.M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM024485 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)F32GM103277 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Claudin-9 structures reveal mechanism for toxin-induced gut barrier breakdown.
著者: Vecchio, A.J. / Stroud, R.M.
履歴
登録2019年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Claudin-9
B: Heat-labile enterotoxin B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7503
ポリマ－37,6582
非ポリマー921
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2660 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area15580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.940, 111.570, 121.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Claudin-9


分子量: 22862.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLDN9 / 細胞株 (発現宿主): Tn5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O95484
#2: タンパク質 Heat-labile enterotoxin B chain


分子量: 14795.565 Da / 分子数: 1 / Fragment: C-terminal domain (UNP residues 194-319) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
遺伝子: cpe / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P01558
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 80.35 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 150 mM sodium acetate, sodium cacodylate, Bis-Tris propane, pH 4.5, 25% PEG1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11583 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月5日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11583 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.16→70 Å / Num. obs: 30828 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 137.73 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.0408 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル解像度: 3.16→3.24 Å / 冗長度: 6 % / Mean I/σ(I) obs: 0.18 / Num. unique obs: 2276 / CC1/2: 0.123 / Rrim(I) all: 6.589 / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
XDS0.82データ削減
XSCALEJanuary 26, 2018データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Homology model and PDB entry 3AM2

3am2


解像度: 3.2→20.096 Å / SU ML: 0.7 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 40.49
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2914 2362 8.04 %
Rwork0.2813 --
obs0.2821 29389 95.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å
原子変位パラメータBiso mean: 145.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→20.096 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2320 0 6 4 2330
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032395
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7693277
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.321886
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043399
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004402
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2001-3.26510.59171290.54291504X-RAY DIFFRACTION90
3.2651-3.33580.50531320.50581640X-RAY DIFFRACTION99
3.3358-3.41310.45981330.4561659X-RAY DIFFRACTION100
3.4131-3.4980.431490.41611663X-RAY DIFFRACTION100
3.498-3.5920.43711510.40381665X-RAY DIFFRACTION99
3.592-3.69710.3514640.4037818X-RAY DIFFRACTION49
3.6971-3.81570.40951380.35741652X-RAY DIFFRACTION100
3.8157-3.9510.481540.45611536X-RAY DIFFRACTION93
3.951-4.1080.30921480.291649X-RAY DIFFRACTION100
4.108-4.29320.30181280.25071665X-RAY DIFFRACTION100
4.2932-4.51710.25031630.20881631X-RAY DIFFRACTION100
4.5171-4.79650.21311340.20491680X-RAY DIFFRACTION100
4.7965-5.1610.26091590.20271643X-RAY DIFFRACTION100
5.161-5.66980.2231490.22231633X-RAY DIFFRACTION100
5.6698-6.46620.2741330.24421695X-RAY DIFFRACTION100
6.4662-8.05840.26141440.27711642X-RAY DIFFRACTION100
8.0584-20.0960.26021540.27291652X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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