PDB-6otv: Crystal structure of putative isomerase EC2056

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6otv

タイトル

Crystal structure of putative isomerase EC2056

要素

Putative isomerase YbhH

キーワード

ISOMERASE / structural genomics / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases

機能・相同性

機能・相同性情報

異性化酵素 / isomerase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Chang, C. / Evdokimova, E. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of putative isomerase EC2056
著者: Chang, C. / Evdokimova, E. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2019年5月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6otv.cif.gz	280.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6otv.ent.gz	226.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6otv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6otv_validation.pdf.gz	287.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6otv_full_validation.pdf.gz	287.3 KB	表示
XML形式データ	6otv_validation.xml.gz	1.6 KB	表示
CIF形式データ	6otv_validation.cif.gz	9.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/6otv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/6otv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3g7kS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6el3-1 6el3-2 6b97-d 5mlr-1 6el3-3 6blf-d 6b96-d 3tn8-d 5dbf-2 5hq0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP96330

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative isomerase YbhH

B: Putative isomerase YbhH

ヘテロ分子

75.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Putative isomerase YbhH

ヘテロ分子

B: Putative isomerase YbhH

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
75.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.416, 77.416, 174.266
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

#1: タンパク質	Putative isomerase YbhH 分子量: 37095.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: ybhH, b0769, JW0752 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AAV8, 異性化酵素
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.83 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.26M sodium phosphate monobasic, 0.14M postassium phosphate dibasic

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97927 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月13日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97927 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 45725 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.034 / R_pim(I) all: 0.017 / R_rim(I) all: 0.038 / Χ²: 0.905 / Net I/σ(I): 14.4 / Num. measured all: 232618

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.4-2.44	5	0.657	2329	0.783	0.325	0.735	0.904	99.9
2.44-2.49	5	0.53	2264	0.789	0.264	0.594	0.899	99.8
2.49-2.53	4.6	0.42	2288	0.856	0.219	0.475	0.92	99.1
2.53-2.59	4.9	0.354	2291	0.904	0.179	0.398	0.906	99.7
2.59-2.64	5.3	0.3	2249	0.938	0.145	0.334	0.883	100
2.64-2.7	5.3	0.244	2261	0.953	0.118	0.271	0.913	100
2.7-2.77	5.3	0.194	2349	0.97	0.093	0.216	0.885	99.9
2.77-2.85	5.2	0.153	2278	0.98	0.075	0.17	0.899	99.7
2.85-2.93	5.1	0.114	2269	0.988	0.056	0.127	0.874	99.9
2.93-3.02	5	0.086	2282	0.992	0.042	0.096	0.923	99.9
3.02-3.13	4.5	0.069	2271	0.993	0.036	0.078	0.915	99.4
3.13-3.26	5.2	0.056	2298	0.996	0.027	0.062	0.952	100
3.26-3.41	5.3	0.047	2303	0.996	0.022	0.052	1.027	99.9
3.41-3.58	5.3	0.04	2272	0.998	0.019	0.044	1.073	99.9
3.58-3.81	5.2	0.034	2283	0.998	0.016	0.038	1.075	99.8
3.81-4.1	4.7	0.03	2284	0.998	0.015	0.034	1.022	99.5
4.1-4.52	5.4	0.028	2277	0.998	0.013	0.031	0.993	100
4.52-5.17	5.3	0.026	2314	0.998	0.012	0.029	0.848	99.9
5.17-6.51	4.9	0.023	2269	0.999	0.011	0.026	0.654	99.7
6.51-50	5.2	0.018	2294	0.999	0.009	0.02	0.534	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3g7k.pdb

3g7k

解像度: 2.4→43.902 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 20.22

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1998	2344	5.17 %
R_work	0.1764	-	-
obs	0.1776	45381	99.11 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 125.75 Å² / B_iso mean: 45.7991 Å² / B_iso min: 13.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.4→43.902 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5141	0	100	171	5412
B_iso mean	-	-	61.35	40.73	-
残基数	-	-	-	-	700

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.3986-2.4475	0.3364	135	0.2538	2360	2495	92
2.4475-2.5007	0.2597	147	0.2303	2505	2652	97
2.5007-2.5589	0.2221	148	0.216	2469	2617	98
2.5589-2.6229	0.2557	170	0.2091	2496	2666	100
2.6229-2.6938	0.2289	144	0.209	2568	2712	100
2.6938-2.7731	0.2323	148	0.1977	2582	2730	100
2.7731-2.8625	0.2663	118	0.2123	2566	2684	100
2.8625-2.9648	0.2445	100	0.1922	2587	2687	100
2.9648-3.0835	0.1993	160	0.1866	2496	2656	100
3.0835-3.2238	0.2454	138	0.1886	2565	2703	100
3.2238-3.3937	0.2176	132	0.1837	2526	2658	100
3.3937-3.6062	0.2028	142	0.1816	2537	2679	100
3.6062-3.8845	0.2021	124	0.1614	2600	2724	100
3.8845-4.2752	0.1465	150	0.1497	2524	2674	100
4.2752-4.8931	0.1579	152	0.1341	2538	2690	100
4.8931-6.1621	0.1804	133	0.1718	2529	2662	100
6.1621-43.9096	0.1623	103	0.1587	2589	2692	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0759	-0.4366	0.0235	0.598	-0.8516	1.903	0.011	0.172	-0.0629	0.2437	-0.1027	-0.0923	0.1385	0.0645	0.076	0.3588	-0.1846	-0.0285	0.2978	-0.0514	0.2516	-20.4059	21.7933	-1.0825
2	1.1446	0.9646	0.1384	1.7806	-0.1499	1.0611	-0.2183	0.3455	-0.8425	-0.474	0.2079	-0.8628	0.2702	0.2661	-0.2845	0.4586	-0.1436	0.1562	0.3348	-0.2238	0.7631	5.2139	28.6699	9.3646
3	3.6192	1.4388	0.4005	3.1829	-0.1033	0.8747	-0.0953	-0.0579	-0.3248	0.0235	0.1133	-0.2274	0.1176	-0.0013	0.0049	0.4011	-0.1155	-0.0103	0.2672	-0.068	0.3178	-6.2251	30.2007	15.6113
4	1.1134	-0.6404	0.0533	0.4035	0.0961	0.4552	-0.0093	0.0806	-0.0336	0.1467	-0.1115	-0.0649	-0.079	-0.233	0.0755	0.3226	-0.192	-0.0005	0.3397	0.0011	0.2469	-25.0562	26.7906	-2.9086
5	1.2141	-0.5344	-0.5405	0.5033	-0.3925	2.1115	-0.2527	0.062	-0.0103	0.0227	0.1709	-0.1047	-0.0086	0.1933	0.0525	0.4772	-0.1051	-0.0339	0.1805	-0.0521	0.2459	-28.438	7.9497	35.3699
6	0.4456	0.9094	0.0238	2.2716	0.6944	0.9854	0.1781	-0.1372	-0.3338	0.4714	-0.048	-1.0954	0.131	0.2764	-0.0663	0.4726	-0.1555	-0.2307	0.3229	0.0407	0.6843	-23.1683	-14.1044	23.2121
7	2.6607	0.6527	-0.1774	4.0982	0.2426	0.6304	0.0747	0.0963	-0.0393	0.1071	-0.0681	-0.4727	-0.1174	0.146	0.0165	0.4092	-0.1251	-0.0883	0.2488	-0.0387	0.3391	-29.791	-11.1552	17.8192
8	1.0339	-0.7759	0.0339	0.5849	-0.0548	0.2135	-0.2183	0.0851	-0.0114	-0.0141	0.0601	-0.0439	-0.1448	-0.1355	0.0707	0.4861	-0.1014	-0.0055	0.1758	-0.0109	0.2389	-35.7176	8.3158	35.3727

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 7 through 179 )	A	7 - 179
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 180 through 273 )	A	180 - 273
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 274 through 337 )	A	274 - 337
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 338 through 356 )	A	338 - 356
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 7 through 150 )	B	7 - 150
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 151 through 255 )	B	151 - 255
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 256 through 337 )	B	256 - 337
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 338 through 356 )	B	338 - 356

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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