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- PDB-6otd: Globin sensor domain of AfGcHK in monomeric form, with imidazole -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6otd
タイトルGlobin sensor domain of AfGcHK in monomeric form, with imidazole
要素Globin-coupled histidine kinase
キーワードTRANSFERASE / HEME / SENSOR PROTEIN / OXYGEN SENSOR / GLOBIN SENSOR DOMAIN / GLOBIN DOMAIN / IMIDAZOLE
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-histidine phosphorylation / histidine kinase / phosphorelay signal transduction system / phosphorelay sensor kinase activity / oxygen binding / heme binding / protein homodimerization activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Protoglobin, globin sensor domain / Globin-sensor domain / Protoglobin / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. ...Protoglobin, globin sensor domain / Globin-sensor domain / Protoglobin / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Globin/Protoglobin / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Globin-like superfamily / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / IMIDAZOLE / Globin-coupled histidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Anaeromyxobacter sp. Fw109-5 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Skalova, T. / Dohnalek, J. / Kolenko, P. / Stranava, M. / Lengalova, A. / Martinkova, M.
資金援助 チェコ, 2件
組織認可番号国
Ministry of Education (MoE, Czech Republic)LM2015043 チェコ
European Regional Development FundCZ.02.1.01/0.0/0.0/16_013/0001776 チェコ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Disruption of the dimerization interface of the sensing domain in the dimeric heme-based oxygen sensorAfGcHK abolishes bacterial signal transduction.
著者: Skalova, T. / Lengalova, A. / Dohnalek, J. / Harlos, K. / Mihalcin, P. / Kolenko, P. / Stranava, M. / Blaha, J. / Shimizu, T. / Martinkova, M.
履歴
登録2019年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年2月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Globin-coupled histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2445
ポリマ－18,3711
非ポリマー8734
水1,22568
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.440, 69.440, 113.364
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Globin-coupled histidine kinase / AfGcHK / Heme-based oxygen-sensor histidine kinase


分子量: 18370.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Anaeromyxobacter sp. Fw109-5 (バクテリア)
株: Fw109-5 / 遺伝子: gchK, Anae109_2438 / プラスミド: pET-21c(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A7HD43, histidine kinase
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: C4 Morpheus condition (0.09M NPS ligand stock (NaNO3, Na2HPO4, (NH4)2SO4), 0.1M buffer system pH 6.5 (imidazole, MES) and 37.5% precipitant stock MPD_P1K_P3350 (MPD, PEG 1000 and PEG 3350)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→41.25 Å / Num. obs: 15414 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3.7 / 冗長度: 13.9 % / Biso Wilson estimate: 29 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.028 / Net I/σ(I): 18.3
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 14.2 % / Rmerge(I) obs: 1.32 / Num. unique obs: 902 / CC1/2: 0.703 / Rpim(I) all: 0.506 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5OHF

5ohf


解像度: 1.8→41.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / SU B: 3.52 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.127
詳細: Authors state that RFREE was used in all cycles of refinement and model building. The last reciprocal refinement cycle was run against all measured reflections. The last value of RFREE before ...詳細: Authors state that RFREE was used in all cycles of refinement and model building. The last reciprocal refinement cycle was run against all measured reflections. The last value of RFREE before the last refinement cycle was 0.231.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 754 5 %random selection
Rwork0.182 ---
obs0.18588 15412 98.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 35.201 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.69 Å2-0.34 Å2-0 Å2
2---0.69 Å20 Å2
3---2.24 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.8→41.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1243 0 61 68 1372
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0191381
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021267
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.71.9921885
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.05432892
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6235162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.88621.26871
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.37515215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8741518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1330.2184
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021571
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.02351
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7263.119624
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.7213.113623
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.7144.642782
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.7124.65783
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7393.771757
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.7373.775758
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.8365.4351100
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.57136.9081670
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.56136.8291664
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 68 5 %
Rwork0.278 1123 -
obs--99.82 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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