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万見
- PDB-6os1: Structure of synthetic nanobody-stabilized angiotensin II type 1 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6os1
タイトルStructure of synthetic nanobody-stabilized angiotensin II type 1 receptor bound to TRV023
要素
  • Nanobody Nb.AT110i1_le
  • TRV023 peptide
  • Type-1 angiotensin II receptor,Soluble cytochrome b562 BRIL fusion protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR
機能・相同性
機能・相同性情報


angiotensin type I receptor activity / positive regulation of phospholipase A2 activity / angiotensin type II receptor activity / phospholipase C-activating angiotensin-activated signaling pathway / regulation of renal sodium excretion / maintenance of blood vessel diameter homeostasis by renin-angiotensin / bradykinin receptor binding / renin-angiotensin regulation of aldosterone production / positive regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation ...angiotensin type I receptor activity / positive regulation of phospholipase A2 activity / angiotensin type II receptor activity / phospholipase C-activating angiotensin-activated signaling pathway / regulation of renal sodium excretion / maintenance of blood vessel diameter homeostasis by renin-angiotensin / bradykinin receptor binding / renin-angiotensin regulation of aldosterone production / positive regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / C-C chemokine receptor activity / C-C chemokine binding / positive regulation of CoA-transferase activity / low-density lipoprotein particle remodeling / Rho protein signal transduction / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / regulation of vasoconstriction / positive regulation of protein metabolic process / blood vessel diameter maintenance / Peptide ligand-binding receptors / neurogenesis / cell chemotaxis / kidney development / angiotensin-activated signaling pathway / regulation of cell growth / calcium-mediated signaling / electron transport chain / brain development / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / regulation of cell population proliferation / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / regulation of inflammatory response / G alpha (q) signalling events / periplasmic space / electron transfer activity / inflammatory response / symbiont entry into host cell / iron ion binding / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / protein heterodimerization activity / external side of plasma membrane / heme binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Angiotensin II receptor type 1 / Angiotensin II receptor family / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Soluble cytochrome b562 / Type-1 angiotensin II receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.794 Å
データ登録者Wingler, L.M. / Staus, D.P. / Skiba, M.A. / McMahon, C. / Kleinhenz, A.L.W. / Lefkowitz, R.J. / Kruse, A.C.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R01HL16037 米国
National Institutes of Health/Office of the Director5DP5OD021345 米国
Other private 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: Angiotensin and biased analogs induce structurally distinct active conformations within a GPCR.
著者: Wingler, L.M. / Skiba, M.A. / McMahon, C. / Staus, D.P. / Kleinhenz, A.L.W. / Suomivuori, C.M. / Latorraca, N.R. / Dror, R.O. / Lefkowitz, R.J. / Kruse, A.C.
履歴
登録2019年5月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type-1 angiotensin II receptor,Soluble cytochrome b562 BRIL fusion protein
D: Nanobody Nb.AT110i1_le
B: TRV023 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,78110
ポリマ－63,2553
非ポリマー2,5267
水30617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5000 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area23840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.670, 101.990, 227.590
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

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タンパク質 / 抗体 / タンパク質・ペプチド , 3種, 3分子 ADB

#1: タンパク質 Type-1 angiotensin II receptor,Soluble cytochrome b562 BRIL fusion protein / AT1AR / AT1BR / Angiotensin II type-1 receptor / AT1 / Cytochrome b-562


分子量: 48514.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: AGTR1, AGTR1A, AGTR1B, AT2R1, AT2R1B, cybC / プラスミド: pcDNA-Zeo-tetO / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P30556, UniProt: P0ABE7
#2: 抗体 Nanobody Nb.AT110i1_le


分子量: 13796.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#3: タンパク質・ペプチド TRV023 peptide


分子量: 944.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 24分子

#4: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#5: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 8
詳細: Protein complex was reconstituted with a 10:1 (w/w) mixture of monoolein and cholesterol. Crystals were grown in 100 mM Tris pH 8, 50-70 mM MgCl2, 30% PEG 300, 2-4% 1,3-butanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月21日
放射モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.79→47.403 Å / Num. obs: 17795 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 10.545 % / Biso Wilson estimate: 85.736 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.206 / Rrim(I) all: 0.217 / Χ2: 0.986 / Net I/σ(I): 8.1 / Num. measured all: 187653 / Scaling rejects: 432
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.79-2.878.6141.8820.8510234131211880.5361.98490.5
2.87-2.9410.3771.6881.1812722125612260.6411.76897.6
2.94-3.0311.2371.5381.4114203126412640.6681.611100
3.03-3.1211.3481.3471.7413765121312130.7081.411100
3.12-3.2310.8921.1552.112569115411540.6951.212100
3.23-3.3410.3050.9232.7311676113411330.7790.97399.9
3.34-3.4710.950.7713.412166111211110.8620.80999.9
3.47-3.6110.2740.5744.6110736104710450.9210.60599.8
3.61-3.7710.8860.426.4111147102510240.9520.44199.9
3.77-3.9510.8330.3238.17104979709690.9840.34199.9
3.95-4.1610.9840.25910.72101059239200.9740.27399.7
4.16-4.4210.8790.22512.2396178858840.9660.23899.9
4.42-4.7210.150.15215.8584048298280.990.16199.9
4.72-5.110.3840.12517.1380797807780.9960.13199.7
5.1-5.5910.5620.14215.7873727226980.9930.1596.7
5.59-6.2511.0730.1416.2672756596570.9920.14799.7
6.25-7.2110.8740.1218.9361985735700.9920.12699.5
7.21-8.839.810.07923.549155075010.9950.08398.8
8.83-12.499.7460.05828.1738794053980.9980.06198.3
12.49-47.4038.9490.05828.2220942462340.9980.06295.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6OS2

6os2


解像度: 2.794→47.403 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 36.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2822 888 5 %
Rwork0.2389 16876 -
obs0.2412 17764 98.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 216.96 Å2 / Biso mean: 92.5509 Å2 / Biso min: 40.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.794→47.403 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3879 0 94 17 3990
Biso mean--108.81 67.49 -
残基数----516
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7936-2.96860.4041390.35392662280195
2.9686-3.19770.37351470.324928002947100
3.1977-3.51950.39941470.298427982945100
3.5195-4.02850.31471490.265528222971100
4.0285-5.07450.22231500.197228583008100
5.0745-47.40940.25791560.21432936309298
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5778-0.1309-0.43091.2809-0.75552.10880.00760.17370.1566-0.0682-0.1514-0.1924-0.15470.08060.15290.4776-0.009-0.01380.5117-0.0220.4377-14.9126-13.4647-57.0137
24.3521-0.96641.2029.8076-4.62347.1062-0.5003-0.1448-0.7505-0.93660.4577-0.2351.2556-0.47120.01231.09850.00790.12331.14050.13460.9498-18.0178-47.8622-16.9204
31.9525-0.1873-0.27611.2424-0.56383.7121-0.1617-0.3018-0.17820.132-0.0553-0.13470.5260.17110.30640.6222-0.006-0.00530.53690.01120.5517-17.6911-29.6058-43.3914
44.53135.23635.69036.72575.79048.1230.4726-0.83240.01480.6658-0.64920.36751.3302-0.02530.42160.94230.00960.15581.19910.0060.626-11.1454-14.5006-10.374
53.9509-0.649-1.58765.841-5.30367.20880.0176-0.0901-0.3875-0.6406-0.15770.139-0.1298-0.23570.01380.88680.0456-0.08530.7113-0.08850.6067-2.5126-16.0348-17.9898
64.10293.16872.66287.8770.84856.07640.3710.1587-0.36720.5379-0.1126-0.2323-0.01540.1693-0.16140.7446-0.0136-0.0220.919-0.00360.4839-1.7737-16.3493-11.3948
75.7003-3.95074.07376.185-4.21686.97570.10951.41670.14350.1042-0.44150.0668-0.4567-0.98780.23360.40020.0425-0.11360.95870.02170.5547-20.2127-19.649-29.3444
84.70145.75523.87177.08894.85373.4648-0.63250.05980.6214-0.0276-0.12640.4778-0.9627-0.05191.07030.9456-0.0573-0.20520.63840.02160.6763-3.7202-7.3726-12.4364
96.83091.28391.08687.6897-6.041.9998-0.718-1.4146-0.72971.4271.15841.0731-1.1315-0.9407-0.48990.78280.1457-0.04720.84110.1540.3804-14.8409-16.707-72.5748
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 11 through 225 )A11 - 225
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 226 through 266 )A226 - 266
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 267 through 1318 )A267 - 1318
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 1 through 32 )D1 - 32
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'D' and (resid 33 through 59 )D33 - 59
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and (resid 60 through 98 )D60 - 98
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resid 99 through 113 )D99 - 113
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 114 through 127 )D114 - 127
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 2 through 8 )B2 - 8

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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