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- PDB-6osn: Potent and Selective Antitumor Antibody Targeting a Membrane-Prox... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6osn
タイトルPotent and Selective Antitumor Antibody Targeting a Membrane-Proximal Epitope of ROR2
要素Tyrosine-protein kinase transmembrane receptor ROR2
キーワードIMMUNE SYSTEM / Single chain Fv / ScFv / Antibody / ROR2 / Kringle domain / receptor tyrosine kinase-like orphan receptor / Phage display
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of synaptic signaling by nitric oxide / macrophage migration / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / positive regulation of macrophage differentiation / Wnt-protein binding / male genitalia development / astrocyte development / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / PCP/CE pathway / regulation of postsynapse organization ...regulation of synaptic signaling by nitric oxide / macrophage migration / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / positive regulation of macrophage differentiation / Wnt-protein binding / male genitalia development / astrocyte development / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / PCP/CE pathway / regulation of postsynapse organization / bone mineralization / coreceptor activity / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / receptor protein-tyrosine kinase / Wnt signaling pathway / positive regulation of neuron projection development / postsynapse / microtubule / receptor complex / positive regulation of cell migration / phosphorylation / neuronal cell body / glutamatergic synapse / dendrite / cell surface / signal transduction / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, receptor ROR / Plasminogen Kringle 4 / Plasminogen Kringle 4 / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site ...Tyrosine-protein kinase, receptor ROR / Plasminogen Kringle 4 / Plasminogen Kringle 4 / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Kringle-like fold / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Tyrosine-protein kinase transmembrane receptor ROR2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.083 Å
データ登録者Park, H. / Rader, C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Affinity maturation, humanization, and co-crystallization of a rabbit anti-human ROR2 monoclonal antibody for therapeutic applications.
著者: Goydel, R.S. / Weber, J. / Peng, H. / Qi, J. / Soden, J. / Freeth, J. / Park, H. / Rader, C.
履歴
登録2019年5月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase transmembrane receptor ROR2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0172
ポリマ－10,9581
非ポリマー591
水2,972165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.606, 41.917, 52.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase transmembrane receptor ROR2 / Neurotrophic tyrosine kinase / receptor-related 2


分子量: 10958.179 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ROR2, NTRKR2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q01974, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 26.61 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Li acetate 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.021→32.671 Å / Num. obs: 29243 / % possible obs: 76.7 % / 冗長度: 3.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.02117 / Rpim(I) all: 0.01345 / Rrim(I) all: 0.02522 / Net I/σ(I): 35.5
反射 シェル解像度: 1.083→1.122 Å / Rmerge(I) obs: 0.05935 / Num. unique obs: 29243 / CC1/2: 0.993 / Rpim(I) all: 0.0507 / Rrim(I) all: 0.07851

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.15.2_3472: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6BA5

6ba5


解像度: 1.083→22.141 Å / SU ML: 0.05 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 15.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1609 1367 4.98 %
Rwork0.1529 --
obs0.1533 27453 85.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.083→22.141 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数652 0 4 165 821
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008693
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.948939
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.988394
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06987
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006129
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.0833-1.12210.179810.17321740X-RAY DIFFRACTION58
1.1221-1.1670.17481280.16662319X-RAY DIFFRACTION78
1.167-1.22010.15081450.15632873X-RAY DIFFRACTION95
1.2201-1.28440.1778690.16271378X-RAY DIFFRACTION46
1.2844-1.36490.1581700.15592968X-RAY DIFFRACTION99
1.3649-1.47020.16071490.15113019X-RAY DIFFRACTION100
1.4702-1.61810.16511610.14363021X-RAY DIFFRACTION100
1.6181-1.85220.14511630.14333027X-RAY DIFFRACTION99
1.8522-2.33320.1651550.14222829X-RAY DIFFRACTION92
2.3332-22.14530.16181460.16132912X-RAY DIFFRACTION90
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2608-0.27291.75071.46692.21797.2211-0.0199-0.14840.4543-0.210.1209-0.2686-0.50080.3509-0.02260.09680.0017-0.00620.067-0.01390.104412.863718.76111.306
20.77060.15970.68581.6993-0.11181.96660.00440.0132-0.0291-0.04660.04760.0527-0.0143-0.0853-0.04470.03610.0034-0.00030.03720.00730.033211.27038.97764.0278
32.7814-0.45390.28421.1636-0.40672.0822-0.0347-0.0695-0.02180.1212-0.0525-0.0450.01290.05850.06680.0760.0024-0.01420.0216-0.00540.028518.74178.8818.747
41.7302-0.2971-0.00430.68520.12291.50480.0245-0.0269-0.0290.001-0.0528-0.03380.01640.09660.01720.04280.007-0.00250.030.00490.022919.56627.32368.6766
50.66670.1810.08690.04910.02360.0114-0.1022-0.2622-0.06060.34760.05650.137-0.11620.0234-0.01510.13840.02680.01540.07220.01260.042516.62746.477223.5153
62.2561-0.44882.9321.527-1.42214.7880.0641-0.1059-0.02040.10850.08960.09690.0556-0.3256-0.03070.0506-0.0020.0120.0730.01430.05897.87155.465410.5649
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 310:313)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 314:330)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 331:350)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 351:377)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 378:385)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 386:394)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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