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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ot8 | |||||||||||||||
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タイトル | Bimetallic hexameric cage design 4 (BMC4) from cytochrome cb562 | |||||||||||||||
要素 | Soluble cytochrome b562 | |||||||||||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / Supramolecular assembly / protein cage / bimetallic / metal binding / hydroxamic acid | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 electron transport chain / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | |||||||||||||||
Model details | Keywords: Supramolecular assembly, protein cage, bimetallic, metal binding | |||||||||||||||
データ登録者 | Golub, E. / Esselborn, J. / Bailey, J.B. / Tezcan, F.A. | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, European Union, ドイツ, 4件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2020 タイトル: Constructing protein polyhedra via orthogonal chemical interactions. 著者: Eyal Golub / Rohit H Subramanian / Julian Esselborn / Robert G Alberstein / Jake B Bailey / Jerika A Chiong / Xiaodong Yan / Timothy Booth / Timothy S Baker / F Akif Tezcan / 要旨: Many proteins exist naturally as symmetrical homooligomers or homopolymers. The emergent structural and functional properties of such protein assemblies have inspired extensive efforts in ...Many proteins exist naturally as symmetrical homooligomers or homopolymers. The emergent structural and functional properties of such protein assemblies have inspired extensive efforts in biomolecular design. As synthesized by ribosomes, proteins are inherently asymmetric. Thus, they must acquire multiple surface patches that selectively associate to generate the different symmetry elements needed to form higher-order architectures-a daunting task for protein design. Here we address this problem using an inorganic chemical approach, whereby multiple modes of protein-protein interactions and symmetry are simultaneously achieved by selective, 'one-pot' coordination of soft and hard metal ions. We show that a monomeric protein (protomer) appropriately modified with biologically inspired hydroxamate groups and zinc-binding motifs assembles through concurrent Fe and Zn coordination into discrete dodecameric and hexameric cages. Our cages closely resemble natural polyhedral protein architectures and are, to our knowledge, unique among designed systems in that they possess tightly packed shells devoid of large apertures. At the same time, they can assemble and disassemble in response to diverse stimuli, owing to their heterobimetallic construction on minimal interprotein-bonding footprints. With stoichiometries ranging from [2 Fe:9 Zn:6 protomers] to [8 Fe:21 Zn:12 protomers], these protein cages represent some of the compositionally most complex protein assemblies-or inorganic coordination complexes-obtained by design. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ot8.cif.gz | 73.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ot8.ent.gz | 49 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ot8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/6ot8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/6ot8 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 6||||||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 11796.218 Da / 分子数: 1 変異: D2E,D5E,E8H,V16H,Q25E,R34Q,L38Q,Q41W,K42S,K59S,H63S,D66W,I67E,V69I,D73N,D74A,K77H,N80K,E81Q,G82C,R98C,Y101C 由来タイプ: 組換発現 詳細: pET20b for expression of BMC4 described here with background of pEC86 to provide machinery for c-type linkage of heme. 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: cybC / プラスミド: pET20b-BMC1/pEC86 詳細 (発現宿主): pET20b for expression of BMC1 described here with background of pEC86 to provide machinery for c-type linkage of heme. 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0ABE7 |
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-非ポリマー , 5種, 130分子
#2: 化合物 | ChemComp-HEC / | ||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-FE / | #5: 化合物 | ChemComp-HAE / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.09 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Protein solution of: 2.2 mM protein with 1.05 mM Fe and 3 mM Zn premixed 1 hour prior to crystallisation. Drops were 1ul + 1 ul of protein solution and the following mother liquor: 30% ...詳細: Protein solution of: 2.2 mM protein with 1.05 mM Fe and 3 mM Zn premixed 1 hour prior to crystallisation. Drops were 1ul + 1 ul of protein solution and the following mother liquor: 30% PEG400, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M MgCl2 Temp details: Room temperature |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.33312 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月14日 詳細: Primary Mirror: flat internallyerror; Secondary Mirror: uncooled cyllindrical silicon bent into torroid | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Water-cooled flat double Si(111) Khozu プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.33312 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.5→48.47 Å / Num. obs: 37652 / % possible obs: 87.66 % / 冗長度: 19.51 % / Biso Wilson estimate: 28.76 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rpim(I) all: 0.012 / Rrim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 26.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→48.47 Å / SU ML: 0.1992 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.8943
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46.22 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→48.47 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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